PCR amplification, cloning and sequencing of the gene coding for salivaricin B and partial characterisation of the bacteriocin produced by Lactabacillus salivarius M7
Başlık çevirisi mevcut değil.
- Tez No: 82449
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. CANDAN GÜRAKAN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Lactobacillus salivarius M7, PCR, cycle sequencing, cloning, salivaricin B, bakteriosin. VII, Lactobacillus salivarius M7, PCR, cycle sequencing, cloning, salivaricin B, bacteriocin. IV
- Yıl: 1999
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 166
Özet
oz SALIV ARISIN B'YI KODLAYAN GENİN ZİNCİRLEME POLIMERAZ REAKSİYONU İLE ÇOĞALTILMASI, KLONLANMASI VE NÜKLOTİD DİZİLİMİNİN BELİRLENMESİ VE Lactobacillus salivarius M7 TARAFINDAN ÜRETİLEN BAKTERİOSİNİN KISMİ KARAKTERİZASYONU Çataloluk, Osman Doktora, Biyoteknoloji Bölümü Tez Yöneticisi: Doç. Dr. Candan Gürakan Ortak Tez Yöneticisi: Jos M.B.M. Vander Vossen Ekim 1999, 188 sayfa Bu çalışmada daha önce amino asit dizilimi kısmen ortaya çıkarılmış olan (Bart ten Brink et al., 1995) ve Lactobacillus salivarius M7 tarafından sentezlenen salivaricin B peptid bakteriosinini kodlayan genine bu amino asit dizilimi temel alınarak tasarlanan dejenere (tahmini) primer dizisi ile ulaşılmıştır. Sentezlenen primerler protein amino asit dizisinin iç bölgesi amino asitlerine karşılık gelecek şekilde seçildiğinden elde edilen nükleotid dizisi de sadece iç bölge amino asitlerine karşılık gelmektedir. Bu yüzden bütün amino asit dizisini kodlayan tümgenin ortaya çıkarılması için elde edilen nükleotid dizisi baz alınarak dört yeni primer sentezlenmiş ve inverse PCR tekniği ile tüm gen ve çevreleyen nüklotid dizileri ortaya çıkarılmıştır. Elde edilen nükleotid dizisi salivarisin B amino asit dizilimini doğrulamış ve daha önce bilinemeyen dört amino asidin neler olduğu nükleotid diziliminden belirlenmiştir. Ayrıca daha önce proteinin 36 amino asitten meydana geldiği bilinirken elde edilen bilgiler ışığında proteinin aslında 38 amino asitten meydana geldiği ilk defa ortaya konmuştur. Genbank ve diğer DNA nükleotid dizilim bilgi bankalarının taranması ile salivarisin B geni nükleotid diziliminin diğer bakteriosin genlerinin nükleotid dizilimlerine pek uymadığı gözlenmiştir. Salivarisin B proteininin bir preprotein olarak sentezlendiği ve dışarı salınmadan evvel 19 amino asitten meydana gelen lider bölgenin bir protease enzimi gibi davranarak kendisini bakteriosinden kopardığı anlaşılmıştır. Bu bölgenin diğer bakteriosinlerin lider bölgeleriyle çok fazla benzerlik gösterdiği ve lider bölgenin bir glisin çifti ile sonlandığı belirlenmiştir. Çift glisin motifi lider bölgeyi hücre dışına çıkarken bir işaret olarak kullanan mekanizmanın tersine bu bölgeye bağımlı olmadan dışarı çıkarılan proteinlerin taşıdığı bir işarettir (sec-independent pathway). Ayrıca salivarisin B'nin üretim, salınım ve dayanıklılık fizyolojisi üzerinde de çalışılarak, bu proteinin hangi şartlarda daha kolay ve fazla miktarda elde edilebileceği, ve hangi şartlarda aktivitesini sürdürdüğü ortaya konmuştur. Bakteriosin aktivite testi ile salivarisin B'nin yakın akraba laktik asit bakterilerine, Listeria monocytogenes gibi diğer gram-pozitif bakteriler üzerine oldukça etkili olduğu gözlenmiştir. Elektroforez çalışmalarında DNA bandlannın yaygın ve kalın oluşu ve bandlann hareket tarzlarının değişik oluşu kromozomal DNA ile karışık olarak plasmid DNA'mn da varlığını vıgöstermiştir. Bu özelliğin plasmid tarafından kodlandığı kesin olarak bilinmemekle beraber bulgular bunun plasmid kaynaklı olduğunu göstermektedir.
