Karbapenem dirençli pseudomonas aeruginosa izolatlarının direnç ve virülans genlerinin taranması ve pfge ile moleküler epidemiyolojisinin incelenmesi
Determination of the resi̇stance and virulence genes is carbapenem resistant pseudomonas aeruginosa isolates and investigation of its molecular epi̇demi̇ology by pfge
- Tez No: 787825
- Danışmanlar: PROF. DR. OSMAN BİROL ÖZGÜMÜŞ
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Pseudomonas aeruginosa, carbapenem resistance, virulence gene, PFGE, Pseudomonas aeruginosa, karbapenem direnci, virülans geni, PFGE
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Recep Tayyip Erdoğan Üniversitesi
- Enstitü: Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 81
Özet
Introduction and Purpose: Pseudomonas aeruginosa (P. aeruginosa) is a Gram-negative, non-fermentative, opportunistic pathogen that can cause serious infections, especially in patients in intensive care. In recent years, the increase in multi-drug resistant P. aeruginosa strains has complicated treatment. This study aimed to investigate the antibiotic resistance, virulence genes and clonal relationship among carbapenem-resistant clinical isolates of P. aeruginosa that were obtained from patients admitted to Recep Tayyip Erdogan University Training and Research Hospital. Materials & Methods: Fifty-eight carbapenem-resistant P. aeruginosa isolates identified by the VITEK-2 automated system were included in the study. Antibiotic resistance genes and virulence genes were screened by PCR. PFGE method was used to determine the clonal similarity between the strains. Pearson's Chi-square and Fisher's compatibility tests were used to investigate the relationship between demographic data, antibiotic resistance and detected genes. Results: The antibiotic susceptibility of the isolates was as follows: amikacin 41.8%, gentamicin 67.2%, tobramycin 48.2%, ceftazidime 81.03%, cefepime 81.03%, ciprofloxacin 67.2%, levofloxacin 75.8%, and piperacillin-tazobactam 91.38%. Of the resistance genes, blaVIM was detected in three isolates, and mexY was detected in 28 isolates. Among the virulence genes, exoY was found in 65.5% of isolates, exoT in 56.8%, algD in 44.8%, and exoA in 15.5%. Quorum-sensing genes were not found. A statistically significant correlation was found between exoT and PRP (p=0.012) and also between the absence of exoY and gentamicin resistance (p=0.037). No dominant epidemic strain was detected in PFGE. Forty-one different genotypes were found(observed), and the isolates were collected into 12 different clusters. The clustering rate was found to be 47%. Discussion & Conclusions: In this study, high levels of antibiotic resistance were found in isolates. High resistance of ear drainage culture isolates was noted. The resistance is low compared to other country's gene rates however it is compatible with the studies in our country. The virulence gene rates were found lower than studies conducted in our country and the world. According to the results of the PFGE analysis, most of the isolates were unrelated. No significant relationship was found between isolates whose band profiles were the same or closely related and demographic data. In order to control the transmission of carbapenem-resistant bacteria between patients and wards, molecular epidemiological vii studies should be expanded at national and international levels to identify the source of infections and to develop preventive strategies.
