Klinik örneklerden izole edilen haemophilus türlerinin antibiyotik direnç profillerinin belirlenmesi ve moleküler karakterizasyonu
Determination of antibiotic resistance profiles and molecular characterization of haemophilus species isolated from clinical samples
- Tez No: 784078
- Danışmanlar: DOÇ. DR. PINAR SAĞIROĞLU
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Erciyes Üniversitesi
- Enstitü: Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 120
Özet
Amaç: Haemophilus türleri; solunum yolu enfeksiyonları başta olmak üzere çeşitli enfeksiyonlarda karşımıza çıkmakta ve artan antibiyotik dirençleriyle toplum sağlığını tehdit etmektedir. Bu çalışmada, klinik örneklerden izole edilen Haemophilus türlerinin doğru tanımlanması, antibiyotik direnç profilinin saptanması, beta laktam, kinolon ve trimetoprim-sülfametoksazol dirençlerinin moleküler karakterizasyonunun yapılması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Erciyes Üniversitesi Tıp Fakültesi Merkez Laboratuvarı Bakteriyoloji Ünitesinde Haziran 2020-Aralık 2021 tarihleri arasında izole edilen 96 Haemophilus kökeni çalışmaya dahil edildi. İzolatlar XV faktör gereksinimi, MALDI Biotyper® sirius (Bruker, Almanya) ve H. influenzae Real Time PCR Tespit Kiti (Bioeksen, Türkiye) kullanılarak tanımlandı. Lam aglütinasyon yöntemi ile H. influenzae tip b ve sefinaz diskiyle beta laktamaz üretimi araştırıldı. Kökenlerin antibiyotik duyarlılıkları disk difüzyon testi, sıvı mikrodilüsyon testi/gradiyent strip test yöntemiyle belirlendi. Ampisilin dirençli kökenlerde bla TEM , bla ROB , ftsI, kinolon dirençli kökenlerde QRDR (gyrA, gyrB, parC, parE) ve trimetoprim-sülfametoksazol dirençli kökenlerde sul1, sul2 genleri PCR ile amplifiye edildi. ftsI geni ve QRDR genlerinin dizi analizi yapıldı. Bulgular: Çalışma sonuçları COVID-19 pandemisi sırasında değişen hasta ve antibiyotik duyarlılık profilini temsil etmekteydi. Kökenlerin çoğu solunum yolu örneklerinden (%94.7), erkek cinsiyetten (%68.7) ve 18 yaş üzeri (%89.5) hastalardan izole edilmişti. MALDI-TOF MS ile dört, XV ile iki izolat tür düzeyinde yanlış tanımlandı. H. influenzae'ların 12'si (%24.4) serotip b olarak bulundu. İzolatların disk difüzyon testine göre %46.8'i ampisiline, %96.8'i amoksisilin klavulanata, %76'sı siprofloksasin, %77'si trimetoprim-sülfametoksazole duyarlı bulundu. Dokuz suşun nitrosefin hidrolizi pozitif olarak bulundu. PCR ile 12 kökende blaTEM geni saptandı. blaROB geni, çalışılan hiçbir kökende saptanmadı. Beta laktam antibiyotiklere ana direnç mekanizması olarak ftsI gen mutasyonları gözlendi. Kinolon dirençli 23 kökenin hepsinde QRDR genlerinde mutasyon saptandı. Trimetoprim-sülfametoksazol dirençli 25 kökenin 22'sinde sul1+sul2, birinde ise sadece sul1 geni saptandı. Sonuç: Haemophilus türlerinin tür düzeyinde doğru tanımlanmasının, antibiyotik direnç profillerinin bölgesel ve ulusal olarak takibi ve dirence yol açan mekanizmaların saptanmasının; tedavi protokollerinin ve direnç yayılımını önlemeye yönelik politikaların oluşturulmasında önemli rol oynayacağı sonucuna varıldı.
