Molecular diversity, characterization, and antibiogram profile of Pseudomonas aeruginosa infections acquired in hospitals of Thi-Qar province, Iraq
Thi-Qar vilayeti hastanelerinde bulaşan Pseudomonas aeruginosa enfeksiyonlarının moleküler çeşitliliği, karakterizasyonu ve antibiyogram profili
- Tez No: 830321
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ PINAR ARSLAN, DR. ÖĞR. ÜYESİ MUSLİM TAAHER
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Çankırı Karatekin Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 88
Özet
Yaygın olarak sağlık hizmeti ilişkili enfeksiyonlar (SHİE) olarak bilinen nozokomiyal enfeksiyonlar, bir hastanede tıbbi bakım alırken edinilen enfeksiyonlardır. SHEİE'ler, personeli etkileyen mesleki enfeksiyonları da içerebilir. Enfeksiyon, bir patojen savunmasız bir hasta konakçıya bulaştığında gerçekleşir. SHEİ'nin etiyolojisi, enfeksiyonun kaynağına veya türüne ve viral, bakteriyel veya mantar olabilen sorumlu patojene göre belirlenir. Bu çalışmada, Thi-Qar Eyaletindeki Thi-Qar Genel Hastanesi'ne başvuran 150 hastanın yanık, apse, yara sürüntüleri ve idrar örnekleri P. aeruginosa tespiti, tiplendirmesi ve antibiyogram profili çalışması için incelenmiştir. 25-3-2022 - 25-5-2022 döneminde Yoğun Bakım Ünitesine (YBÜ) yatırılan 50 hasta ve hastanenin farklı bölümlerinden (Kadın, Erkek, Yanık ve Acil bölümleri) 100 hasta seçilmiştir. Tür seviyesinin doğrulanması için geleneksel bakteriyolojik yöntemler ve Vitek2 kullanılmıştır. Tanımlamayı doğrulamak ve virülans genlerini (LasA, LasB, ToxA ve Oprl) saptamak için moleküler yöntemler (geleneksel PCR ve 16sRNA Dizilimi) kullanılmıştır. Ayrıca P.aerugionsa genomunda spesifik bir sekans hedeflenerek moleküler yöntem (ERIC-PCR) ile de genetik çeşitlilik çalışılmıştır. Genel olarak P.aerugionsa'nın toplam izolasyon oranı 20/150 (%13,3) olmakla beraber, bunların 6/20'si (%12) yoğun bakım ünitesinden ve 14/100 (%14) hastanenin diğer bölümlerinden izole edilmiş olup, istatistiksel olarak fark söz konusu değildir (P> 0.05). Diğer taraftan, istatistiksel olarak anlamlı bir farkla (P0.05). P.aeruginosa'nın virülans profili ile ilgili olarak, PCR sonuçları tüm suşların en az iki virülans genini barındırdığını ve en yüksek yaygın genin Oprl ve LasA genleri 20/20 (%100) olduğunu ve LasB'nin 12/20 (%60) oranında bulunduğunu ortaya koymuş olup, suşlarının %65'inde ToxA geni bulunmuştur. Toplu olarak, tüm suşlar, virülans genlerinin farklı kombinasyonlarına dayalı olarak üç genotipe ayrılabilir, en yüksek yaygın genotip, 12/20 (%60) olarak tespit edilen çalışılan tüm virülans genlerini (LasB+, LasA+, ToxA+ ve Oprl+) taşıyan suşlardır. Diğer iki genotip (LasB+ ve ToxA+) ve (LasB) sırasıyla 6/20(%30) ve 2/20(%10) olarak tespit edilmiştir. LasB-, LasA+, ToxA- ve Oprl+ genotipi, yoğun bakım ünitesi hariç tüm hastane bölümlerine dağılmıştır. Tüm P.aeruginosa izolatlarının ERIC dizilerinin amplifikasyonu, Yanık, YBÜ, Kadınlar bölümü ve erkekler bölümü izolatlarının aynı ERIC paternini gösterdiğini, ER bölümü izolatının ise benzerlik matrisi 0.785 ile farklı ERIC paternlerinde ayrıldığını ortaya koymuştur. Ayrıca antibiyotik duyarlılığı açısından en yüksek direncin %40'ı geçmemek üzere Amikasin ve Levofloksasin'e, en düşük direncin ise Augmented ve Pprasilin Tozabaktam'a (%20) karşı olduğu bulunmuştur.
