Canine parvovirus ve canine coronavirus etkenlerin eş zamanlı teşhisine yönelik kit geliştirilmesi
Development of a diagnostic kit for the simultaneous diagnosis of canine parvovirus and canine coronavirus agents
- Tez No: 850422
- Danışmanlar: PROF. DR. SİBEL YAVRU
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Veteriner Hekimliği, Veterinary Medicine
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Selçuk Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Veterinerlik Viroloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 105
Özet
Köpek Parvovirusu (CPV) ve Köpek Coronavirusu (CCoV), evcil ve yabani köpeklerde sıklıkla görülen enfeksiyöz hastalıklardandır. Bu iki virus, çoğu vakada birlikte de teşhis edilebilmektedir. Bu virusların teşhisinde IFAT, PCR, RT-PCR veya ELISA gibi teknikler kullanılmaktadır. Bu çalışmanın amacı, CPV ve CCoV etkenlerini eş zamanlı teşhis edebilecek, immunfloresans temelli ve 96 gözlü mikropleytte uygulanacak bir teşhis metodu geliştirmektir. Çalışmada kullanılmak üzere 380 adet köpek dışkı numunesi toplandı. Nükleik asit ekstraksiyonları yapılan örnekler RT-PCR tekniği ile hem CPV hem de CCoV yönünden test edildi ve pozitiflik durumlarına göre sınıflandırıldı. Bu veri, geliştirilen test tekniğinin (MIFADA) validasyonu, sensitivite ve spesifitesinin hesaplanmasında kullanıldı. Solid faz olarak 96 gözlü mikropleyt kullanıldı. Her gözün sol tarafına karbonat bikarbonat tamponu içerisinde 1µl Anti-CPV (H69D), sağ tarafına ise 1 µl Anti-CCoV (M87073) primer monoklonal antikoru damlatıldı ve 16 saat inkübe edildikten sonra bloklama işlemi yapılarak pleyt hazır hale getirildi. Antikor seçimleri bir dizi ayrıntılı in-silico analizden elde edilen verilere göre yapıldı. Kontrol örneklerinin eklenmesi ve inkübasyonunu takip eden süreçte CPV ve CCoV için FITC etiketli konjugat kullanılarak kaplama bölgeleri demonstre edildi ve floresans mikroskobunda fotograflandı. Test optimizasyon çalışmalarında doğruluğu artırmak ve hassas ölçüm yapabilmek için GPU destekli yazılımsal görüntü iyileştirmeleri yapılacak ve testte kullanılması gereken yakalayıcı antikor ve konjugat titreleri hesaplandı. Optimize edilen teknik, RT-PCR ile teşhis edilen örnekler ile uygulandı ve sonuçlar karşılaştırıldı. Bu karşılaştırmaya göre testin sensitivitesinin RT-PCR'a kıyasla %94, spesifitesinin ise %100 olduğu görüldü. Bu bilgiler ışığında geliştirilen test kitinin, gelecek çalışmalarla test üretim tekniğinin iyileştirilmesi ve farklı antijenleri/antikorları teşhis edebilme yeteneğinin araştırılması ile hızlı, kolay uygulanan, ekonomik, güvenilir ve yüksek doğrulukla sonuç verebilen bir test kiti olarak kullanılmaya aday olduğu ortaya konuldu.
Özet (Çeviri)
Canine Parvovirus (CPV) and Canine Coronaviruses (CCoV) are infectious diseases frequently observed in domestic and wild dogs. These viruses can often be diagnosed together in most cases. The techniques such as IFAT, PCR, RT-PCR, or ELISA are employed for the diagnosis of these viruses. The aim of this study is to develop a diagnostic method based on immunofluorescence, applicable to a 96-well microplate, capable of simultaneously diagnosing CPV and CCoV pathogens. A total of 380 canine fecal samples were collected for use in the study. The extracted nucleic acids from these samples were tested for both CPV and CCoV using the RT-PCR technique, and the results were categorized based on positivity. This data was utilized for the validation of the developed test technique (MIFADA) and for calculating sensitivity and specificity. A 96-well microplate was used as the solid phase. On the left side of each well, 1 µl of Anti-CPV (H69D) in carbonate-bicarbonate buffer was added, and on the right side, 1 µl of Anti-CCoV (M87073) primary monoclonal antibody was dropped. After a 16-hour incubation, the plate was blocked to make it ready for use. The antibody selections were based on detailed in-silico analyses. Control samples were added, and following incubation, coating areas for CPV and CCoV were demonstrated using FITC-labeled conjugate and photographed under a fluorescence microscope. In the optimization process, GPU-supported software image enhancements were implemented to increase accuracy and enable precise measurements. The capture antibodies and conjugate titers required for the test were calculated. The optimized technique was applied to samples which diagnosed by RT-PCR, and the results were compared. According to this comparison, the test demonstrated a sensitivity of 94% compared to RT-PCR and a specificity of 100%. As a result of this information, it was revealed that the developed test kit has the potential to be used as a rapid, easily applicable, economical, reliable, and highly accurate diagnostic method. Further research is recommended to improve the test production technique and explore the ability to diagnose different antigens/antibodies in future studies.
Benzer Tezler
- Van ilinde bulunan enteritli köpeklerde canine coronavirus ve canine parvovirus insidansının serolojik olarak araştırılması
Serological investigation of canine coronavirus and canine parvovirus in dogs with enteritis in Van province
FERHAT ÜRGEN
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Veteriner HekimliğiVan Yüzüncü Yıl Üniversitesiİç Hastalıkları (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YAKUP AKGÜL
- Canine ve feline parvoviruslarının VP2 gen bölgesi bazlı moleküler karakterizasyonu ve filogenetik analizi
VP2 gene region based molecular characterization and phylogenetic analysis of canine and feline parvoviruses
SELİN NUR KIZILKOCA
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Veteriner HekimliğiAydın Adnan Menderes ÜniversitesiVeterinerlik Viroloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET TOLGA TAN
- Türkiye'nin Erzurum ilinde köpeklerde parvovirüs enfeksiyonunun prevalansı ve risk faktörlerinin araştırılması
Investigation of the prevalence and risk factors of parvovirus infection in dogs in Erzurum city, Turkey
WALIED FADULALSEED AHMED ISMAIL
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
İç HastalıklarıAtatürk Üniversitesiİç Hastalıkları (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BAŞAK HANEDAN
- Yerli canine parvovirus izolatlarının identifikasyonu ve moleküler karakterizasyonu
Identification and molecular characterization of native canine parvovirus isolates
HANNE NUR KURUÇAY
Doktora
Türkçe
2023
Veteriner HekimliğiOndokuz Mayıs ÜniversitesiVeterinerlik Viroloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEMRA GÜMÜŞOVA
- Evcil hayvan pansiyonlarında barındırılan köpeklerde Canine parvovırus enfeksiyonunun virolojik araştırılması
Virological investigation of canine parvovirus infection in dogs housed in pet boarding houses
AHMET ARVASİ GÜNEL
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Veteriner HekimliğiBurdur Mehmet Akif Ersoy ÜniversitesiVeterinerlik Viroloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YAKUP YILDIRIM