Geri Dön

The role of CENP-A containing nucleosome in the assembly of the inner kinetochore

CENP-A içeren nükleozomun iç kinetokor yapısındaki rolü

  1. Tez No: 832985
  2. Yazar: ONUR ÖNDER
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ ATHANASIA PAVLOPOULOU
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyofizik, Biyokimya, Biyoloji, Biophysics, Biochemistry, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2023
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
  10. Enstitü: İzmir Uluslararası Biyotıp ve Genom Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 72

Özet

Bu kapsamlı araştırma, histon varyantının kromozomal etkileşimler üzerindeki etkilerini ve kanserde moleküler dinamik simülasyonlarının potansiyel terapötik etkilerini göstermiştir. Bu çalışmanın ilk bölümünde CENP-A nükleozomlarının davranışını, kanonik H3 nükleozomlara kıyasla esnekliklerine odaklanarak araştırdık. İki değerlikli katyonların, özellikle magnezyumun bu nükleozomları nasıl etkilediğini gösterdik. Özellikle bulgularımız, magnezyum konsantrasyonlarını değiştirmenin nükleozom stabilitesini etkileme potansiyelini vurguladı ve hücre bölünmesi sırasında kromozom ayrışma süreçlerine ışık tuttu. Bundan motive olarak, daha sonra CENP-A nükleozomları ve diğer kinetekor proteinleri arasındaki etkileşimleri CENP-C'ye odaklanarak araştırdık. Moleküler dinamik simülasyonları aracılığıyla histon varyantlarının bu etkileşimlerdeki kritik rolünü belirledik. Yeni bir bulgu, H2A.Z'nin CENP-A ve CENP-C arasındaki afiniteyi modüle ederek potansiyel olarak ektopik kinetekor düzeneğini inhibe edebilmesiydi. Son olarak DNA metilasyonunda önemli bir enzim olan DNMT3A ile prokain arasındaki etkileşimi anlamak için bir çalışma gerçekleştirdik. Prokain umut verici bir DNA metilasyon inhibitörü olarak kullanılıyor. DNMT3A'nın çeşitli kanser türlerindeki rolü göz önüne alındığında, prokainle olan etki mekanizmasının anlaşılması önemliydi. Moleküler dinamik simülasyonlarımız, prokainin DNMT3A'yı nasıl engelleyebileceğine dair dinamik bir görünüm sunarak potansiyel terapötik yollar sundu. Toplu olarak, bu birbirine bağlı çalışmalar, kromozomal etkileşimlerin, bu süreçlerde moleküler dinamiğin rolünün ve bunların gen düzenlemesi ve kanser tedavilerinin daha geniş bağlamındaki etkilerinin bütünsel bir anlayışını sunmaktadır.

Özet (Çeviri)

This comprehensive research has demonstrated the histone variant effects on chromosomal interactions and the potential therapeutic implications of molecular dynamics simulations in cancer. In the first part of this study, we explored the behavior of CENP-A nucleosomes, focusing on their flexibility compared to canonical H3 nucleosomes. We investigated how divalent cations, especially Mg++, influence these nucleosomes. Notably, our findings highlighted the potential of changing Mg++ concentrations to impact nucleosome stability, shedding light on chromosome segregation processes during cell division. Motivated by this, we next explored the interactions between CENP-A nucleosomes and other kinetochore proteins, with a spotlight on CENP-C. Through molecular dynamics simulations, we identified the critical role of histone variants in these interactions. A novel finding was that H2A.Z could modulate the affinity between CENP-A and CENP-C, potentially inhibiting ectopic kinetochore assembly. Finally, we conducted a study to understand the interactions between DNMT3A, an important enzyme in DNA methylation, and procaine. Procaine showed promise as a promising DNA methylation inhibitor. Given the role of DNMT3A in numerous types of cancers, understanding its mode of action with procaine was important. Our molecular dynamics simulations provided a dynamic view of how procaine might inhibit DNMT3A, offering potential therapeutic pathways. Collectively, these interconnected studies offer a holistic understanding of chromosomal interactions, the role of molecular dynamics in these processes, and their implications in the broader context of gene regulation and cancer therapeutics.

Benzer Tezler

  1. Prostat kanserinde sentromer h proteinin ekspresyonunun değerlendirilmesi

    Evaluation of centromere protein h expression in prostate cancer

    İLKNUR KARALEZLİ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    GenetikNecmettin Erbakan Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. HATİCE GÜL DURSUN

  2. Optimizing the dispersion of ceramic nanoparticles and assessing the role of aggregation in mediating biological activity

    Seramik nanoparçacıkların dağılımının optimizasyonu ve kümelenmenin biyolojik aktivitedeki rolünün değerlendirilmesi

    ANIL CAN ÖNDER

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    Biyoistatistikİzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ CEYDA ÖKSEL KARAKUŞ

    PROF. MEHMET POLAT

  3. In vivo investigation of the epigenetic functions of the CENP-A amino terminal

    CENP-A amino terminalinin epigenetik fonksiyonlarının ın vivo araştırılması

    TUĞBA ŞEHİTOĞULLARI

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    BiyolojiDokuz Eylül Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MUHAMMED KASIM DİRİL

  4. Ventrikül kasılmasında oksidan stresin rolünün elektrofizyolojik olarak incelenmesi

    The Role of oxidant stress on ventricular contraction by electrophysiological methods

    ÖMER HOTOMAROĞLU

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    1996

    BiyofizikAnkara Üniversitesi

    Biyofizik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. BELMA TURAN

  5. The Role of aid NGO's as non-state actors in international politics

    Yardım amaçlı sivil toplum kuruluşlarının devlet dışı aktörler olarak uluslararası politikadaki rolü

    BANU İŞLET

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    1998

    Siyasal BilimlerMarmara Üniversitesi

    Siyaset Bilimi ve Uluslararası İlişkiler Ana Bilim Dalı

    PROF. AKİLE GÜRSOY