Özet (Çeviri)
Nosocomial infections, commonly known as healthcare-associated infections (HAI), are infections acquired while getting medical care in a hospital. HAIs can also involve occupational infections that affect staff. Infection happens when a pathogen infects a vulnerable patient host. The etiology of HAI is determined by the source or kind of infection and the pathogen responsible, which can be viral, bacterial, or fungal. In this study, burn, abscess, wound swabs, and urine samples of 150 patients attending Thi-Qar General Hospital in Thi-Qar Province were examined for P. aeruginosa detection, typing, and study of the antibiogram profile. Fifty patients admitted to Intensive Care Unit (ICU), and 100 were selected from different hospital sections (Women's, Men's, Burn, and Emergency sections) in the period of 25-3-2022 to 25-5-2022. Traditional bacteriological methods and Vitek2 were used for confirmation of the species level. Molecular methods (conventional PCR and Sequencing of 16sRNA) were used to confirm identification and detect virulence genes (LasA, LasB, ToxA, and Oprl). Additionally, the genetic diversity was also studied by molecular method (ERIC-PCR) by targeting a specific sequence within the genome of P.aerugionsa. Generally, the total isolation rate of P.aerugionsa was 20/150 (13.3%) of these 6/20(12%) were from ICU and 14/100(14%) from other hospital sections, with no statistical differences (P>0.05). On the other hand, the isolation rate was highest in the Burn section (45%) in comparison with other hospital sections with statistically significant differences (P0.05). Regarding the virulence profile of P.aeruginosa, the PCR results revealed that all strains harbored at least two virulence genes with the highest prevalent gene being Oprl and LasA genes 20/20(100%) while LasB was found in 12/20(60%) of strains and ToxA gene was found in 65%. Collectively, all strains can be categorized into three genotypes based on the different combinations of virulence genes, the highest prevalent genotype was those strains that carry all studied virulence genes (LasB+, LasA+, ToxA+, and Oprl+) which were detected in 12/20(60%). The other two genotypes (LasB+ and ToxA+) and (LasB) were detected at 6/20(30%) and 2/20(10%) respectively. The genotype LasB-, LasA+, ToxA-, and Oprl+ was distributed throughout all hospital sections except ICU. The amplification of ERIC sequences of all P.aeruginosa isolates revealed that the isolates of Burn, ICU, Women section, and men section showed the same ERIC pattern, while the isolate of the ER section was separated in different ERIC patterns, with similarity matrix 0.785. Additionally, regarding antibiotic susceptibility, the highest resistance against Amikacin and Levofloxacin which not exceeded 40%, and the lowest resistance was found against Augmented and Ppracillin (20%).
Benzer Tezler
- Türkiye orjinli yabani diploid buğday (T. monococcum spp. boeoticum) populasyonlarının morfolojik ve moleküler karakterizasyonu
The morphological and molecular characterization of wild diploid wheat (T. monococcum spp. boeoticum) originated from Turkey
HÜSNÜ AKTAŞ
- Ordu ili fasulye genotiplerinin morfolojik ve moleküler karakterizasyonu
Morphological and molecular characterization of common bean genotypes collected from Ordu province
EMİNE MERVE HASANCAOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
ZiraatOrdu ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ERCAN EKBİÇ
- Molecular characterization of walnut (Juglans regia L.) population using aflp markers
Ceviz (Juglans regia L.) populasyonunun aflp markörleri kullanılarak moleküler karakterizasyonu
RAWNAQ HUSSEİN RASHAD ALMOHAMMED
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
BiyomühendislikKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YÜKSEL BÖLEK
- Soğan (Allium cepa L.) ıslah programında aday hatların oluşturulması ve moleküler karakterizasyonu
Development of candidate inbred lines and their molecular characterization in onion (Allium cepa L.) breeding program
FATİH HANCI
Doktora
Türkçe
2016
BiyoteknolojiNiğde ÜniversitesiTarımsal Genetik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ALİ FUAT GÖKÇE
- Akdeniz ve Ege bölgesinde yetişen bazı mersin (Myrtus communis L.) genotiplerinin morfolojik ve moleküler karakterizasyonu
Morphological and molecular characterization of some mersin (Myrtus communis L.) genotypes growing in the mediterranean and Aegean regions
BETÜL TÜZÜN KİS
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
BiyoteknolojiAkdeniz ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ HATİCE İKTEN