MikroRNA miR-124-3P'nin P60-katanin ifadesi üzerindeki olası regülasyonunun aydınlatılması
Illumination of the possible regulation of microRNA miR-124-3P on P60-katanin expression
- Tez No: 787110
- Danışmanlar: DOÇ. DR. AYŞEGÜL YILDIZ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Moleküler Tıp, Molecular Medicine
- Anahtar Kelimeler: miR-124-3p, mikrotubul, P60-Katanin, gen regülasyonu, miR-124-3p, microtubule, P60-Katanin, gene regulation
- Yıl: 2022
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Muğla Sıtkı Koçman Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 78
Özet
ATPaz ailesine ait olan katanin, mikrotübül kesici bir protein olup iki alt birimden oluşmuştur. Bu alt birimlerden biri P60-Katanin olup, KATNA1 geni tarafından sentezlenir. Diğer alt birim ise p80-katanindir ve KATNB1 geni tarafından sentezlenir. Yeniden organizasyona olanak sağlayan mikrotübül kesilmesi, mikrotübül kesici enzimin hücresel ihtiyaç doğrultusunda gerçekleştirdiği mekanizmalardan biridir. Bölünen hücrelerde mikrotübüllerin yeniden organizasyonu mitoz ile ilişkilendirilirken, bölünme özelliğini kaybeden nöronlarda akson ve dentrit gibi yapıların oluşumunda görev alır. Buna bağlı olarak nöronal dallanmada oldukça önemlidir. Katanin'in iki alt birimi de hücrede bir arada bulunmaktadırlar. Sahip olduğu ATPaz birimi sayesinde P60-Katanin mikrotübüllerin kesilmesinde görev alıyor iken, P60-Katanin'in regülasyonu ve sentrozomdaki yerleşimini sağlama ise P80-Katanin alt biriminin görevidir. Hücre içerisindeki son derece hayati görevlere sahip olan kataninin, bilinen regülatörleri yok denecek kadar azdır. MikroRNA'lar (miRNA), kodlama yapmayan bir grup küçük ribonükleotidlerdir. Aynı zamanda miRNA'ların post-transkripsiyon evresinde gen anlatımının düzenlenmesinde oldukça önemli görevleri olduğu bilinmektedir. MikroRNA'ların gen regülasyonundaki bu önemine rağmen, şu ana kadar kataninin regülasyonuyla deneysel olarak ilişkilendirilmiş bir tane bile miRNA bulunmamaktadır. Yapılan tez çalışması kapsamında, literatürde ilk defa, biyoinformatik analiz ile tespit edilen miR-124-3p'nin KATNA1 geninin ekspresyonuna etkileri araştırılmıştır. Bu tez çalışmasında, SH-SY5Y nöroblastoma hücrelerine pre-miR-124-3p mimikleyici ile birlikte pre-miR miRNA precursor negatif kontrol transfekte edilmiştir. Ardından, bu transfeksiyonun P60-Katanin ekspresyonuna etkilerini hem RNA hem de protein seviyesinde ölçmek amacıyla qRT –PCR ve western blotlama yöntemleri kullanılmıştır. Bu tez çalışmasının sonuçları, biyoinformatik analiz ile KATNA1 mRNA'sına bağlandığı görülen miR-124-3p'nin, KATNA1 geninin ekspresyonunun regülasyonunda rol alabileceğini in vitro olarak ilk kez göstermiştir. Tez çalışması kapsamında elde edilen veriler, P60-Katanin'in ekspresyonel regülasyonunun daha iyi anlaşılması adına literatüre önemli katkı sağlayacak ve aynı zamanda bu etkileşimin daha iyi incelenmesi adına yapılan araştırmalar için öncülük edecektir.
Özet (Çeviri)
Katanin, which belongs to the ATPase family, is a microtubule-severing protein and consistings of two subunits. P60-Katanin subunit is expressed by the KATNA1 gene, and the other subunit, p80-katanin, is expressed by the KATNB1 gene. Microtubule severing, which allows its reorganization, is one of the mechanisms performed by microtubule-severing enzymes in line with cellular needs. While the reorganization of microtubules in dividing cells is associated with mitosis, it takes part in the formation of structures such as axons and dendrites, namely 'neuronal branching' in post-mitotic neurons that have lost their division ability. Both subunits of katanin coexist in the cell. Due to the ATPase unit it has, P60-Katanin is involved in severing microtubules, while the regulation of P60-Katanin and ensuring its localization in the centrosome is the major role of the P80-Katanin subunit. Katanin, which has vital functions in the cell, has almost no known regulators. MicroRNAs (miRNA) are a group of non-coding small ribonucleotides which is known to have a very important role in the post-transcriptional regulation of gene expression. Despite this importance of microRNAs in gene regulation, not a single miRNA has yet been experimentally associated with katanin regulation. Within the scope of the thesis study, for the first time in the literature, the effects of miR-124-3p, which was detected by bioinformatics analysis, on the expression of the KATNA1 gene were investigated. For this aim, SH-SY5Y neuroblastoma cells were transfected with pre-miR-124-3p mimic and pre-miR miRNA precursor negative control. Then, qRT-PCR and western blotting methods were used to quantify the effects of this transfection on P60-Katanin expression at both the RNA and protein levels, respectively. The results of this in vitro study showed for the first time that miR-124-3p, which was predicted to bind to KATNA1 mRNA by bioinformatics analysis, may be involved in the regulation of KATNA1 gene expression. The data obtained within the scope of the thesis study will make a significant contribution to the literature for a better understanding of the expressional regulation of P60-Katanin and will also lead the studies to better examine this interaction.
Benzer Tezler
- Deneysel status epileptikus modelinde midazolam ve klonazepam uygulanması sonrası biyomarkır olarak öne çıkan muhtemel miRNA'ların araştırılması
Investigation of possible miRNAs featured as biomarkers after midazolam and clonazepam application in experimental status epilepticus model
HAVA YILDIRIM
Doktora
Türkçe
2022
Tıbbi BiyolojiSağlık Bilimleri ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ENDER MEHMET ÇOŞKUNPINAR
- Düzenli aerobik egzersizle oluşturulan kardiyak hipertrofinin mikroRNA ile ilişkisi
Relationship between regular aerobic exercise-induced cardiac hypertrophy and microRNA
MUKADDES PALA
- Ciddi hiperbilirübinemili yenidoğanlarda mikroRNA ekspresyon profilleri
MicroRNA expression profiles in newborns with severe hyperbilirubinaemia
AYKUT DEMİR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2021
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıPamukkale ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HACER ERGİN
- Multipl skleroz'lu hastalarda plazma miRNA ekspresyon profillerinin araştırılması
Investigation of plasma miRNA expression profiles in patients with multipl sclerosis
SEZEN SEZEN
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Eczacılık ve FarmakolojiMersin ÜniversitesiFarmasötik Teknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. EBRU DERİCİ EKER
- Prohibitin1 ve Prohibitin2 genlerinin ekspresyonunda rol alan ve bu genlerin düzenleyicisi olan mikrorna'ların over kanserinde biyobelirteç olup olmama potansiyelinin araştırılması
Investigation of the potential of micrornas, which are involved in the expression of Prohibitin1 and prohibitin2 genes and are the regulators of these genes, as biomarkers in ovarian cancer.
TUĞÇE YAŞAR KÜÇÜK