Geri Dön

Akçaağaç şurubu idrar hastalığı (MSUD) ile ilişkilendirilen BCKDHA ve BCKDHB genlerindeki tek nükleotid polimorfizmlerinin ın silico analizi

In silico analysis of single nucleotide polymorphisms in BCKDHA and BCKDHB genes associated with maple syrup urine disease (MSUD)

PDF İndir

  1. Tez No: 843619
  2. Yazar: KEZİBAN ÇÖRDÜKÇÜ
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ EBRU ÖZKAN OKTAY, DR. ÖĞR. ÜYESİ ÖMER FARUK KARASAKAL
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Moleküler Tıp, Biyoloji, Beslenme ve Diyetetik, Molecular Medicine, Biology, Nutrition and Dietetics
  6. Anahtar Kelimeler: Akçaağaç Şurubu İdrar Hastalığı (MSUD), BCKDHA, BCKDHB, in silico, SNP, Maple Syrup Urine Disease (MSUD), BCKDHA, BCKDHB, in silico, SNP
  7. Yıl: 2023
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Üsküdar Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Akçaağaç şurubu idrar hastalığı (Maple Syrup Urinary Disease; MSUD), dallı zincirli α-ketoasit dehidrogenaz enzim kompleksinin (BCKD) azalmış aktivitesine bağlı gelişen, nadir görülen otozomal resesif geçiş gösteren metabolik bir hastalıktır. Hastalıkta izolösin, lösin ve valin metabolizmasındaki bozukluk sonucu kanda ve idrarda biriken metabolitler, hastalığa ismini veren idrarda akçaağaç şurubu kokusuna neden olmaktadır. Hastalığın görülme sıklığı toplumlar arasında değişkenlik göstermekle beraber dünya genelinde 185.000 canlı doğumda 1 olduğu bilinmektedir. Bu oran akraba evliliklerinin sık yaşandığı bölgelerde daha da artmaktadır. Bu tez çalışmasında in silico yöntemler kullanılarak MSUD hastalığı ile ilişkili olan BCKDHA ve BCKDHB genlerindeki yanlış anlamlı (missense) tek nükleotid polimorfizmlerinin (SNP) protein yapısı, fonksiyonu ve stabilizasyonu üzerine olan olası zararlı etkilerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Ayrıca protein-protein etkileşimleri, gen-gen etkileşimleri ve proteinlerin üç boyutlu modellemesi biyoinformatik yazılım araçları kullanılarak belirlenmiştir. Elde edilen sonuçlara göre BCKDHA genindeki tüm yazılım araçlarında ortak olarak zararlı olduğu tahmin edilen SNP'ler ; rs137852870 (Y438N), rs137852871 (G290R), rs137852873 (R265W), rs137852876 (C264W), rs145901144 (R297C), rs182923857 (R346C), rs377517768 (R167Q), rs137852871 (G268R), rs188135164 (R117C) ve rs373336888 (R315W)'dir. BCKDHB genindeki ortak zararlı bulunan SNP'ler; rs79761867 (R183P), rs121965004 (H206Y), rs143427811 (K211N), rs149766077 (R183W), rs371518124 (R170H), rs374253889 (D88V), rs138369202 (G109R), rs199738863 (K222I), rs374642431 (E146K), rs148905512 (P185L) ve rs369388961 (A202T)' dir. Bu tez çalışmasında in silico yöntemler kullanılarak elde edilen bu sonuçların gelecekte yapılacak olan deneysel çalışmalar için yararlı olacağı düşünülmektedir.

Özet (Çeviri)

Maple syrup urine disease (MSUD) is a rare autosomal recessive metabolic disease caused by decreased activity of the branched chain α-ketoacid dehydrogenase enzyme complex (BCKD). Metabolites accumulating in the blood and urine as a result of the disorder in the metabolism of leucine, isoleucine and valine in the disease cause the smell of maple syrup in the urine, which gives the disease its name. Although the incidence of the disease varies between societies, it is known to be 1 in 185,000 live births worldwide. This rate is even higher in regions where consanguineous marriages are common. In this thesis, it was aimed to determine the possible harmful effects of missense single nucleotide polymorphisms (SNPs) in BCKDHA and BCKDHB genes, which are associated with MSUD, on protein structure, function and stabilization by using in silico methods. In addition, protein-protein interactions, gene-gene interactions and three-dimensional modeling of proteins were determined using bioinformatics software tools. According to the results obtained, the SNPs predicted to be common harmful in all software tools in the BCKDHA gene are rs137852870 (Y438N), rs137852871 (G290R), rs137852873 (R265W), rs137852876 (C264W), rs145901144 (R297C), rs182923857 (R346C), rs377517768 (R167Q), rs137852871 (G268R), rs188135164 (R117C) and rs373336888 (R315W). The common deleterious SNPs found in the BCKDHB gene are rs79761867 (R183P), rs121965004 (H206Y), rs143427811 (K211N), rs149766077 (R183W), rs371518124 (R170H), rs374253889 (D88V), rs138369202 (G109R), rs199738863 (K222I), rs374642431 (E146K), rs148905512 (P185L) and rs369388961 (A202T) It is thought that these results obtained by using in silico methods in this thesis study will be useful for future experimental studies.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    967860

    Klasik akçaağaç şurubu idrar hastalığı (MSUD) tanılı hastalar ve ailelerinde beslenme durumunun ve psikososyal etkilerin değerlendirmesi

    Evaluation of nutritional status and psychosocial effects in patients with Maple Syrup Urine Disease (MSUD) and their families

    SEDANUR AKÇA YEŞİL

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2025

    Beslenme ve DiyetetikBiruni Üniversitesi

    Beslenme ve Diyetetik Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ SEVDE KAHRAMAN

    DOÇ. DR. TANYEL ZÜBARİOĞLU

  2. Tez No

    789135

    Akçaağaç kokulu idrar hastalığında beslenme ve ilaç tedavisinin uzun dönem izlem sonuçlarının retrospektif olarak değerlendirilmesi

    Retrospective evaluation of the results of long-term follow-up of nutrition and drug therapy in maple syrup urine disease

    KEMAL UYLAŞ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıEge Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SEMA KALKAN UÇAR

  3. Tez No

    484797

    Doğumsal aminoasit metabolizması bozukluğuna bağlı düşük proteinli beslenme tedavisi alan çocuklarda plazma eser element düzeylerinin belirlenmesi

    Evalution of plasma trace element status in children under protein restricted diet therapy related to inherited amino asid metabolism disorder

    ÖZLEM ARAZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    Beslenme ve Diyetetikİstanbul Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HALİT ÇAM

  4. Tez No

    1013579

    Yenidoğanlarda kalıtsal metabolik hastalık prevalansının sıvı kromatografi kütle spektrometresi ile değerlendirilmesi: Pilot çalışma

    Evaluation of the prevalence of inherited metabolic diseases in newborns by liquid chromatography mass spectrometry: A pilot study

    BURAK HASAN YOL

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2026

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıAnkara Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ÖMER ERDEVE

  5. Tez No

    939750

    Amino asit metabolizma hastalıklarında kullanılan enteral ürünlerin ve örnek diyet listelerinin protein kalitesinin belirlenmesi

    Determination of protein quality of enteral products and sample diet lists used in amino acid metabolism diseases

    ÖZGE AKGÜNDOĞDU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Beslenme ve Diyetetikİstanbul Sabahattin Zaim Üniversitesi

    Beslenme ve Diyetetik Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ ELİF EDE ÇİNTESUN

Geri Dön