Interactions of ELF3 and DNA methyl transferases in mesenchymal epithelial transformation
Mezenkimal epitelyal dönüşüm sürecinde ELF3 ve DNA metil transferazların etkileşimleri
- Tez No: 830521
- Danışmanlar: DOÇ. DR. HANİ ALOTAİBİ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biyoteknoloji, Biology, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Biyoinformatik, Epigenetik, Bioinformatics, Epigenetic
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: İzmir Uluslararası Biyotıp ve Genom Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Mezenkimal-epitelyal geçiş (MET) ve Epitelyal-mezenkimal geçiş (EMT) süreçleri, embriyonik gelişim, yara iyileşmesi ve tümör oluşumu gibi birçok kritik fizyolojik ve patolojik süreç için önemli olan iki biyolojik olaydır. MET yakın zamana kadar yalnızca EMT'nin ters süreci olarak görülüyordu. Ancak son araştırmalar MET'in sadece EMT'nin tersi olmadığını göstermektedir. Elf3, E-kadherin'in plazma zarı üzerindeki beklenen lokalizasyonunu değiştir ve Grhl3 promotörü içindeki korunmuş dizilere bağlanır. Böylelikle Grhl3 ekspresyonunu değiştirerek MET'in düzenlenmesinde rol oynar. Hücrede Elf3 ekspresyonunun kaybı MET başlatılmasını bozarak hücrelerin mezenkimal kalmasına neden olur; Elf3'ü içeren pozitif bir geri bildirim ağı çok muhtemel görünmektedir. DNA metilasyonu, DNA metil transferazlar (DNMT) tarafından katalize edilen MET sürecinde hücresel kimliği belirleyen en önemli epigenetik modifikasyonlardan biridir. DNA metilasyonu ve hidroksimetilasyonu, hücresel sistemlerde farklılaşma, gelişme ve pluripotens dahil olmak üzere biyolojik ve epigenetik rolleri nedeniyle ilgi odağı olmuş ve aktif DNA demetilasyon reaksiyonunda bir ara adım olarak gösterilmiştir. Bu bağlamda bu tez, DNA metilasyon enzimleri ile MET sırasında önemli bir rol oynayan Elf3 arasındaki olası etkileşimin araştırılmasını amaçlamıştır. Gen modülasyonu, DNA-protein etkileşimi ve biyoinformatiği içeren entegre bir yaklaşım uyguladık. Sonuçlar, Elf3'ün, DNA metiltransferazların transkripsiyonel düzenlemesinde yer aldığını, Elf3'ün MET düzenlemesindeki rollerini genişlettiğini ve Elf3'ün yeni fonksiyonlarını aydınlattığını gösterdi. Bulgular aynı zamanda MET'in düzenlenmesine ilişkin epigenetik bakış açımızı da arttırdı.
Özet (Çeviri)
Mesenchymal-epithelial transition (MET) and Epithelial-mesenchymal transition (EMT) processes are two biological events important for many critical physiological and pathological processes such as embryonic development, wound healing, and tumorigenesis. MET has until recently been viewed only as the reverse process of EMT. However, recent studies indicate that MET is not simply the reverse of EMT. Elf3 plays a role in regulating MET by changing the expected localization of E-cadherin on the plasma membrane and regulating Grhl3 expression by binding to conserved sequences within the Grhl3 promoter. The loss of Elf3 expression in the cell impairs MET initiation and causes cells to remain mesenchymal; a positive feedback network involving Elf3 seems very likely. DNA methylation is one of the most important epigenetic modifications determining cellular identity in the MET process, catalyzed by DNA methyl transferases (DNMT). DNA methylation and hydroxymethylation have been the focus of attention due to their biological and epigenetic roles in cellular systems, including differentiation, development, and pluripotency, and have been shown as an intermediate step in the active DNA demethylation reaction. In this context, this thesis aimed to investigate the possible interplay between DNA methylation enzymes and Elf3, which plays an essential role during MET. We applied an integrated approach, including gene modulation, DNA-protein interaction, and bioinformatics. The results indicated that Elf3 is involved in the transcriptional regulation of DNA methyltransferases, extending the roles of Elf3 in the regulation of MET and illuminating novel functions of Elf3. The findings also increased our epigenetic perspective on the regulation of MET.
Benzer Tezler
- Elf3 regulated transcriptome dynamics during mesenchymal to epithelial transition
Mezenkimel epitel geçiş sırasında Elf3 ile regüle edilen transkriptom dinamikleri
HAMDİYE UZUNER
Yüksek Lisans
İngilizce
2020
GenetikDokuz Eylül ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GÖKHAN KARAKÜLAH
DR. ÖĞR. ÜYESİ HANİ ALOTAİBİ
- Controlling bacterial biofilms by applying extremely low frequency electromagnetic fields (ELF-EMFS)
Çok düşük frekanslı elektromanyetik alan (CDF-EMA) uygulanarak bakteriyel biyofilmlerin kontrolü
HASAN KAHRAMAN
Doktora
İngilizce
2018
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. MELEK TÜTER
DR. ÖĞR. ÜYESİ TURHAN KARAGÜLER
- Lexical bundles in academic speech events: Structural and functional analysis of multi-words in ELF context
Akademik konuşmalarda söz öbekleri: Ortak dil olarak İngilizcenin (ELF)kullanıldığı bağlamlarda çoklu kelimelerin yapısal ve işlevsel analizi
ZEYNEP NUR DOĞAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
DilbilimErciyes ÜniversitesiYabancı Diller Eğitimi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ERDEM AKBAŞ
- Endüstriyel EM alanlara maruz kalma, standartlar, ölçüm prosedürlerinin geliştirilmesi ve ölçümlerin simülasyonu
Exposing to industrial EM fields, standards, developing measurement procedures and simulation of measurements
ÖZLEM ULUKUT
Yüksek Lisans
Türkçe
2005
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiSüleyman Demirel ÜniversitesiElektronik ve Haberleşme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Y.DOÇ.DR. SELÇUK ÇÖMLEKÇİ
- Zeolit ZSM-S katkılı silikon kauçuk membranlarda N-parafin/i-parafin ayrımı
Separation of n-paraffin/1 -paraffin mixtures by zeolite ZSM-S filled membranes
NİSO KALAONRA
Yüksek Lisans
Türkçe
1995
Kimya Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiDOÇ.DR. BİRGÜL ERSOLMAZ TANTEKİN