The molecular screening of the virulence gene and blaCTX gene of resistant Salmonella typhi in Iraq
Irak'ta dirençli Salmonella typhi'nin virülans gen ve blaCTX geninin moleküler taraması
- Tez No: 781577
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ RAMAZAN SERDAR ESMER, DR. NABEEL AHMED RAJAB ALAARAJY
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Çankırı Karatekin Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 78
Özet
Mevcut çalışma, klinik Salmonella typhi'yi antibiyotik direnci, virülans genleri ve protein ekspresyon profilleri açısından izole etmeyi ve karakterize etmeyi amaçlamıştır. Salmonella türleri, birçok hastalıkla ilişkilendirilen insan sağlığı ve güvenliğinin en tehlikeli türleri arasındadır. Geniş bir alana yayılmıştır ve önleyici tedbirler uygun şekilde yapılmadığından dolayı yayılıp etrafa dağıldığı için kontrol edilmesi zordur. Salmonella'nın bazı antibiyotiklere karşı direnç suşlarının ortaya çıkması hastalarda ciddi komplikasyonlara ve dolayısıyla enfeksiyonla bağışıklığın engellenmesine neden olmuştur. Bu bakterinin patogenezinde birçok farklı virülans faktörü etkilidir. Çalışmamızda toplanan toplam numune sayısı n = 139'dur, 44'ü diğer bakterilerle birlikte büyüme şüphesiyle ayrı tutuldu ve nihai sonuçlar sadece 11 pozitif (Salmonella typhy) gösterdi ve DNA içeren testler yapıldı. Bunlar kimyasal ve moleküler testleri içeren doğrulama, ardından elektroforez jel testi ve son olarak polimeraz zincir reaksiyonu testleridir. Araştırma için Salmonella örneklerinden DNA ekstrakte edilmiştir. Bir agaroz jel üzerinde elektroforezden sonra tüm izolatlar aynı yoğunlukta bantların varlığını gösterdi. Ekstrakte edilen DNA, nanodrop teknolojisi kullanılarak konsantrasyonu ve saflığı belirlemek için spektrofotometre ile analiz edildi. Test edilen izolatlardan elde edilen DNA'nın saflığının on beş ile yirmi beş ng/μL arasında olduğu bulundu. Salmonella bakteri izolatları, biyokimyasal testler kullanılarak teşhis edildi ve ayrıca son teşhis testi olarak polimeraz zincir reaksiyonu kullanılarak 16SrRNA geni ile genetik olarak karakterize edildi. Teşhis sonrası Salmonella olduğu doğrulanan izolatlar elde ettik. Piperasilin, Tazobaktam, Ceftazidime ve Cefepime, Aztreonam antibiyotiklerine duyarlılık testi yaptık. Bir Vitek cihazı kullanılarak Imipenem, Meropenem, Clavulanic Acid ve Ticarcillin kullanılarak test sonuçları sonuçlar bölümünde belirtildiği gibidir. Salmonella bakterilerinin virülansından sorumlu bazı genlerin genetik tespiti, polimeraz zincir reaksiyonu kullanılarak blaTEM, blaCTX, aadA, intI1, qnrA, qnrB, dfr ve blaSHV genleri tarandı. blaTEM geni tüm izolatlarda eksprese edilmedi. blaCTX geni, gen 754'ün beklenen boyutu içinde %63 oranında eksprese edilirken; qnrA ve qnrB genleri de ortaya çıkarılmıştır, qnrA geninin çalışma kapsamındaki örneklerde ifade edildiği 466 genomunda qnrB'nin %36'lık bir gen ifadesi vardır. DNA örnekleri, sırasıyla moleküler boyutta (865, 484) blaSHV ve Intl1 genlerini saptamak için elektroforeze tabi tutuldu, tüm izolatlar için herhangi bir gen ekspresyonu gözlemlemedik.
