Analysis of HMLHI germline mutations in three Turkish hereditary nonpolyposis colorectal cancer kindreds
Kalıtsal polipoz olamayan kolorektal kanserli üç Türk ailesinde HMLHI genindeki eşey hücresi mutasyonlarının analizi
- Tez No: 79306
- Danışmanlar: Y.DOÇ.DR. MARİE RİCCİARDONE
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 1998
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 111
Özet
Kalıtsal polipoz olmayan kolorektal kanseri, Batı ülkelerinde en sık rastlanan genetik hastalıklardan biridir. Bu klinik sendrom, erken yaşta ortaya çıkan kolorektal kanseri ve diğer kanserlerin ortaya çıkmasını artıran kalıtsal yatkınlıkla karakterizedir. Beş, insan yanlış eşleşme DNA tamir genlerinden (hMLHl, hMSH2, hPMSl, hPMS2, ve hMSH6) birinde olan eşey hücresi bozukluğu, bu hastalığın ortaya çıkmasına neden olur. Kalıtsal polipoz olmayan kolorektal kanserli ailelerde bulunan mutasyonlann çoğunluğu, hMLHl ve hMSH2 genlerinde görülmektedir. Bu çalışmada, kalıtsal polipoz olmayan kolorektal kanserli üç Türk ailesinde bulunan eşey hücresi mutasyonlannm tanımlanması için çeşitli mutasyon tarama metodlan kullanılmıştır. Genomik DNA'nın restriksiyon enzim analizi, daha önceden tanımlanmış G884C mutasyonu taşıyan bir kalıtsal polipoz olmayan kolorektal kanserli ailenin beş ferdinin incelenmesinde kullanılmıştır. Bu beş bireyin genotipleri, Ddel enzim analizi ile belirlenmiş ve sonuçlar DNA dizi analizi ile doğrulanmıştır. Daha önceden tanımlanmış A1652C mutasyonunu taşıyan diğer bir kalıtsal polipoz olmayan kolorektal kanserli ailenin yirmidokuz ferdi, Hphl restriksiyon enzim analizi ile tanımlanmıştır ve sonuçlar DNA dizi analizi ile doğrulanmıştır. Her iki analiz de genetik danışma isteyen bu ailelerin mutasyon taramasında, güvenilir ve hesaplı tekniklerdir. Tek iplikçikli yapısal çeşitlilik analizi, bilinmeyen eşey hücresi mutasyonlannın taranmasında kullanılmıştır. En hassas protokollerin belirlenmesi için, daha önceden mutasyonlan tanımlanmış dokuz DNA örneği, çeşitli jel içeriği ve elektroforez koşullarında çalışılmıştır. Bu protokoller, daha sonra rutin mutasyon tarama çalışmalarında kullanılmıştır. Mutasyonu henüz tanımlanmamış olan üçüncü bir kalıtsal polipoz olmayan kolorektal kanserli ailenin, hMLHl geninin bütün kodlayıcı dizisi, bu metodla taranmıştır. Ekson 7 ve 15, kontrol diziye göre farklılık göstermiştir. Bu iki eksonun nükleotid dizileri, floresan otomatik DNA analizi ile belirlenmiştir. Ekson 15 deki farklılığın, kontrol örnekteki intronik bir polimorfizimden kaynaklandığı görülmektedir. Ekson 7 için ilk veriler, probanla kontrol nükleotid sekans arasında bir farkhlık olmadığını göstermektedir. Sonuç olarak, bu ailedeki yanlış eşleşme DNA tamir bozukluğunun hMLHl geninden kaynaklanmadığı düşünülmektedir. İleriki çalışmalar, hMSH2 geninin incelenmesi üzerinde yoğunlaşacaktır. iv
Özet (Çeviri)
Hereditary nonpolyposis colorectal cancer (HNPCC) is one of the most common genetic diseases in Western world. It is a clinical syndrome characterized by an inherited predisposition to early onset colorectal and an increased incidence of other cancers. The disease is caused by a germline defect in one of five human DNA mismatch repair genes, hMLHl, hMSH2, hPMSl, hPMS2, and hMSH6. Defects in hMLHl and hMSH2 account for the majority of mutations found in HNPCC families. In this study, a variety of mutation detection methods were used to identify hMLHl germline mutations in three Turkish HNPCC kindreds. Restriction enzyme analysis of genomic DNA was used to analyze five members of an HNPCC family with a previously described G884C mutation. The genotypes of all five individuals were determined by Ddel digestion and the results were confirmed by DNA sequence analysis. HphI restriction enzyme analysis was used to analyze twenty-nine members of an unrelated HNPCC family for a previously identified A1652C mutation. Genotypes were determined for all individuals and the results were confirmed by DNA sequence analysis. Both of these restriction enzyme analyses are reliable, cost-effective methods that can be used in mutation screening programs for family members who request genetic counseling. Single strand conformation polymorphism analysis (SSCP) was used to screen for unknown germline mutations. Nine DNA samples with defined mutations in the hMLHl gene were analyzed using several gel formulations and electrophoretic conditions to determine the most sensitive protocols. These protocols were then used for routine mutation detection. In a third HNPCC family, for whom no mutation has yet been defined, the complete coding sequence of the hMLHl gene was screened by SSCP. Two exons, 7 and 15, showed an altered mobility compared to control sequences. The nucleotide sequence of these two exons was determined by automated fluorescence DNA sequence analysis. The differential mobility observed for exon 15 appears to be due to an intonic polymorphism in the control sample. Preliminary results for exon 7 show no difference between proband and control nucleotide sequences. Thus, the DNA mismatch repair defect in this kindred appears not to be in hMLHl. Further studies will focus on the analysis of hMSH2. iii
Benzer Tezler
- Nf1 mutation analysis in a patient homozygous for a truncating hmlh1 mutation
Mlh1 mutasyonu için homozigot olan bir çocukta nf1 mutasyon analizi
HANİ ALOTAİBİ
Yüksek Lisans
İngilizce
1999
Genetikİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. MARİE RİCCİARDONE
- H.pylori (+) / (-) gastrit ve gastrik kanser örneklerinde gen metilasyon paternlerinin değerlendirilmesi
To evaluate the methylatıon profıles of genes ın gastrıtıs and gastrıc cancer
MURAT ÖZNUR
Doktora
Türkçe
2011
GenetikEskişehir Osmangazi ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEVİLHAN ARTAN
- Kolo-rektal kanserli olgularda, genetik ve epigenetik değişikliklerin araştırılması
Analysis of aberrant hypermethylation and microsatellite instabilite in colo-rectal cancer patient
CUMHUR GÖKHAN EKMEKÇİ
- Karaman ili kuzu besi işletmelerinde karlılık ve verimlilik analizleri
Analysis of probitability and productivity of lamb fattening enterprises in Karaman province
YAVUZ CEVGER
Doktora
Türkçe
1997
Veteriner HekimliğiAnkara ÜniversitesiHayvancılık İşletme Ekonomisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SADİ ARAL
- Hızlı ilerleyen ve erişkin periodontitisli hastaların tedavi öncesi ve sonrası dişeti oluğu sıvısı ve dişeti dokusu interleukin-8 düzeyleri
Analysis of ınterleukin 8 in gingival crevicular fluid and gingival tissues of rapidly progressive and adult periodontitis patients
ARZU SADİYE ÖZKAVAF
Doktora
Türkçe
1999
Diş HekimliğiHacettepe ÜniversitesiPeriodontoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EZEL BERKER