The role of CENP-A containing nucleosome in the assembly of the inner kinetochore
CENP-A içeren nükleozomun iç kinetokor yapısındaki rolü
- Tez No: 832985
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ ATHANASIA PAVLOPOULOU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyofizik, Biyokimya, Biyoloji, Biophysics, Biochemistry, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: İzmir Uluslararası Biyotıp ve Genom Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 72
Özet
Bu kapsamlı araştırma, histon varyantının kromozomal etkileşimler üzerindeki etkilerini ve kanserde moleküler dinamik simülasyonlarının potansiyel terapötik etkilerini göstermiştir. Bu çalışmanın ilk bölümünde CENP-A nükleozomlarının davranışını, kanonik H3 nükleozomlara kıyasla esnekliklerine odaklanarak araştırdık. İki değerlikli katyonların, özellikle magnezyumun bu nükleozomları nasıl etkilediğini gösterdik. Özellikle bulgularımız, magnezyum konsantrasyonlarını değiştirmenin nükleozom stabilitesini etkileme potansiyelini vurguladı ve hücre bölünmesi sırasında kromozom ayrışma süreçlerine ışık tuttu. Bundan motive olarak, daha sonra CENP-A nükleozomları ve diğer kinetekor proteinleri arasındaki etkileşimleri CENP-C'ye odaklanarak araştırdık. Moleküler dinamik simülasyonları aracılığıyla histon varyantlarının bu etkileşimlerdeki kritik rolünü belirledik. Yeni bir bulgu, H2A.Z'nin CENP-A ve CENP-C arasındaki afiniteyi modüle ederek potansiyel olarak ektopik kinetekor düzeneğini inhibe edebilmesiydi. Son olarak DNA metilasyonunda önemli bir enzim olan DNMT3A ile prokain arasındaki etkileşimi anlamak için bir çalışma gerçekleştirdik. Prokain umut verici bir DNA metilasyon inhibitörü olarak kullanılıyor. DNMT3A'nın çeşitli kanser türlerindeki rolü göz önüne alındığında, prokainle olan etki mekanizmasının anlaşılması önemliydi. Moleküler dinamik simülasyonlarımız, prokainin DNMT3A'yı nasıl engelleyebileceğine dair dinamik bir görünüm sunarak potansiyel terapötik yollar sundu. Toplu olarak, bu birbirine bağlı çalışmalar, kromozomal etkileşimlerin, bu süreçlerde moleküler dinamiğin rolünün ve bunların gen düzenlemesi ve kanser tedavilerinin daha geniş bağlamındaki etkilerinin bütünsel bir anlayışını sunmaktadır.
Özet (Çeviri)
This comprehensive research has demonstrated the histone variant effects on chromosomal interactions and the potential therapeutic implications of molecular dynamics simulations in cancer. In the first part of this study, we explored the behavior of CENP-A nucleosomes, focusing on their flexibility compared to canonical H3 nucleosomes. We investigated how divalent cations, especially Mg++, influence these nucleosomes. Notably, our findings highlighted the potential of changing Mg++ concentrations to impact nucleosome stability, shedding light on chromosome segregation processes during cell division. Motivated by this, we next explored the interactions between CENP-A nucleosomes and other kinetochore proteins, with a spotlight on CENP-C. Through molecular dynamics simulations, we identified the critical role of histone variants in these interactions. A novel finding was that H2A.Z could modulate the affinity between CENP-A and CENP-C, potentially inhibiting ectopic kinetochore assembly. Finally, we conducted a study to understand the interactions between DNMT3A, an important enzyme in DNA methylation, and procaine. Procaine showed promise as a promising DNA methylation inhibitor. Given the role of DNMT3A in numerous types of cancers, understanding its mode of action with procaine was important. Our molecular dynamics simulations provided a dynamic view of how procaine might inhibit DNMT3A, offering potential therapeutic pathways. Collectively, these interconnected studies offer a holistic understanding of chromosomal interactions, the role of molecular dynamics in these processes, and their implications in the broader context of gene regulation and cancer therapeutics.
Benzer Tezler
- Prostat kanserinde sentromer h proteinin ekspresyonunun değerlendirilmesi
Evaluation of centromere protein h expression in prostate cancer
İLKNUR KARALEZLİ
Doktora
Türkçe
2015
GenetikNecmettin Erbakan ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. HATİCE GÜL DURSUN
- Optimizing the dispersion of ceramic nanoparticles and assessing the role of aggregation in mediating biological activity
Seramik nanoparçacıkların dağılımının optimizasyonu ve kümelenmenin biyolojik aktivitedeki rolünün değerlendirilmesi
ANIL CAN ÖNDER
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Biyoistatistikİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ CEYDA ÖKSEL KARAKUŞ
PROF. MEHMET POLAT
- In vivo investigation of the epigenetic functions of the CENP-A amino terminal
CENP-A amino terminalinin epigenetik fonksiyonlarının ın vivo araştırılması
TUĞBA ŞEHİTOĞULLARI
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyolojiDokuz Eylül ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUHAMMED KASIM DİRİL
- Ventrikül kasılmasında oksidan stresin rolünün elektrofizyolojik olarak incelenmesi
The Role of oxidant stress on ventricular contraction by electrophysiological methods
ÖMER HOTOMAROĞLU
- The Role of aid NGO's as non-state actors in international politics
Yardım amaçlı sivil toplum kuruluşlarının devlet dışı aktörler olarak uluslararası politikadaki rolü
BANU İŞLET
Yüksek Lisans
İngilizce
1998
Siyasal BilimlerMarmara ÜniversitesiSiyaset Bilimi ve Uluslararası İlişkiler Ana Bilim Dalı
PROF. AKİLE GÜRSOY