Determination of miRNA profile and partial protein analysis in secreting exosomes from chordoma cells
Kordoma hücelerinden salgılanan eksozomların miRNA profillerinin belirlenmesi ve kısmi protein analizlerinin belirlenmesi
- Tez No: 798005
- Danışmanlar: PROF. DR. ÖMER FARUK BAYRAK
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoteknoloji, Genetik, Tıbbi Biyoloji, Biotechnology, Genetics, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Eksozomlar, Kordoma, Mikro RNA, Proteinler, Exosomes, Chordoma, Micro RNA, Proteins
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Yeditepe Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyoteknoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Kordoma, nadir görülen, embriyonik notokord kalıntılarından köken alan, yavaş büyüme, yüksek nüks oranı ve ilaç direnci özelliklerine sahip bir çeşit kemik tümörüdür. Kanser kök hücreleri, tümörlerin nüks etmelerini ve kanser hücrelerinin agresifliklerini yönendirebilmektedir. Tümörküre kültür methodu, kanser kök hücrelerinin anoikis direnci ile küre yapılarını oluşturmasına dayanmaktadır. Eksozomlar, kargo molekülleri olan miRNAlar, proteinler ve lipitler aracılığıyla hücre-hücre iletişimini destekleyen hücreler arası keseciklerdir. Çalışmamızda ilk olarak tümörküre kültürlerinin kanser kök hücre zenginleştirmesinde öncülük ettiği tespit edilmiştir. Daha sonrasında bu tümörkürelerden ve parental hücrelerden eksozom izolasyonları gerçekleştirilmiş, bu eksozomların karakterizasyonları NTA analizi, eksozomların yüzey tetraspaninlerinin tespiti ve akış sitometrisi vasıtasıyla yapılmıştır. Eksozom uygulamasının kordoma hücre hatları üzerindeki etkilerini araştırmak için hücre canlılığı, invazyon-migrasyon kapasitesi, köklülükle ilişkili gen ifadeleri ve prognostik biyobelirteç ifadeleri gösterilmiştir. Bu sonuçlara göre devam eden omik çalışmaları için CH22 ve JHC7 hücre hatları seçilmiştir. miRNA mikrodizin analizlerine göre hücre döngüsü, büyüme faktörü sinyal yolakları, JAK/Stat yolakları ve köklülükle alakalı yolakların kordoma kanser kök hücrelerinden salgılanan eksozomlar ile düzenlendiği tespit edilmiştir. Ek olarak, protein dizin sonuçlarına göre içsel apoptotik yolak proteinlerinin kordoma kanser kök hücre eksozomlarında azaldığı tespit edilmiştir. Özellikle EGF sinyallerinin artışı olmak üzere birçok büyüme sinyallerinin düzenlenmesinden kordoma kanser kök hücre eksozomlarının ilişkili olabileceği tespit edilmiştir. Tüm bunlar göz önüne alındığında, bu tezin çalışmalarının tamamlanmasıyla birlikte, kordoma kanser kök hücreleri tarafından salgılanan eksozomların özellikleri ve ayrıca bu eksozomların kordoma saldırganlığını tetikleyen çeşitli kargo molekülleri belirlenmiştir.
Özet (Çeviri)
Chordoma is a slow-growing primary bone tumor that develops from embryonic notochord remnants. Although it is a rare disease, it has higher recurrence rates along with its strong resistance to conventional cancer treatments. The recurrence of tumors and the aggressiveness of cancer cells are both driven by cancer stem-like cells (CSCs). Tumorsphere culture method based on sphere formation by anoikis resistance of CSCs is used to enrich CSCs. Exosomes are small extracellular vesicles that carry proteins, lipids, miRNAs, and other cargo to support cell-cell communication. In this study, we have established that enrichment of chordoma CSCs that are generated from chordoma tumor spheres. Following that, exosomes from the the parental and CSC-enriched cell lines were isolated and characterized by exosomal surface tetraspanin determination and nanoparticle size detection using NTA and flow cytometry analyses. The effects of exosome treatment on chordoma cell lines were investigated by using several functional assays including cell viability, invasion/migration, gene quantification for the stem-cell and other prognostic biomarker. Based on these findings, exosomes isolated from two chordoma cell lines, JHC7 and CH22 were found to be the most efficient exosomes and chosen for the omic studies. The miRNA microarray results demonstrated that exosomes secreted from chordoma CSCs are involved in the regulation of cell cycle, growth factor signaling pathways, JAK/Stat pathways and stemness-associated pathways. Furthermore, protein array studies revealed that intrinsic apoptotic pathway proteins were downregulated in chordoma CSCs-driven exosomes. Moreover, exosomes secreted from chordoma CSCs showed to have a role in the regulation of growth factor signaling, particularly EGF pathway. Overall, based on our findings, we can conlcude that the properties of exosomes secreted from chordoma CSCs might be in involved in the progression of chordoma.
Benzer Tezler
- Prostat kanseri ve benign prostat hiperplazi (BPH) hastalarında miRNA ekspresyon profilinin belirlenmesi
Determination of miRNA expression profile in patients with prostate cancer and benign prostate hyperplasia (BPH)
OKAN SANCER
Doktora
Türkçe
2021
Tıbbi BiyolojiSüleyman Demirel ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. PINAR ASLAN KOŞAR
- Meme kanseri hücre hattında insülin reseptörü substratı 1 (IRS1) indüklü miRNA ekspresyon profilinin belirlenmesi
Determination of insulin receptor substrate 1 (IRS1) induced miRNA expression profile in breast cancer cell line
YILMAZ ECER
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Tıbbi BiyolojiVan Yüzüncü Yıl ÜniversitesiTemel Tıp Bilimleri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GÖKHAN GÖRGİŞEN
- İnsülin sinyal iletimini düzenleyen potansiyel mikroRNA moleküllerinin belirlenmesi ve bu mikroRNA'ların fonksiyonel analizleri
Determination of potential microRNA molecules regulating insulin signal transduction and functional analysis of these microRNAs
AYKUT BOSTANCI
Doktora
Türkçe
2022
BiyolojiKaramanoğlu Mehmetbey ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÖKHAN SADİ
- Kronik strese maruz kalan köpeklerde tükürük mikroRNA seviyelerindeki değişikliklerin belirlenmesi ve biyobelirteç potansiyellerinin araştırılması
Determination of changes in saliva microRNA expression levels in dogs exposed to chronic stress and investigation of biomarker potentials
ZEYNEP BARS YILDIRIM
Doktora
Türkçe
2025
Veteriner HekimliğiAnkara ÜniversitesiGenetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BENGİ ÇINAR KUL
- Türk buğday çeşitlerinde kuraklık stresi altında mikrorna'ların yeni nesil dizileme teknolojileri ile dizilenmesi ve ifade analizlerinin belirlenmesi
Sequencing of microrna via next generation sequencing technology in Turkish wheat cultivars under drought stress and determination of their expression analysis
FERHAT ULU
Doktora
Türkçe
2022
GenetikKastamonu ÜniversitesiGenetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET CENGİZ BALOĞLU