Geri Dön

Akçaağaç şurubu idrar hastalığı (MSUD) ile ilişkilendirilen BCKDHA ve BCKDHB genlerindeki tek nükleotid polimorfizmlerinin ın silico analizi

In silico analysis of single nucleotide polymorphisms in BCKDHA and BCKDHB genes associated with maple syrup urine disease (MSUD)

PDF İndir

  1. Tez No: 843619
  2. Yazar: KEZİBAN ÇÖRDÜKÇÜ
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ EBRU ÖZKAN OKTAY, DR. ÖĞR. ÜYESİ ÖMER FARUK KARASAKAL
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Beslenme ve Diyetetik, Biyoloji, Moleküler Tıp, Nutrition and Dietetics, Biology, Molecular Medicine
  6. Anahtar Kelimeler: Akçaağaç Şurubu İdrar Hastalığı (MSUD), BCKDHA, BCKDHB, in silico, SNP, Maple Syrup Urine Disease (MSUD), BCKDHA, BCKDHB, in silico, SNP
  7. Yıl: 2023
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Üsküdar Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 67

Özet

Akçaağaç şurubu idrar hastalığı (Maple Syrup Urinary Disease; MSUD), dallı zincirli α-ketoasit dehidrogenaz enzim kompleksinin (BCKD) azalmış aktivitesine bağlı gelişen, nadir görülen otozomal resesif geçiş gösteren metabolik bir hastalıktır. Hastalıkta izolösin, lösin ve valin metabolizmasındaki bozukluk sonucu kanda ve idrarda biriken metabolitler, hastalığa ismini veren idrarda akçaağaç şurubu kokusuna neden olmaktadır. Hastalığın görülme sıklığı toplumlar arasında değişkenlik göstermekle beraber dünya genelinde 185.000 canlı doğumda 1 olduğu bilinmektedir. Bu oran akraba evliliklerinin sık yaşandığı bölgelerde daha da artmaktadır. Bu tez çalışmasında in silico yöntemler kullanılarak MSUD hastalığı ile ilişkili olan BCKDHA ve BCKDHB genlerindeki yanlış anlamlı (missense) tek nükleotid polimorfizmlerinin (SNP) protein yapısı, fonksiyonu ve stabilizasyonu üzerine olan olası zararlı etkilerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Ayrıca protein-protein etkileşimleri, gen-gen etkileşimleri ve proteinlerin üç boyutlu modellemesi biyoinformatik yazılım araçları kullanılarak belirlenmiştir. Elde edilen sonuçlara göre BCKDHA genindeki tüm yazılım araçlarında ortak olarak zararlı olduğu tahmin edilen SNP'ler ; rs137852870 (Y438N), rs137852871 (G290R), rs137852873 (R265W), rs137852876 (C264W), rs145901144 (R297C), rs182923857 (R346C), rs377517768 (R167Q), rs137852871 (G268R), rs188135164 (R117C) ve rs373336888 (R315W)'dir. BCKDHB genindeki ortak zararlı bulunan SNP'ler; rs79761867 (R183P), rs121965004 (H206Y), rs143427811 (K211N), rs149766077 (R183W), rs371518124 (R170H), rs374253889 (D88V), rs138369202 (G109R), rs199738863 (K222I), rs374642431 (E146K), rs148905512 (P185L) ve rs369388961 (A202T)' dir. Bu tez çalışmasında in silico yöntemler kullanılarak elde edilen bu sonuçların gelecekte yapılacak olan deneysel çalışmalar için yararlı olacağı düşünülmektedir.

Özet (Çeviri)

Maple syrup urine disease (MSUD) is a rare autosomal recessive metabolic disease caused by decreased activity of the branched chain α-ketoacid dehydrogenase enzyme complex (BCKD). Metabolites accumulating in the blood and urine as a result of the disorder in the metabolism of leucine, isoleucine and valine in the disease cause the smell of maple syrup in the urine, which gives the disease its name. Although the incidence of the disease varies between societies, it is known to be 1 in 185,000 live births worldwide. This rate is even higher in regions where consanguineous marriages are common. In this thesis, it was aimed to determine the possible harmful effects of missense single nucleotide polymorphisms (SNPs) in BCKDHA and BCKDHB genes, which are associated with MSUD, on protein structure, function and stabilization by using in silico methods. In addition, protein-protein interactions, gene-gene interactions and three-dimensional modeling of proteins were determined using bioinformatics software tools. According to the results obtained, the SNPs predicted to be common harmful in all software tools in the BCKDHA gene are rs137852870 (Y438N), rs137852871 (G290R), rs137852873 (R265W), rs137852876 (C264W), rs145901144 (R297C), rs182923857 (R346C), rs377517768 (R167Q), rs137852871 (G268R), rs188135164 (R117C) and rs373336888 (R315W). The common deleterious SNPs found in the BCKDHB gene are rs79761867 (R183P), rs121965004 (H206Y), rs143427811 (K211N), rs149766077 (R183W), rs371518124 (R170H), rs374253889 (D88V), rs138369202 (G109R), rs199738863 (K222I), rs374642431 (E146K), rs148905512 (P185L) and rs369388961 (A202T) It is thought that these results obtained by using in silico methods in this thesis study will be useful for future experimental studies.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    658497

    Entoksikasyon tipi kalıtsal metabolik hastalıklarda tiyol / disülfid dengesinin değerlendirilmesi

    Evaluation of thiol / disulfide balance in intoxication type of hereditary metabolic diseases

    VEYSEL ÇAM

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ÇİĞDEM SEHER KASAPKARA

  2. Tez No

    473970

    Yenidoğan döneminde tanı alan organik asidemili hastaların klinik, laboratuvar özelliklerinin ve prognozunun belirlenmesi

    Evaluation of clinical, laboratory characteristics and prognosis of patients diagnosed with organic acidemia during the neonatal period

    YAĞMUR ÜNSAL

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    Endokrinoloji ve Metabolizma HastalıklarıHacettepe Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MURAT YURDAKÖK

  3. Tez No

    870268

    Dallı zincirli organik asidemi hastalarının beslenme durumunun değerlendirilmesi

    Evaluation of nutritional status of patients with branched chain organic acidemia

    BUSEM CAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Beslenme ve DiyetetikHacettepe Üniversitesi

    Diyetetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HÜLYA GÖKMEN ÖZEL

  4. Tez No

    789135

    Akçaağaç kokulu idrar hastalığında beslenme ve ilaç tedavisinin uzun dönem izlem sonuçlarının retrospektif olarak değerlendirilmesi

    Retrospective evaluation of the results of long-term follow-up of nutrition and drug therapy in maple syrup urine disease

    KEMAL UYLAŞ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıEge Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SEMA KALKAN UÇAR

  5. Tez No

    568163

    Akçaağaç şurubu idrarı hastalığında tanıdaki Lösin değeri ile Lösin Toleransı arasındaki ilişkinin değerlendirilmesi

    The analysis of the relationship between blood Leucine levels at diagnosis and Leucin Tolerance in maple syrup urine disease

    TUĞBA KOZANOĞLU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    Beslenme ve Diyetetikİstanbul Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. GÜLDEN FATMA GÖKÇAY

Geri Dön