Huntington hastalığı ile ilişkilendirilen ERN1 ve TRAF2 genlerindeki yanlış anlamlı SNP'lerin biyoinformatik analizi
Bioinformatics analysis of missense SNPs in the ERN1 and TRAF2 genes associated with huntington's disease
- Tez No: 810957
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ ÖMER FARUK KARASAKAL, PROF. DR. MESUT KARAHAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Moleküler Tıp, Molecular Medicine
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Üsküdar Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 79
Özet
Huntington hastalığı, kromozomun 4ncü kolundaki HTT geni içerisindeki CAG trinükleotitlerinin tekrarlanmasından kaynaklanan, beyin nöronlarında ağır dejenerasyona neden olan ve ölümle sonuçlanabilen bir hastalıktır. Bu çalışmada Huntington hastalığı ile ilişkilendirilmiş ERN1 ve TRAF2 genlerinin yanlış anlamlı SNP'lerini biyoinformatik yazılım araçları kullanarak proteinlerin fonksiyonları ve stabilizasyonları üzerindeki muhtemel zararlı etkilerinin açıklanması amaçlanmıştır. ERN1 geni için toplam 33486 SNP sayısından 740 adet yanlış anlamlı SNP, TRAF2 geni için 23398 SNP sayısından 434 adet yanlış anlamlı SNP elde edilmiştir. Yanlış anlamlı SNP'lerin potansiyel olarak zararlı etkilerini tahmin etmek için SNAP2, SIFT, PolyPhen-2 (HumDiv ve HumVar), SNPs&GO, PhD-SNP, PANTHER ve Meta-SNP, protein stabilizasyonu için I-Mutant 2.0 ve MUpro, üç boyutlu modelleme için Project HOPE, gen-gen etkileşimleri için GeneMANIA ve protein-protein etkileşimlerinin belirlenmesi için STRING yazılım araçları kullanıldı. Huntington hastalığı ile ilişkili ERN1 ve TRAF2 genleri için 7 farklı programda 8 yazılım aracı kullanılarak 7 ve üzeri ortak zararlı etkiye sahip olan varyantlar seçildi. Sonuç olarak hastalıkla ilişkili olduğu düşünülen ERN1 ve TRAF2 genleri için toplam 4 varyant belirlendi. ERN1 geni için rs138082110 (S224C), rs199512451 (G133R), rs370210153 (P623Q) varyantlarının, TRAF2 geni için ise rs144405558 (C469R) varyantının olası zararlı etkiye sahip olabileceği çalışma sonucunda belirlenmiştir. Bu çalışmalar sonucunda elde edilen veriler huntington hastalığı ile ilgili yapılacak ileri araştırmalarda ve deneysel çalışmalarda fayda sağlayacaktır.
Özet (Çeviri)
Huntington's disease is a disease that results from the repetition of CAG trinucleotides in the HTT gene in the 4th arm of the chromosome, causing severe degeneration of brain neurons and may result in death. In this study, it aimed to explain the possible harmful effects of ERN1 and TRAF2 genes associated with Huntington's disease on the functions and stabilization of proteins using bioinformatics software tools. 740 missense SNPs were obtained from the total number of 33486 SNPs for the ERN1 gene, and 434 missense SNPs were obtained from the 23398 SNPs for the TRAF2 gene. SNAP2, SIFT, PolyPhen-2 (HumDiv and HumVar), SNPs&GO, PhD-SNP, PANTHER and Meta-SNP to predict potentially deleterious effects from missense SNPs, I- Mutant 2.0 and MUpro for protein stabilization, Project HOPE for three-dimensional modeling, GeneMANIA for gene-gene interactions and STRING software tools for determination of protein-protein interactions were used. For ERN1 and TRAF2 genes associated with Huntington's disease, variants with 7 or more common deleterious effects were selected using 8 software tools in 7 different programs. As a result, a total of 4 variants were identified for the ERN1 and TRAF2 genes, which were thought to be associated with the disease. As a result of the study, it was determined that the rs138082110 (S224C), rs199512451 (G133R), rs370210153 (P623Q) variants for the ERN1 gene and the rs144405558 (C469R) variant for the TRAF2 gene may have potentially harmful effects. The data obtained as a result of these studies will be beneficial in further research and experimental studies on Huntington's disease.
Benzer Tezler
- Ratlarda deneysel akut karaciğer yetmezliği modelinde serebral glutamat düzeylerinin in-vivo voltametrik metotla incelenmesi ve minosiklin'in bu düzeyler üzerine etkisi
In-vivo measurement of serebral glutamate levels in an experimental model of acute liver failure in rats and the effects of minocycline on them
FATİH SARUHAN
Doktora
Türkçe
2016
Eczacılık ve FarmakolojiAtatürk ÜniversitesiTıbbi Farmakoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AHMET HACIMÜFTÜOĞLU
- A challenge to copyright: Text and data mining
Telif hukukunda metin ve veri madenciliği
ESMA MUHEYNE DOĞAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
Hukukİstanbul Medeniyet ÜniversitesiÖzel Hukuk Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. CAHİT SULUK
- Hiperkinetik hareket bozukluklarında nonmotor semptomların kontrol grubuyla karşılaştırılması
Comparison of nonmotor symptoms in hyperkinetic movement disorders and the control group
HİLAL EĞİT
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2018
NörolojiÇukurova ÜniversitesiNöroloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. DURUHAN MELTEM DEMİRKIRAN
- Nano-biotechnological application of inorganic binding proteins
İnorganiklere özgün bağlanan peptidlerin nano-biyoteknolojik uygulamalari
SİBEL ÇETİNEL
Doktora
İngilizce
2012
Biyoteknolojiİstanbul Teknik Üniversitesiİleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CANDAN TAMERLER
PROF. DR. MEHMET SARIKAYA
- 3-Nitropropiyonik asit ile oluşturulan deneysel Huntington hastalığı modelinde Alfa lipoik asit'in hasar oluşturucu mekanizmalar üzerinde tedavi edici etkinliği
Therapuetic effects of alpha lipoic acid on injury mechanism of experimental Huntington's disease model that is produced by 3-Nitropropionic acid
ŞEYDA ŞAYİR
Yüksek Lisans
Türkçe
2008
BiyokimyaMarmara ÜniversitesiBiyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GONCAGÜL HAKLAR