Amiloid Aß yapılarının moleküler dinamik simülasyonları
Molecular dynamics simulations of amyloid Aß structures
- Tez No: 840180
- Danışmanlar: DOÇ. DR. MEHMET DİLAVER
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Fizik ve Fizik Mühendisliği, Physics and Physics Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Fizik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 106
Özet
Amiloid-β izoformlarından olan Aβ40 ve Aβ42 fibrillerinin varlığı ve birbirleri ile etkileşimleri Alzheimer hastalığının patolojik özelliklerin biridir. Birçok klinik vaka çalışmasında, SARS-COV-2 virüsü Alzheimer hastalığının seyrini kötüleştirdiği ve ölüm oranlarının artmasına neden olduğu rapor edilmiştir. Araştırmamızın odak noktası, SARS-COV-2 virüsünün amiloidojenik Ser55PheTyrValTyrSerArgValLys63 (SK9) peptiti varlığında Aβ40 ve Aβ42 proteinlerinin 1:1 oranda çapraz tohumlanmasıyla elde edilen heterojen (Aβ40/Aβ42) ve homojen (Aβ40) fibril modellerinin kararlıklarının nasıl etkilendiğini incelemek olmuştur. Gerçekleştirdiğimiz simülasyonlar neticesinde, SARS-COV-2 virüsü varlığı altında heterojen fibril modelinin ile homojen fibril modeline kararlılıkları arasında anlamlı sayılabilecek farklılıklar gözlemlenmemiştir. Ancak, heterojen fibril modelinin merkezi hidrofobik bölgesinin karboksil ucu hidrofobik bölgesinin rezidüleriyle homojen fibril modeline göre daha fazla etkileşim içinde olduğu görülmüştür (yayınlanmamış veri).
Özet (Çeviri)
The existence of Aβ40 and Aβ42, their aggregates, and their interaction are some pathological characteristics of Alzheimer's disease. Numerous clinical case studies throughout the COVID-19 pandemic revealed that the SARS-COV-2 causes aggravate the course of Alzheimer's disease and upsurge mortality rates. The investigation element of our study is to probe how the stability of the homogeneous (Aβ40) fibril model and 1:1 cross-seeded Aβ40 and Aβ42 fibrils of the heterogeneous (Aβ40/Aβ42) fibril model are impressed by the presence of the amyloidogenic Ser55PheTyrValTyrSerArgValLys63 (SK9) peptide of the SARS-COV-2 E-protein (envelope protein). Our analysis demonstrated that there are no prominent dissimilarities between the stability of the heterogeneous and the homogeneous fibril model. However, we observed the central hydrophobic region of the heterogeneous fibril model interacts more with the residues of the carboxyl-terminal hydrophobic region (unpublished data).
Benzer Tezler
- Potansiyel anti-alzheimer 1,4-dihidropiridin türevleri üzerinde sentez ve biyoaktivite çalışmaları
Synthesis and anti-alzheimer activity studies of potential 1,4-dihydropyridine derivatives
SÜLÜNAY PARLAR
- Donepezil benzeri bazı bileşiklerin sentezi ve yapılarının aydınlatılması
Synthesis and elucidation of some compounds like donepezil
MURAT GÜMÜŞ
- Alzheimer'lı hastalarda plazma Aß1-40 ve Aß1-42'nin dolaşımdaki sRAGE, esRAGE, sLRP1, Aß oligomer ve neprilizinle ilişkilerinin araştırılması
Investigation of relationships between Aß1-40, Aß1-42, sRAGE, esRAGE, sLRP1, Aß oligomer and neprilysin in patients with alzheimer's disease
FUNDA UYSAL
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2012
BiyokimyaDokuz Eylül ÜniversitesiTıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. MURAT ÖRMEN
- Investigating the role of Ras protein in triggering amyloid beta oligomer induced neurotoxicity
Amiloid beta oligomerleri tarafindan indüklenen nörotoksisiteyi tetiklemede Ras proteinin rolünün araştirilmasi
BAĞDESER AKDOĞAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2012
GeriatriFatih ÜniversitesiGenetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. MEHMET MURAT KÖSEOĞLU
- Nöronal hücre hatlarında Amiloid beta peptidin oluşturduğu hasarda nörosteroidlerin rolü
The role of neurosteroids on Amyloid beta toxcitiy in neuronal cell lines
ÖZLEM GÜRSOY ÇALAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2010
BiyokimyaDokuz Eylül ÜniversitesiTıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. PINAR AKAN