Investigations of Aspergillus fumigatus RNA silencing mechanisms and pathogenicity in the presence of dsRNA mycoviruses
Aspergillus fumigatus RNA susturma mekanizmalarının ve patojenitesinin dsRNA mikovirüsler varlığında araştırılması
- Tez No: 819052
- Danışmanlar: PROF. DR. PIETRO SPANU, DOÇ. DR. ROBERT H.A. COUTTS
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Genetik, Tıbbi Biyoloji, Biology, Genetics, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2015
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Imperial College London
- Enstitü: Yurtdışı Enstitü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 350
Özet
Mikovirüsler, mantarları doğal olarak enfekte eden ve çoğalan spesifik bir virüs grubudur. İnsanlarda ve hayvanlarda akciğer hastalıklarına neden olan fırsatçı bir patojen olan küf mantarı Aspergillus fumigatus'un yakın zamanda en az üç farklı mikovirüs tipini barındırdığı gösterilmiştir. Mantarlarda mikovirüslere karşı RNA susturma mekanizmaları mevcuttur ve ayrıca A. fumigatus'un Dicer ve Argonaute homologları da dahil olmak üzere RNA susturmada rol oynayan tüm proteinleri kodladığı bilinmektedir. Bu nedenle, küçük interferans RNA'ların (siRNA'lar) üretilmesi ve diğer mikovirüslerde görüldüğü gibi viral dsRNA'ların susturulmasının meydana gelmesi beklenmektedir. Bu çalışma, virüssüz ve virüsle enfekte A. fumigatus'un izojenik hatlarındaki gen ekspresyon seviyelerini karşılaştırmaktadır. RNA susturulmasında rol oynayan sekiz farklı gen seçilip, bu genlerin ekspresyon seviyelerinin virüs enfeksiyonu ile korele olup olmadığını belirlemek amacıyla kantitatif PCR ile analiz edildi. siRNA'ların potansiyel varlığını daha fazla değerlendirmek için virüssüz ve virüsle enfekte izolatların küçük RNA profilleri, yeni nesil sıralama kullanılarak karşılaştırıldı. Üç A. fumigatus virüsü enfeksiyonunun varlığında virüs türevi siRNA'lar tespit edildi. Ayrıca A. fumigatus'ta ilk miRNA benzeri adaylar belirlendi. Ek olarak mikovirüslerin A. fumigatus'un patojenitesi üzerindeki etkileri, balmumu güvesi Galleria mellonella'nın larvaları kullanılarak değerlendirildi. A. fumigatus karakterize edilmemiş virüsünün A. fumigatus'ta hafif hipervirulansa neden olduğu bulunmuştur. Bildiğimiz kadarıyla bu, A. fumigatus izolatlarının küçük RNA profillerini ve ayrıca mikovirüsler ile A. fumigatus'un virülansı arasındaki etkileşimi bildiren ilk çalışmadır.
Özet (Çeviri)
Mycoviruses are a specific group of viruses that naturally infect and replicate in fungi. Aspergillus fumigatus, an opportunistic pathogen causing fungal lung diseases in humans and animals, is recently shown to harbour at least three different types of mycoviruses. RNA silencing mechanisms exist in fungi against mycoviruses and it is also known that A. fumigatus encodes all the proteins involved in RNA silencing, including Dicer and Argonaute homologues. Therefore, it is anticipated that small interfering RNAs (siRNAs) are generated and silencing of viral dsRNAs occurs as seen with other mycoviruses. This study compares the gene expression levels in isogenic lines of virus-free and virus-infected A. fumigatus. Eight different genes that play a role in RNA silencing were selected and analysed by quantitative PCR in order to determine whether the expression levels of these genes correlate with virus infection. To further evaluate the potential existence of siRNAs, small RNA profiles of virus-free and virus-infected isolates were compared using next generation s equencing. Virus -derived siRNAs were detected in the pres ence of three A. fumigatus virus infections. Moreover first miRNA-like candidates in A. fumigatus were identified. Additionally, the effects of mycoviruses on the pathogenicity of A. fumigatus were assessed using larvae of the greater wax moth Galleria mellonella. A. fumigatus uncharacterised virus was found to cause mild hypervirulence in A. fumigatus. To our knowledge this is the first study reporting the small RNA profiles of A. fumigatus isolates and also the interaction between mycoviruses and virulence of A. fumigatus.
Benzer Tezler
- Çeşitli kalem mürekkeplerinin fiziksel, kimyasal ve biyolojik koşullarda moleküler dönüşümlerinin incelenmesi
Examination of molecular transformations of various pen inks under physical, chemical and biological conditions
FATMA ÇAVUŞ YONAR
- Eısenıa fetıda türü toprak solucanlarından elde edilen farklı ekstraktların bitki patojenleri üzerindeki antibakteriyel ve antifungal aktivitelerinin araştırılması eısenıa fetıda türü toprak solucanlarından elde edilen farklı ekstraktların bitki patojenleri üzerindeki antibakteriyel ve antifungal aktivitelerinin araştırılması
The research of antibacterial and antifungal activity on plant pathogens of different extracts obtained from eisenia fetida type earthworms
UĞUR TUTAR
- Padina pavonica ekstraktının antifungal etkisinin saptanması
Determination of the antifungal effect of extraction of padina pavonica
ÜMİT BABACAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
MikrobiyolojiAdnan Menderes ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NERİMAN AYDIN
- Bazı Vincetoxicum N. M. Wolf (Asclepiadaceae) türleri üzerinde farmakognozik araştırmalar
Pharmacognostical investigations on some Vincetoxicum N. M. Wolf (Asclepiadaceae) species
SEVDA GÜZEL ÖZAY
- Samsun piyasasında satışa sunulan değişik besinlerde bozulma etkeni olan küfler üzerinde araştırma
Investigations on the moduls causing the spoliage of various foods marketed in samsun
MUSTAFA EVREN
Doktora
Türkçe
1997
Gıda MühendisliğiOndokuz Mayıs ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İSMET ŞAHİN