Geri Dön

Molecular diversity, characterization, and antibiogram profile of Pseudomonas aeruginosa infections acquired in hospitals of Thi-Qar province, Iraq

Thi-Qar vilayeti hastanelerinde bulaşan Pseudomonas aeruginosa enfeksiyonlarının moleküler çeşitliliği, karakterizasyonu ve antibiyogram profili

PDF İndir

  1. Tez No: 830321
  2. Yazar: FAEZ HADI ALI ALATEYA
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ PINAR ARSLAN, DR. ÖĞR. ÜYESİ MUSLİM TAAHER
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2023
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Çankırı Karatekin Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Yaygın olarak sağlık hizmeti ilişkili enfeksiyonlar (SHİE) olarak bilinen nozokomiyal enfeksiyonlar, bir hastanede tıbbi bakım alırken edinilen enfeksiyonlardır. SHEİE'ler, personeli etkileyen mesleki enfeksiyonları da içerebilir. Enfeksiyon, bir patojen savunmasız bir hasta konakçıya bulaştığında gerçekleşir. SHEİ'nin etiyolojisi, enfeksiyonun kaynağına veya türüne ve viral, bakteriyel veya mantar olabilen sorumlu patojene göre belirlenir. Bu çalışmada, Thi-Qar Eyaletindeki Thi-Qar Genel Hastanesi'ne başvuran 150 hastanın yanık, apse, yara sürüntüleri ve idrar örnekleri P. aeruginosa tespiti, tiplendirmesi ve antibiyogram profili çalışması için incelenmiştir. 25-3-2022 - 25-5-2022 döneminde Yoğun Bakım Ünitesine (YBÜ) yatırılan 50 hasta ve hastanenin farklı bölümlerinden (Kadın, Erkek, Yanık ve Acil bölümleri) 100 hasta seçilmiştir. Tür seviyesinin doğrulanması için geleneksel bakteriyolojik yöntemler ve Vitek2 kullanılmıştır. Tanımlamayı doğrulamak ve virülans genlerini (LasA, LasB, ToxA ve Oprl) saptamak için moleküler yöntemler (geleneksel PCR ve 16sRNA Dizilimi) kullanılmıştır. Ayrıca P.aerugionsa genomunda spesifik bir sekans hedeflenerek moleküler yöntem (ERIC-PCR) ile de genetik çeşitlilik çalışılmıştır. Genel olarak P.aerugionsa'nın toplam izolasyon oranı 20/150 (%13,3) olmakla beraber, bunların 6/20'si (%12) yoğun bakım ünitesinden ve 14/100 (%14) hastanenin diğer bölümlerinden izole edilmiş olup, istatistiksel olarak fark söz konusu değildir (P> 0.05). Diğer taraftan, istatistiksel olarak anlamlı bir farkla (P<0,05) hastanenin diğer bölümlerine göre en yüksek (%45) izolasyon oranı Yanık bölümünde gerçeklemiştir. Bu çalışma P.aeruginosa enfeksiyonlarının %75'inin çoğunlukla YBÜ ve Yanık bölümlerindeki nozokomiyal enfeksiyonlar ve %25'inin toplum kökenli enfeksiyonlar olduğunu istatistiksel anlamlılıkla açıkça göstermektedir (P>0.05). P.aeruginosa'nın virülans profili ile ilgili olarak, PCR sonuçları tüm suşların en az iki virülans genini barındırdığını ve en yüksek yaygın genin Oprl ve LasA genleri 20/20 (%100) olduğunu ve LasB'nin 12/20 (%60) oranında bulunduğunu ortaya koymuş olup, suşlarının %65'inde ToxA geni bulunmuştur. Toplu olarak, tüm suşlar, virülans genlerinin farklı kombinasyonlarına dayalı olarak üç genotipe ayrılabilir, en yüksek yaygın genotip, 12/20 (%60) olarak tespit edilen çalışılan tüm virülans genlerini (LasB+, LasA+, ToxA+ ve Oprl+) taşıyan suşlardır. Diğer iki genotip (LasB+ ve ToxA+) ve (LasB) sırasıyla 6/20(%30) ve 2/20(%10) olarak tespit edilmiştir. LasB-, LasA+, ToxA- ve Oprl+ genotipi, yoğun bakım ünitesi hariç tüm hastane bölümlerine dağılmıştır. Tüm P.aeruginosa izolatlarının ERIC dizilerinin amplifikasyonu, Yanık, YBÜ, Kadınlar bölümü ve erkekler bölümü izolatlarının aynı ERIC paternini gösterdiğini, ER bölümü izolatının ise benzerlik matrisi 0.785 ile farklı ERIC paternlerinde ayrıldığını ortaya koymuştur. Ayrıca antibiyotik duyarlılığı açısından en yüksek direncin %40'ı geçmemek üzere Amikasin ve Levofloksasin'e, en düşük direncin ise Augmented ve Pprasilin Tozabaktam'a (%20) karşı olduğu bulunmuştur.

