Nörofibromatozis tip 1 geninde belirlenen kırpılma bölgesi varyasyonlarının RNA düzeyindeki etkilerinin araştırılması
Investigation of the effects of splicing region variations determined in neurofibromatosis type 1 gene on RNA level
- Tez No: 820861
- Danışmanlar: DOÇ. DR. SELMA DEMİR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Genetik, Biotechnology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Trakya Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 131
Özet
Nörofibromatozis tip 1, Nörofibromin 1 (NF1) tümör baskılayıcı geni üzerinde gerçekleşen mutasyonların sebep olduğu, otozomal dominant kalıtılan bir tümör yatkınlık sendromudur. Nörofibromatozis tip 1'in ortalama küresel prevalansı 1/ 3.000'dir. Bütün etnik gruplarda görülebilen bu rahatsızlık sıklıkla dermatolojik, ortopedik, merkezi ve periferik sinir sitemlerini etkileyen multisistemik bir hastalıktır. Bu çalışma kapsamında, Trakya Üniversitesi Tıbbi Genetik Anabilim Dalı Genetik Hastalıklar Değerlendirme Merkezi'nde DNA'dan yapılan analizlerde NF1 geni kırpılma bölgesi varyasyonları tespit edilmiş dört NF1 olgusunun genomik DNA'da belirlenen varyasyonlarının RNA düzeyindeki sonuçlarının, olgulara ait iki farklı dokuda iki farklı Yeni Nesil Dizi Analizi yaklaşımı ve Sanger sekans ile karşılaştırmalı olarak analizi gerçekleştirilmiş, aynı zamanda, olguların ve sağlıklı kontrollerin cilt biyopsisi ve kan dokularına ait transkriptom verileri karşılaştırılarak nörofibromatozisle ilişkili olabilecek gen ekspresyon farklılıkları araştırılmıştır. Çalışmamızda, daha önce herhangi bir çalışmada RNA düzeyindeki etkisi bildirilmemiş (NF1): c.730+2T>G varyasyonun çerçeve kayması sonucu erken dur kodonu oluşumuna neden olduğu iki farklı dokuda ilk olarak gösterilmiştir. Literatürde daha önce kan dokusundan izole edilen RNA'da c.7970+4_7970+7del sonucu erken terminasyona neden olduğu bildirilen varyasyonunun, aynı mutasyonu taşıyan olgumuzda, iki farklı dokuda farklı sonuçlara neden olduğu; olgumuzun cilt biyopsisinde 54. ekzonun atlanması sonucu erken dur kodonu oluşturduğu ancak kandan izole edilen RNA'da az sayıda transkriptte iki ekzonun atlanarak takip eden intronun kısmen dahil edildiği ek bir alternatif kırpılmaya neden olduğu ilk kez gösterilmiştir. Çalışmamız kapsamında, olgu ve kontrollere ait tüm transkriptom verilerinin karşılaştırılması sonucunda, cilt biyopsilerinde melanin biyosentezi ile ilgili önemli bir yolak olan L-dopakrom yolağı elemanlarının transkript düzeylerinin anlamlı farklılıklar gösterdiği (p
Özet (Çeviri)
Neurofibromatosis type 1 (NF1) is an autosomal dominant tumor predisposition syndrome caused by mutations in the neurofibromin 1 (NF1) tumor suppressor gene. The average global prevalence of neurofibromatosis type 1 is 1 in 3.000. This condition, which can occur in all ethnic groups, is a multisystemic disease that often affects the dermatological, orthopedic, central, and peripheral nervous systems. In this study, the genomic DNA of four NF1 cases with identified NF1 gene splicing region variations was analyzed using two different Next-Generation Sequencing approaches and Sanger sequencing. The results of these variations at the RNA level were compared in two different tissues from the cases. Additionally, gene expression differences that may be associated with neurofibromatosis were investigated by comparing the transcriptome data of the cases and healthy controls from skin biopsies and blood tissues. In our study, it was first demonstrated that the c.730+2T>G variation in the NF1 gene resulted in a frameshift and premature stop codon formation at the RNA level in two different tissues, which has not been reported previously at the RNA level in any study. The c.7970+4_7970+7del variation, previously reported to cause premature termination in RNA sample isolated from blood tissue, was shown to have different outcomes in two different tissues in our case carrying the same mutation. In the skin biopsy of our case, it led to the formation of a premature stop codon by skipping exon 54, but in RNA isolated from blood, it caused an additional alternative splicing where the subsequent exon was partially included after skipping the two exons, which was shown for the first time. In our study, when all transcriptome data of the cases and controls were compared, significant differences in the transcript levels of elements in the L-dopachrome pathway, an important pathway related to melanin biosynthesis in skin biopsies, were observed (p
Benzer Tezler
- Nörofibromatozis tip1'li hastaların klinik, radyolojik ve genetik özelliklerinin retrospektif olarak değerlendirilmesi
Başlık çevirisi yok
ŞULE ÇALIŞKAN KAMIŞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2020
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıSağlık Bilimleri ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. GANİYE BEGÜL KÜPELİ
- Nörofibromatozis tip1 olgularında NF1 gen mutasyonlarının yeni nesil dizileme teknolojisi ile araştırılması
Investigation of NF1 gene mutations with next generation sequencing technology in neurofibromatosis type1 cases
SHAHRASHOUB SHARIFI
- Nörofibromatozis tip 1 tanılı hastalarda klinik bulgular ve moleküler analiz sonuçlarının değerlendirilmesi
Evaluation of clinical findings and molecular analysis results inpatients diagnosed with neurofibromatosis type 1
YASEMİN ÜNAL
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2021
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıSağlık Bilimleri ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ESRA KILIÇ
- Nörofibromatozis tip 1(NF1) kaynaklı mezenkimal stromal hücrelerin detaylı karakterizasyonu
Characterisation of mesenchymal stromal cells derived from neurofibromatosis TYPE 1 (NF1)
İREM AKAR
- Tümör geliştirmiş nörofibromatozis tip 1 (NF1) hastalarında NF1 geni fonksiyonel bölgesinde (NF1-GRD) mutasyon analizi
Mutation analysis on the functional domain (NF1-GRD) of the NF1 gene in neurofibromatosis type 1 (NF1) patients with tumors
SİBEL OĞUZKAN
Doktora
Türkçe
2003
Tıbbi BiyolojiHacettepe ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞÜKRİYE AYTER