Özet (Çeviri)
ABSTRACT PCR AMPLIFICATION, ISOLATION, AND SEQUENCING OF THE GENE CODING FOR SALIVARICIN B AND PARCIAL CHARACTERISATION OF THE BACTERIOCIN PRODUCED BY Lactobacillus salivarius M7 Çataloluk, Osman Ph.D., The Department of Biotechnology Supervisor: Assoc. Prof. Dr. Candan Gfirakan Co-Supervisor: Dr. Jos M.B.M. Vander Vossen October 1999, 188 pages In this study, the gene coding for a peptide bacteriocin, salivaricin B, was localized by using the PCR technology with highly degenerate primers. The amino acid sequence of salivaricin B was previously partially determined (Bart ten Brink et al., 1995). Based on the information obtained from the internal nucleotide sequence of the gene, four new and perfectly matching primers were sythesized and used in pairs in inverse PCR to obtain the whole sal-B gene and mthe flanking sequences. The gene was amplified and cloned in Escherichia coli Dh 5a cells for sequencing. The nucleotide sequence data obtained from the sequencing of the sal-B gene and the flanking sequences verified the amino acid sequence of salivaricin B and the four unknown residues in the polypeptide. Additionally, contrary to the previous result of the complete amino acid sequence of salivaricin B, this is the first report which claims salivaricin B is composed of 38 residues. Salivaricin B was found to be synthesized as an unmature preprotein and contain 57 nts long leader sequence corresponding to 19 amino acids. On its way to cell membrane the leader sequence cleaves itself off the rest. The search through Genebank and other available sources showed that the nucleotide sequence of sal-B does not have any homology to other bacteriocin sequences whereas the leader sequence has been found to contain similarity to other leader sequences. The leader sequence ends with a glycine doublet which is a crucial motif for signal sequence independent (sec-independent) secretion. Additionally, the physiological conditions in which Salivaricin B was produced, synthesized, and retained active were studied. The bacteriocidal activity of Salivaricin B was found to be very high against closely related lactic acid bacteria and Listeria monocytogenes. Obtaining large smears with an unusual movenent during electrophoresis suggested the presence of plasmids. Although not known accurately, findings suggested that this trait is highly likely a plasmid encoded one.
Benzer Tezler
- Cloning and expression of TaqI restriction endonuclease gene using pmal-c2 vector system in different straints of escherichia coli
TaqI restriksiyon endonükleaz geninin pmal-c2 vektör sistemi kullanılarak değişik escherichia coli suşlarında klonlanması ve ekspresyonu
ELİF ÖZKIRIMLI
Yüksek Lisans
İngilizce
1998
Kimya MühendisliğiBoğaziçi ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF.DR. BETÜL KIRDAR
- Begonvil (Bougainvillea spectabilis Willd.) bitkisindeki boganin protein geninin klonlanması, bakteriyel ekspresyonu, antiviral ve antimikrobiyal aktivitesinin araştırılması
Cloning of boganin protein from Bougainvillea spectabilis Willd., bacrerial expression, investigation of antiviral and antimicrobial activities
ABDULLAH GÜLLER
Doktora
Türkçe
2015
BiyolojiYüzüncü Yıl ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HİKMET MURAT SİPAHİOĞLU
- Yabani soya türlerinde CenH3 geninin cDNA moleküler klonlanması
cDNA molecular cloning of CenH3 gene in wild soybean species
HÜMEYRA YILDIZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
GenetikNiğde Ömer Halisdemir ÜniversitesiTarımsal Genetik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AHMET LATİF TEK
- Fasciola hepatica cathepsin l2 geninin klonlanması ve DNA dizilemesinin belirlenmesi
Cloning and sequencing of Fasciola hepatica cathepsin l2 DNA
SERPİL BAŞPINAR
- Hıyarda (Cucumis sativus L.) etilen reseptör genlerinin klonlanması ve karakterizasyonu
The cloning and characterization of ethylene receptor genes in cucumber (Cucumis sativus L.)
HALİME ÜNLÜ
Doktora
Türkçe
2010
ZiraatSüleyman Demirel ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HÜSEYİN PADEM