Özet (Çeviri)
Giriş ve Amaç: Pseudomonas aeruginosa (P. aeruginosa) özellikle yoğun bakım hastalarında ciddi enfeksiyona neden olabilen Gram negatif nonfermentatif fırsatçı patojendir. Son yıllarda çoklu ilaç dirençli P. aeruginosa suşlarının artması tedaviyi zorlaştırmaktadır. Bu çalışmada Recep Tayyip Erdoğan Üniversitesi Eğitim ve Araştırma Hastanesi'ne başvuran hastaların klinik örneklerinden izole edilen karbapenem dirençli P. aeruginosa izolatlarında antibiyotik duyarlılıkları, direnç genleri, virülans genleri ve izolatlar arasındaki klonal ilişkinin araştırılması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: VITEK-2 otomatize sistemi ile tanımlanan karbapenem dirençli 58 adet P. aeruginosa izolatı ile çalışmaya dahil edildi. Antibiyotik direnç genleri ve virülans genleri PCR ile tarandı. Suşlar arasında klonal benzerliğin tespit edilmesi için PFGE yöntemi kullanıldı. Demografik veriler, antibiyotik direnci ve tespit edilen genler arası ilişkiyi araştırmak için Pearson's Ki-kare ve Fisher's uygunluk testleri kullanıldı. Bulgular: İzolatların antibiyotik duyarlılıkları aşağıdaki gibi bulundu: amikasin %41.8, gentamisin %67.2, tobramisin %48.2, seftazidim %81.03, sefepim %81.03, siprofloksasin % 67.2, levofloksasin %75.8, piperasilin-tazobaktam %91.38. Direnç genlerinden üç izolatta blaVIM, 28 izolatta mexY tespit edildi. Virülans gemlerinden exoY %65.5, exoT %56.8, algD %44.8, exoA %15.5 şeklinde bulundu. Quorum sensing genleri bulunmadı. İstatistiksel olarak exoT ile TZP arasında (p=0.012) ve exoY yokluğu ile GEN direnci arasında (p=0.037) anlamlı ilişki tespit edildi. PFGE'de baskın salgın izolatı saptanmadı. Kırk bir farklı genotip tespit edilmiş olup izolatlar 12 farklı küme içerisinde toplandı. Kümeleşme oranı ise %47 olarak tespit edildi. Tartışma ve Sonuç: Bu çalışmada izolatlarda yüksek düzeyde antibiyotik direncine rastlandı. Kulak akıntı kültürü izolatlarının yüksek dirençli olması dikkat çekti. Direnç geni oranı ülkemizdeki çalışmalarla uyumlu olup diğer ülkelere göre düşük oranda görüldü. Bu çalışmada bulunan virülans genlerinin ülkemiz ve dünya geneli sonuçlara göre düşük oranda olduğu görüldü. PFGE analizi sonucuna göre izolatların çoğunun ilişkisiz olduğu görüldü. Karbapenem dirençli bakterilerin hastalar ve klinikler arası bulaşını kontrol etmek, enfeksiyonların kaynağını tespit etmek ve önleyici stratejiler geliştirmek için moleküler epidemiyolojik çalışmaların ulusal ve uluslararası sahalarda arttırılması gerekir.
Benzer Tezler
- Klinik örneklerden izole edilen karbapenem dirençli Pseudomonas aeruginosa izolatlarındaki antibiyotik direncinin moleküler analizi
Molecular analysis of antibiotic resistance in carbapenem-resistant Pseudomonas aeruginosa isolates isolated from clinical samples
GÜLŞAH ALTAN
Doktora
Türkçe
2024
MikrobiyolojiRecep Tayyip Erdoğan ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. OSMAN BİROL ÖZGÜMÜŞ
- Pseudomonas aeruginosa suşlarında virülans faktörlerinin fenotipik yöntemlerle araştırılması
The investigation of virulence factors of pseudomonas aeruginosa isolates BY phenotypic methods
ZEHRA BÜŞRA ATCIYURT
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
MikrobiyolojiErciyes ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. DUYGU PERÇİN RENDERS
- Pseudomonas aeruginosa izolatlarının antibiyotiklere direnç mekanizmalarında aktif atım pompaları ve porin proteinlerinin etkisinin araştırılması
Investigation of the effects of active efflux pumps and porine proteins in antibiotic resistance mechanism of Pseudomonas aeruginosa isolates
HÜSEYİN AGAH TERZİ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2012
MikrobiyolojiSakarya ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. İHSAN HAKKI ÇİFTCİ
DOÇ. DR. CANAN KÜLAH
- Çeşitli klinik örneklerden izole edilen pseudomonas aeruginosa'nınkarbapenemaz üretimi ve tiplendirilmesinde fenotipik ve genotipik yöntemlerin değerlendirilmesi
Evaluation of phenotypi̇c and genotypic methods for carbapenemaseproduction and typing in pseudomonas aeruginosa isolates from various clinical samples
HATİCE KARALİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
MikrobiyolojiMarmara ÜniversitesiMikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MEHMET BURAK AKSU
- Harran Üniversitesi Araştırma ve Uygulama Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarında izole edilen pseudomonas aeruginosa izolatlarında antibiyotik direnç, indüklenebilir betalaktamaz ve metallo betalaktamaz oranlarının belirlenmesi
Determinaton rates of antibiotic resistance, inducible betalactamase and metallo betalactamase in pseudomonas aeruginosa strains isolated in Mikrobiyology Laboratory of Research and Application Hospital Harran Universty
HADİCE ÖZÇINAR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2013
MikrobiyolojiHarran ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET BAYRAKTAR