Özet (Çeviri)
Aim: Haemophilus species; It occurs in various infections, especially respiratory tract infections, and threatens public health with increasing antibiotic resistance. This study aimed to identify correctly Haemophilus species isolated from clinical specimens, determine the antibiotic resistance profile, and perform molecular characterization of beta-lactam, quinolone, and trimethoprim-sulfamethoxazole resistances. Materials and Methods: Haemophilus strains isolated in Erciyes University Medical Faculty Central Laboratory Bacteriology Unit between June 2020 and December 2021 were included in the study. XV factor requirement, MALDI Biotyper ® sirius (Bruker, Germany), and H. influenzae Real-Time PCR Detection Kit (Bioeksen, Turkey) were used to identify the strains. H. influenzae type b was investigated by the slide agglutination method, and beta-lactamase production was determined with cefinase disc. Antibiotic susceptibility of strains determined by disc diffusion test, broth microdilution test/gradient strip test method. The genes of bla TEM , bla ROB , and ftsI in ampicillin-resistant isolates, QRDR (gyrA, gyrB, parC, parE) in quinolone-resistant isolates, and sul1, sul2 genes in trimethoprimsulfamethoxazole resistant isolates were amplified by PCR. ftsI gene and QRDR genes were sequenced. Results: Study results were representative of the changing patient and antibiotic susceptibility profile during the COVID-19 pandemic. Most patients were isolated from respiratory specimens (94.7%), male (68.7%) and over 18 (89.5%) years old. Four isolates with MALDI-TOF MS and two with XV were misidentified at the species level. Twelve (24.4%) H. influenzae were found to be serotype b. Haemophilus tested in the study according to the disk diffusion test results, 46.8% was susceptible to ampicillin, 96.8% to amoxicillin-clavulanate, 76% to ciprofloxacin, 77% to trimethoprim-sulfamethoxazole Nine strains of nitrocefin hydrolysis were positive. The bla TEM gene was detected in 12 strains by PCR. The bla ROB gene was not detected in any of the studied strains. The main resistance mechanism to beta-lactam antibiotics in these strains was ftsI gene mutations. Mutations in QRDR genes were detected in all 23 quinolone resistant strains. In 25 isolates resistant to trimethoprim-sulfamethoxazole, 22 isolates harbored sul1+sul2 together, and the sul1 gene was found solely in one isolate. Conclusion: Identifying the Haemophilus strains at the species level, monitoring antibiotic resistance profiles regionally and nationally, and determining the leading to resistance mechanisms; will play an essential role in developing treatment protocols and policies to prevent the spread of resistance.
Benzer Tezler
- Klinik örneklerden izole edilen haemophilus influenzae duyarlılık testleri ve beta-laktamaz direnç mekanizmalarının fenotipik, genotipik yöntemlerle saptanması
Susceptibility tests for haemophilus influenzae isolated from clinical specimens and determination of beta-lactamase resistance mechanisms by phenotypic and genotypic methods
NIGAR MIRALI-ZADA
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Mikrobiyolojiİstanbul Üniversitesi-CerrahpaşaTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NEVRİYE GÖNÜLLÜ
- Klinik örneklerden izole edilen haemophilus influenzae suşlarının serotiplendirilmesi ve bazı antimikrobiyallere duyarlılık durumunun araştırılması
Serotyping and antimicrobial susceptibilities of haemophilus influenzae strains isolated from clinical specimens
DEMET AYANGİL
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2004
MikrobiyolojiErciyes ÜniversitesiMikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. BÜLENT SÜMERKAN
- Klinik örneklerden izole edilen haemophilus influenzae suşlarının in vitro antibiyotik duyarlılıklarının eucast ve clsı kriterleri doğrultusunda değerlendirilmesi ve beta-laktam direncinin moleküler analizi
Evaluation of in vitro antibiotic susceptibility of haemophilus influenzae strains isolated from clinical samples according to the eucast and clsi criteria and molecular analysis of beta-lactam resistance
AYLİN İREM OCAKLI
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
MikrobiyolojiHacettepe ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BURÇİN ŞENER
- Hastanemizde izole edilen haemophilus influenzae kökenlerinin antibiyotiklere direnç durumu
Antibiotic resistance of haemophilus influenzae origins that isolated in our hospital
MELTEM KÜÇÜKEROL
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
MikrobiyolojiMarmara ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. MÜNEVVER UFUK HASDEMİR GÖKBOĞA
- Haemophilus ınfluenzae kökenlerinde antibiyotiklere direnç oranı ve ampisilin direncinin genotipik olarak belirlenmesi
The determination of antibiotics resistance rate and genotypic ampicillin resistance in haemophilus influenzae strains
YAVUZ OKULU
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2011
MikrobiyolojiAdnan Menderes ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. MURAT TELLİ