Geri Dön

Comparative molecular dynamics analysis of a fungal hydrophobin roda behavior at interfacial environment

Arayüz ortamında mantar hidrofobin roda davranışının karşılaştırmalı moleküler dinamik analizi

  1. Tez No: 789424
  2. Yazar: İREM KARA
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. GÜNSELİ BAYRAM AKÇAPINAR
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoistatistik, Biyokimya, Biyoloji, Biostatistics, Biochemistry, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2023
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoistatistik ve Biyoinformatik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 177

Özet

Aspergillus fumigatus fırsatçı bir insan patojenidir ve bağışıklık yetersizliği olan konakçılarda ciddi solunum yolu hastalıklarına neden olur. Enfeksiyona eşeysiz sporlar (konidia) aracılık eder ve konidia yüzeyi hidrofobin adı verilen özel amfipatik proteinlerle kaplıdır. Bu proteinler, hücre duvarı bileşenlerini, özellikle de patojene karşı bağışıklık tepkisini tetikleyen polisakkaritleri maskeler. A. fumigatus Sınıf I RodA hidrofobini, çubuksu yapılarının paralel düzenlenmesinden kaynaklanan karakteristik bir morfolojiye sahip, oldukça düzenli amfipatik katmanlar halinde birleşir. Çubuklar, nörodejeneratif ve metabolik hastalıklara neden olan amiloid proteinlere benzer şekilde beta-yaprakları açısından zengin amiloid benzeri yapılardan oluşur. Ayrıca, hidrofobinler hidrofilik/hidrofobik arayüzlerde katmanlar oluşturabilir. Aynı sınıftaki hidrofobinler benzer morfolojik karaktere sahip katmanlar halinde düzenlense de kendiliğinden düzenlenmede görev alan yapısal bölgeler değişiklik göstermektedir. RodA hidrofobininin kendiliğinden düzenlenmesindeki kilit bölgeler ve katmanların olası yapı taşları daha önceki çalışmalarda önerilmiştir. Bununla birlikte, kendiliğinden düzenlenme mekanizmalarının atomik detayları henüz bilinmemektedir. Bu tezde, kendiliğinden düzenlenmenin ilk adımları hakkında fikir edinmek için hava/su arayüzlerinde tüm atom MD simülasyonları gerçekleştirilmiştir. Düzenlenmeyi hızlandırmak ve periyodik resimlerle etkileşimi engellemek için su kutularının kenarlarına yakın su moleküllerine kısmi konum kısıtlamaları uygulanmıştır. Kümelenme davranışının büyük ölçüde ilk yönelimlere bağlı olduğu gözlemlenmiştir ve hem L2 hem de L3 döngülerinin arayüzüde havaya doğru dönerek üst üste binmekten ziyade yan yana hizalandığı bir kendiliğinden düzenlenme modeli önerilmiştir.

Özet (Çeviri)

Aspergillus fumigatus is an opportunistic human pathogen and causes severe respiratory diseases in immune-deficient hosts. The infection is mediated by the asexual spores (conidia) and the surface of the conidia is covered with special amphipathic proteins called hydrophobins. These proteins mask the cell wall components, especially polysaccharides that trigger an immune response against the pathogen. Class I RodA hydrophobin from A. fumigatus assembles into highly ordered amphipathic layers with a characteristic morphology resulting from the parallel arrangement of rodlet structures. The rodlets consist of amyloid-like structures rich in beta-sheets as a similar amyloid aggregate of proteins resulted in neurodegenerative and metabolic diseases. Furthermore, hydrophobins can form layers at hydrophilic/hydrophobic interfaces. Although hydrophobins form the same classes assembled into layers with similar morphological character, the structural regions involve in the self-assembly vary. The key regions in RodA hydrophobin self-assembly and the possible building units of the layers were already proposed in earlier studies. However, the atomic details of the self-assembling mechanism are not known yet. In this thesis, all-atom MD simulations were performed at air/water interface to get insight into the initial steps of self-assembly. Partial positional restraints on the water molecules near the edges of water boxes to fasten aggregation and prevent interactions with periodic images. It is observed that clustering behavior highly depends on initial orientations, and a self-assembly model is suggested in which both L2 and L3 loops are aligned side-by-side rather than overlapping, turning air at the interface.

Benzer Tezler

  1. Structural bioinformatics analysis of the candidate tumor suppressor protein CTCF

    Aday tümör baskılayıcı protein CTCF'in yapısal biyoenformatik analizi

    SİNEM DARWISH

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2021

    Biyoistatistikİstanbul Medipol Üniversitesi

    Biyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ KIVANÇ KÖK

  2. The dynamics underlying enhancement of E2 ligase activity by E3 ligases in sumoylation

    Sumolanmada E2 ligaz aktivitesinin E3 ligazlar ile arttırılmasının belirleyici dinamikleri

    MELDA TOZLUOĞLU

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2008

    Kimya MühendisliğiBoğaziçi Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. TÜRKAN HALİLOĞLU

  3. Computational assessment of the effect of allosteric mutations on the dynamics of pdz domains

    Pdz bölgelerinde dinamiklerinde allosterik mutasyonların etkisinin karşılaştırılması

    NAZLI KOCATUĞ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2018

    BiyofizikSabancı Üniversitesi

    Moleküler Biyokimya ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. CANAN ATILGAN

  4. FeCI3 ve YCI3 sistemlerinin sıvı fazdaki yerel yapılarının incelenmesi

    The Determination of local structure of FeCI3 and YCI3 systems in liquid phase

    FİKRET FATİH ONAY

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2001

    Fizik ve Fizik Mühendisliğiİstanbul Üniversitesi

    Atom ve Molekül Fiziği Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. ZEHRA AKDENİZ

  5. Systems biomedicine approaches in renal cell carcinomas to identify subtype-specific molecular signatures and potential therapeutics

    Alt tipe özgü moleküler işaretçileri ve potansiyel terapötikleri tanımlamak için renal hücreli karsinomlarda sistem biyotıp yaklaşımları

    AYŞEGÜL ÇALIŞKAN İŞCAN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    BiyoistatistikMarmara Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. KAZIM YALÇIN ARĞA