Özet (Çeviri)

Nosocomial infections, commonly known as healthcare-associated infections (HAI), are infections acquired while getting medical care in a hospital. HAIs can also involve occupational infections that affect staff. Infection happens when a pathogen infects a vulnerable patient host. The etiology of HAI is determined by the source or kind of infection and the pathogen responsible, which can be viral, bacterial, or fungal. In this study, burn, abscess, wound swabs, and urine samples of 150 patients attending Thi-Qar General Hospital in Thi-Qar Province were examined for P. aeruginosa detection, typing, and study of the antibiogram profile. Fifty patients admitted to Intensive Care Unit (ICU), and 100 were selected from different hospital sections (Women's, Men's, Burn, and Emergency sections) in the period of 25-3-2022 to 25-5-2022. Traditional bacteriological methods and Vitek2 were used for confirmation of the species level. Molecular methods (conventional PCR and Sequencing of 16sRNA) were used to confirm identification and detect virulence genes (LasA, LasB, ToxA, and Oprl). Additionally, the genetic diversity was also studied by molecular method (ERIC-PCR) by targeting a specific sequence within the genome of P.aerugionsa. Generally, the total isolation rate of P.aerugionsa was 20/150 (13.3%) of these 6/20(12%) were from ICU and 14/100(14%) from other hospital sections, with no statistical differences (P>0.05). On the other hand, the isolation rate was highest in the Burn section (45%) in comparison with other hospital sections with statistically significant differences (P<0.05). This study clearly demonstrates that 75% of P.aeruginosa infections were nosocomial infections mostly in ICU and Burn sections and 25% were community-acquired infections, with statistical significance (P>0.05). Regarding the virulence profile of P.aeruginosa, the PCR results revealed that all strains harbored at least two virulence genes with the highest prevalent gene being Oprl and LasA genes 20/20(100%) while LasB was found in 12/20(60%) of strains and ToxA gene was found in 65%. Collectively, all strains can be categorized into three genotypes based on the different combinations of virulence genes, the highest prevalent genotype was those strains that carry all studied virulence genes (LasB+, LasA+, ToxA+, and Oprl+) which were detected in 12/20(60%). The other two genotypes (LasB+ and ToxA+) and (LasB) were detected at 6/20(30%) and 2/20(10%) respectively. The genotype LasB-, LasA+, ToxA-, and Oprl+ was distributed throughout all hospital sections except ICU. The amplification of ERIC sequences of all P.aeruginosa isolates revealed that the isolates of Burn, ICU, Women section, and men section showed the same ERIC pattern, while the isolate of the ER section was separated in different ERIC patterns, with similarity matrix 0.785. Additionally, regarding antibiotic susceptibility, the highest resistance against Amikacin and Levofloxacin which not exceeded 40%, and the lowest resistance was found against Augmented and Ppracillin (20%).

Benzer Tezler

  1. Tez No

    216361

    T. dicoccoides ve T. dicoccon türleri arasındaki genetik çeşitliliğin rapd-pcr tekniği ile belirlenmesi

    Molecular characterization of genetic diversity between T. dicoccoides and T. dicoccon species by rapd-pcr technique

    AYŞE YEŞBEK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2007

    BiyolojiHacettepe Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ.DR. AFİFE İZBIRAK

  2. Tez No

    413605

    Bağ alanlarında asma gövde çukurlaşması-ilişkili virüs (Grapevine rupestris stem pitting-associated virus, GRSPaV)'ün moleküler karakterizasyonu ve genomik çeşitliliğinin araştırılması

    Molecular characterization and genomic diversity of grapevine rupestris stem pitting-associated virus (GRSPaV) in main vineyards

    YUSUF BAYAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    ZiraatKahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi

    Bitki Koruma Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NİHAL BUZKAN

  3. Tez No

    431011

    Ordu ili fasulye genotiplerinin morfolojik ve moleküler karakterizasyonu

    Morphological and molecular characterization of common bean genotypes collected from Ordu province

    EMİNE MERVE HASANCAOĞLU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    ZiraatOrdu Üniversitesi

    Bahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. ERCAN EKBİÇ

  4. Tez No

    785536

    Soğan (Allium cepa L.) genetik kaynaklarının morfolojik ve moleküler karakterizasyonu

    Morphological and molecular characterization of onion (Allium cepa L.) genetic sources

    ARİF BAĞCI

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    ZiraatOndokuz Mayıs Üniversitesi

    Bahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AHMET BALKAYA

  5. Tez No

    905914

    PCR VE DİZİLEME TABANLI MARKÖRLER KULLANILARAK TÜRKİYE YONCA GERMPLAZMASININ MOLEKÜLER KARAKTERİZASYONU

    MOLECULAR CHARACTERIZATION OF TURKISH ALFALFA GERMPLASM USING PCR- AND SEQUENCING-BASED MARKERS

    MELİHA FERYAL SARIKAYA

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2026

    ZiraatSivas Bilim ve Teknoloji Üniversitesi

    Bitkisel Üretim ve Teknolojileri Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MUHAMMAD AZHAR NADEEM

    PROF. DR. MUHAMMAD ASIM

Geri Dön