Investigation of protein products under different digestion conditions
Farklı sindirim koşullarında protein ürünlerinin incelenmesi
- Tez No: 855590
- Danışmanlar: DOÇ. DR. SÜREYYA ÖZCAN KABASAKAL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Kimya, Chemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Analitik Kimya Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 168
Özet
Proteomik, proteinleri niteliksel ve niceliksel olarak araştırır. Aşağıdan yukarıya proteomik yaklaşımı klinik biyobelirteç çalışmalarında yaygın olarak kullanılmaktadır. Bu yaklaşım, proteinlerin çözündürülmesi, denatüre edilmesi, indirgenmesi, alkillenmesi ve proteolitik olarak parçalanması yoluyla proteinlerin peptitler halinde sindirilmesini içerir. Biyobelirteç çalışmaları bu adımları insan plazması ve serumu gibi çeşitli kaynaklardan elde edilen proteinlere uygular. Literatürde değişen reaktifler, reaktif konsantrasyonları, inkübasyon sıcaklıkları ve süreleri dahil olmak üzere birçok insan serumu ve plazma sindirim prosedürü vardır. Ancak değişen sindirim yöntemlerinin protein ürünleri üzerindeki etkilerine ilişkin bilgiler sınırlıydı. Bu çalışma, literatürdeki farklı sindirim prosedürlerinin özgün peptit seviyeleri üzerindeki etkilerini sistematik olarak araştırmaktadır. Başlangıçta, sindirim prosedürleri literatür aracılığıyla tarandı ve kullanım sıklıkları, reaktifler ve kullanılan konsantrasyonların yanı sıra inkübasyon sıcaklıkları ve enzimatik sindirim sürelerine göre filtrelendi. Literatür araştırmasını temsil eden on yöntem seçildi. Öncelikle parçalama prosedürünün etkileri spektrofotometrik yöntemler kullanılarak adım adım araştırıldı. Bu adımlar çözünürlük ve denatürasyon verimliliklerini, enzim aktivitelerini ve toplam peptit verimini içeriyordu. Daha sonra, bir insan kan proteini olan Alfa-2-Makroglobulin, seçilen on yöntem kullanılarak sindirildi. Özgün peptitler ve bunların türevleri, yüksek çözünürlüklü bir kütle spektrometresi kullanılarak analiz edildi. Seçilen on yöntemin sindirim verimliliklerini araştırmak için peptit formlarında bölünme verimliliği ve yapay modifikasyon oluşumu karşılaştırıldı. Bu çalışma, farklı sindirim prosedürlerinin protein ürünleri üzerinde farklı verimlilik ve etkiler gösterdiğini ortaya çıkardı.
Özet (Çeviri)
The proteomics field investigates proteins qualitatively and quantitatively. The peptide-centric approach has become a widely applied technique in clinical biomarker studies based on quantitative mass spectrometry analysis. The fragmentation of proteins into peptides is a crucial part of the peptide-centric approach. Proteins are fragmented into peptides via a digestion process, which involves the steps of dissolving, denaturing, reducing, alkylating, and proteolytically cleaving the protein. Biomarker studies apply these steps to the proteins extracted from several sources, such as human plasma and serum. The literature searched for digestion procedures for human plasma and serum showed that there are numerous methods, including different reagents, reagent concentrations, incubation temperatures, and durations. However, the literature search suggested no implications for the effects of varying digestion methods on protein products. Therefore, this study systematically investigates the effects of different digestion procedures employed in the literature on protein products. Initially, digestion procedures from the scanned articles were filtered according to their frequency of use, employed reagents and their concentrations, incubation temperatures, and durations. Ten methods representing the literature search were chosen accordingly. Consequently, Alpha-2-Macroglobulin, a protein present in human blood, was digested through ten selected methods. Peptide derivatives obtained from different digestions were analyzed using a high-resolution mass spectrometer. Cleavage efficiency and artificial modification formation in peptide forms were compared to investigate the digestion efficiencies of ten selected methods. In addition, the effects of each step in the digestion procedure were compared. To accomplish this, conditions of a model protein, BSA, were investigated step by step using spectrophotometric methods. This study uncovered that different digestion procedures were not equivalent; their digestion efficiency differed, and they formed different artificial modifications on peptides. In conclusion, digestion procedures were found to be a variation source for clinical biomarker studies.
Benzer Tezler
- Investigation of the molecular level interactions between mucins and food protein: Spectroscopic, tribological and rheological studies
Başlık çevirisi yok
HİLAL YILMAZ ÇELEBİOĞLU
- Türkiye kökenli çörekotu tohumlarının antioksidan kaynağı olarak değerlendirilmesi
Başlık çevirisi yok
EBRU ŞENGÜL
Yüksek Lisans
Türkçe
1998
Kimya Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SELMA TÜRKAY
- Different stress factors' effect on n-glycan profiling of Cicer arietinum L.
Farklı stres faktörlerinin Cicer arietinum L. n-glikan profilleri üzerine etkisi
İREM DEHMEN
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
BiyolojiÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ FATİH SEZER
- Yüksek azot içerikli organik atıkların havasız arıtımı: Biyogaz potansiyeli ile mikrobiyal türlerin araştırılması
Anaerobic digestion of organic wastes with high nitrogen contents: An investigation on biogas potential and microbial communities
TUĞBA SAPMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
Çevre Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiÇevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÇİĞDEM GÖMEÇ
- Unlocking sustainability in wastewater denitrification through waste-derived volatile fatty acids
Atıktan kaynaklanan uçucu yağ asitleri yoluyla atıksu denitrifikasyonunda sürdürülebilirlik kilidinin açılması
TUĞBA WIKSTRÖM
Doktora
İngilizce
2024
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiÇevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. DERYA YÜKSEL İMER
PROF. DR. MOHAMMAD J TAHERZADEH