Investigating the homo-dimerization of ADGRD1/GPR133 andADGRG5/GPRr114 via resonance energy transfer techniques
Rezonans enerji transfer teknikleriyle ADGRD1/GPR133 ve ADGRG5/GPR114'ün homo-dimerizasyonunu araştırmak
- Tez No: 808653
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ÇAĞDAŞ DEVRİM SON, ÖĞR. GÖR. ORKUN CEVHEROĞLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biyoloji, Biochemistry, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 118
Özet
G protein kenetli reseptörler (GPKR'ler), memelilerdeki en büyük plazma zarı protein ailesidir. Hücre dışı ligand bağlanması yoluyla konformasyonel bir değişiklik meydana gelir ve sinyal iletimi başlar. GPKR'ler üzerinde etki eden hücre dışı ligandlar; hormonlar, nörotransmiterler, iyonlar, ışık ve hatta mekanik kuvvetler olabilir. Canlı hücrelerde, GPKR'lerin homo- ve/veya hetero-oligomerik kompleksler oluşturduğu bilinmektedir. Bu komplekslerin reseptör olgunlaşması, hareketi ve sinyal iletimi üzerinde etkileri vardır. Adhezyon G protein kenetli reseptörler (aGPKR'ler), memelilerde bulunan GPKR'ler arasında ikinci en büyük ailedir ve hücre yüzeyindeki hücre dışı hücresel matris proteinleri ve çeşitli ligandlarla etkileşime girdikleri, ayrıca doku ve organ gelişimini module ettikleri bilinmektedir. Adhezyon GPKR'leri, en az çalışılan hücre yüzeyi reseptörleri arasındadır. Bu nedenle, oligomeric yapıları, diğer GPKR ailelerinin aksine henüz tam olarak bilinmemektedir. Mevcut çalışmada, aGPKR'lerin iki üyesi olan, ADGRD1/GPR133 ve ADGRG5/GPR114 reseptörleri, floresan veya biyoluminesan proteinler ile işaretlenip, canlı hücrelerde BRET ve FRET teknikleri kullanılarak homo-oligomerizasyonları incelendi. ADGRD1'in glioblastomada upregülasyonu düzenlediği bilinmektedir. ADGRG5'in bağışıklık hücrelerinde önemli rolü vardır. Bu nedenle, reseptör oligomerizasyonunu ve bunun sonuçlarını anlamak, önemli fizyolojik ve patolojik rollere sahip olan bu merak uyandıran reseptörler için çok önemlidir. Bulgular, ilk kez ADGRD1 ve ADGRG5'in oligomerik kompleksler oluşturduğunu ve bu çalışmada bildirilen yöntemlerin bu reseptör oligomerizasyonlarının fizyolojisinin araştırılmasına yol açacağını düşündürmektedir.
Özet (Çeviri)
G protein-coupled receptors (GPCRs) are the largest plasma membrane protein family in mammals. Through extracellular ligand binding, they go through a conformational change and a signaling cascade begins. Extracellular ligands that act on GPCRs can be hormones, neurotransmitters, ions, light, and even mechanical forces. In living cells, GPCRs are known to form homo- and/or hetero- oligomeric complexes. These complexes have impacts on receptor maturation, trafficking, and signaling. Adhesion G protein-coupled receptors (aGPCRs) constitute the second largest sub-family of GPCRs in mammals and they are known to interact with the extracellular matrix proteins and various other ligands on the cell surface and modulate the tissue and organ development. Adhesion GPCRs are amongst the least studied cell surface receptors hence their oligomeric structures are not yet fully understood, unlike other GPCR families. In the current study, two members of the aGPCRs, ADGRD1/GPR133 and ADGRG5/GPR114 were tagged with fluorescent and bioluminescent proteins, and their homo-oligomerization was studied using BRET and FRET in live cells. ADGRD1 is known to be upregulated in glioblastoma and ADGRG5 has significant roles in the immune cells. Therefore, understanding the receptor oligomerization and its consequences is crucial for these intriguing receptors which have important physiological and pathological roles. Our findings, for the very first time, suggest that ADGRD1 and ADGRG5 form oligomeric complexes, and the methods reported in this study will open the path for investigating the physiology of this receptor oligomerization.
Benzer Tezler
- Investigation of the effect of GPCR oligomerization on the GNAI1 homodimerization in live cells using FRET
GPKR oligomerizasyonun GNAI1 protein homidimer oluşumunun üzerindeki etkisinin FRET yöntemi ile canlı hücrelerde araştırılması
ENİSE NALLI
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÇAĞDAŞ DEVRİM SON
DR. FATMA KÜÇÜK BALOĞLU
- Investigation of gαi1 protein homodimerization in live cells using förster resonance energy transfer (FRET) and bimolecular fluorescence complementation assay (BiFC)
G⍺i1 protein homodimerizasyonun canlı hücrelerde förster rezonans enerji transferi (FRET) ve bimoleküler floresan tamamlama (BiFC) metotları kullanılarak incelenmesi
ÖZGE ATAY
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
BiyokimyaOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyokimya Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÇAĞDAŞ DEVRİM SON
DR. ÖĞR. ÜYESİ SALİH ÖZÇUBUKÇU
- Hidrofilik vehidrofobik etkileşimlerin polimer metal komleks yapıları üzerindeki etkilerin döngülü voltametri ile incelenmesi
Investigation of the effects of hydrophobic and hydrophilic interactions on the structures of polymer- metal complexes by cyclic voltammetry
ARGUN TALAT GÖKÇEÖREN
Yüksek Lisans
Türkçe
2003
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimyagerlik Bilim Dalı
PROF. DR. CANDAN ERBİL
- Investigation of dimerization in angiotensin receptors by computational methods
Anjiyotensin reseptörlerinde dimerleşmenin hesaplamalı metodlar ile incelenmesi
İSMAİL EROL
Doktora
İngilizce
2023
BiyofizikGebze Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BÜNYEMİN ÇOŞUT
PROF. DR. SERDAR DURDAĞI
- Investigation of the interactions between NFIB and potential binding partners MAD2B and ATXN3
NFIB proteininin potansiyel bağlanma partnerleri olan ATXN3 ve MAD2B ile etkileşiminin araştırılması
EDA YILMAZYILDIRIM
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ASLI KUMBASAR