Özet (Çeviri)
The types of salmonella are among the most dangerous types of human health and safety, which are associated with many diseases. It is widespread and difficult to control. Preventive measures must be properly implemented to prevent the spread of this bacterium. The appearance of resistance strains of salmonella against some antibiotics led to serious complications in patients and thus inhibiting immunity with infection. Many different virulence factors play affects in the pathogenesis of this bacteria. The present project aimed to isolate and identify clinical Salmonella typhi in terms of antibiotic resistance, virulence genes and protein expression profiles (n = 139). 44 were excluded on suspicion of co-growth with other bacteria and final results showed only 11 positive (Salmonella typhoid). First, Salmonella verification was performed by chemical and molecular tests. Then electrophoresis gel test was performed. Finally, polymerase chain reaction test was performed. DNA was extracted from Salmonella samples for the investigation. After electrophoresis on an agarose gel, all of the isolates indicated the presence of bands at the same intensity. Extracted DNA was analyzed by spectrophotometer to determine concentration and purity using nanodrop technology. The purity of the DNA recovered from the tested isolates was found to be between fifteen and twenty five ng/μL. The Salmonella bacteria isolates were diagnosed using biochemical tests, as well as genetically characterized by 16SrRNA gene using polymerase chain reaction as a final diagnostic test. After diagnosis, we obtained isolates confirmed to be Salmonella. Its sensitivity to the antibiotics Piperacillin, Tazobactam, Ceftazidime, and Cefepime Aztreonam was tested. The results of Imipenem, Meropenem, Clavulanic Acid and Ticarcillin tests with the help of Vitek were as indicated in the results chapter. The genetic detection of some genes responsible for the virulence of Salmonella bacteria was conducted using the polymerase chain reaction the genes blaTEM, blaCTX, aadA, intI1, qnrA, qnrB, dfr and blaSHV were screened. blaTEM gene was not expressed in all isolates. While the blaCTX gene was expressed by 63% within the expected size of gene 754; the qnrA and qnrB genes were also revealed the qnrA gene was not expressed in the samples under study there is a 36% gene expression of qnrB within the 466 genome. The DNA samples were electrophoresed to detect blaSHV and Intl1 genes within the molecular size (865, 484) respectively, we did not observe any gene expression for all isolates.
Benzer Tezler
- Bölgesel kaynaklı Brucella izolatların moleküler tanımlanması ve karakterizasyonu, Eric-PCR profilleri ve virülans ilişkili genlerin belirlenmesi
Molecular identification and characterisation of Brucella isolates of regional origin, determination of Eric-PCR profiles and virulence related genes
SEVDA ATEŞLİ
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
BiyoteknolojiMunzur ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ BÜLENT KAR
- Isolation and diagnosis of staphylococcus aureus and detection of some virulence genes using pcr technique depending on the specific primers
Sbesifik primerlerde bağlı olarak pcr tekniği kullanılarak staphylococcus aureus izolasyonu ve teşhisi ve bazı virolans genlerinin tespiti
ASAAD EYADA HUSSAIN AAL-ALI
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyolojiÇankırı Karatekin ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ FATİH KARAYÜREK
- Bazı arpa ve yerel arpa çeşitleri ile yabani arpa (Hordeum spontaneum) genotiplerinin Pyrenophora graminea'ya karşı reaksiyonlarının belirlenmesi ve bu genotiplerde Rdg2a dayanıklılık lokusunun moleküler markörler kullanılarak araştırılması
Determination of the reactions of some barley cultivars and landraces and wild barley (Hordeum spontaneum) genotypes to Pyrenophora graminea and investigation of Rdg2a resistance locus in these genotypes using molecular markers
HATİCE SEVDE YÜCELER
- Isoӏation molecular identification of Salmoneӏla typhemurium from Iraqi patients/Babylon
Irak/Babil'deki hastalardan Salmonella typhemurium'un izole moleküler tanımlanması
AHMED YOUNUS HASAN HOOGY
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyolojiÇankırı Karatekin ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ YAŞAR KEMAL YAZGAN
PROF. DR. AӏYAA SAAD ABED KARKOSH
- Characterization of plasmids from multi drug resistant Salmonella infantis isolates
Çoklu ilaç dirençli Salmonella infantislerin plazmidlerinin karakterizasyonu
SACİDE ÖZLEM AYDIN
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
Gıda MühendisliğiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. YEŞİM SOYER
