Geri Dön

Examınatıon of duodenal tıssue mıcrobıota ın obese ındıvıduals usıng metagenomıcs and culturomıcs methods

Obez bireylerde duodenal doku mikrobiyotasinin metagenomik ve kültüromik yöntemlerle incelenmesi

  1. Tez No: 855950
  2. Yazar: ILGIM DURMUŞ
  3. Danışmanlar: PROF. DR. GÜLDAL SÜYEN, PROF. DR. GÜNSELİ BAYRAM AKÇAPINAR
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyoteknoloji, Mikrobiyoloji, Biotechnology, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2024
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Medikal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 129

Özet

Obezitenin sebeplerinden biri olarak gösterilen mikrobiyota çalışmaları çoğunlukla fekal örneklerden yapılmaktadır ama besin sindiriminin ince bağırsaktaki etkisinin önemini göz önünde bulundurulmalıdır. Diğer bir yandan bu çalışmalar da çoğunlukla bakteriler üzerine odaklanılmış ve obezitede mantar çalışmaları çok azdır. Bu çalışmanın amacı obez ve normal kilolu bireylerin duodenum mikrobiyotasındaki farklılıkları kültüromik ve metagenomik metotlarını kullanarak göstermektir. Örnekler iki farklı sıcaklıkta sekiz farklı agarda ve beş farklı sıvı kültürde kültürlenmiştir ve bakteri analizleri 16S ribozomal RNA (rRNA) dizileme kullanılarak yapılmıştır. Bacillus weihenstephanensis türü sadece obez bireyde görülmüştür ve bu tür yemeğe bağlı hastalıklarla ilişkilendirilmiştir. Metagenomik kısmında da duodenum dokusundan alınan örneklerden deoksiribonükleik asit (DNA) ekstraksiyonu yapıldıktan sonra, 16S rRNA dizileme bakteri sınıflandırılması için ITS mantar sınıflandırılması için kullanılmıştır. QIIME 2 kullanılarak biyoinformatik analizler sonrası bakteri ve mantarların taksonomik atamaları yapılmıştır. Bakteri domain seviyesinde, en fazla görülen filum seviyesi sırayla Firmicutes, Proteobacteria, Bacteroidetes ve Actinobacteria'dır. En fazla görülen Streptococcus cinsidir ve bunu Lactobacillus ve Prevotella takip etmiştir. Mantar domain seviyesinde Ascomycota ve Basidiomycota olarak iki filum seviyesi atanmıştır. Candida cins seviyesinde kontrol grubunda daha fazla ve tür seviyesinde Candida glabrata, Candida dubliniensis ve Candida tropicalis sadece kontrol grubunda gözlemlenmiştir. Malassezia ise sadece obez hastalarda bulunmuştur. Bu tez çalışmasında kontrol ve obez gruplar arasındaki duodenal mikrobiyota kompozisyonundaki farklılıklar gösterilmiştir. Obezite ve bağırsak mikrobiyotası arasındaki ilişkiyi daha iyi anlamak için ileriki çalışmalara ihtiyaç vardır.

Özet (Çeviri)

Studies on microbiota, one of the causes of obesity, are mostly done from faecal samples. Still, it is necessary to consider the importance of the effect of food digestion in the small intestine. On the other hand, these studies mainly focused on bacteria, and there are very few studies on fungi in obesity. This thesis examines the differences in duodenal microbiota composition in the duodenal tissue of obese and normal-weight individuals using culturomics and metagenomics. Samples were cultured in eight agars at two different temperatures and five liquid cultures. Bacterial analyses were performed using 16S ribosomal RNA (rRNA) sequencing. The Bacillus weihenstephanensis, associated with food-related diseases, has been observed in one obese patient. In the metagenomics part, 16S rRNA sequencing was used to classify bacteria and internal transcribed spacer (ITS) sequencing for fungi after deoxyribonucleic acid (DNA) extraction from duodenum samples. After bioinformatic analysis using QIIME2, bacteria and fungi were assigned taxonomic assignments. The most common phylum were Firmicutes, Proteobacteria, Bacteroidetes and Actinobacteria for bacteria. The most common genus was Streptococcus, followed by Lactobacillus and Prevotella. Two phyla were assigned as Ascomycota and Basidiomycota for fungi. Candida was observed more at the genus level, and Candida glabrata, Candida dubliniensis and Candida tropicalis at the species level were observed only in the control group. Malassezia had only been observed in obese patients. In this thesis study, differences in duodenal microbiota composition between control and obese groups were demonstrated. Future studies are needed better to understand the relationship between obesity and gut microbiota.

Benzer Tezler

  1. Deneysel diyabet oluşturulmuş sıçanlarda melatonin uygulamasının duodenum üzerindeki etkisinin morfolojik olarak incelenmesi

    Examination of the melatonin effects on duodenum in experimental diabetic rats

    EDA DUYGU İPEK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    AnatomiAdnan Menderes Üniversitesi

    Anatomi Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HULKİ BAŞALOĞLU

  2. Investigation of the relation between Helicobacter pylori and T cell response with examination of PD-L1 expression level in gastric pathogenesis

    Mide patogenezinde PD-L1 ekspresyon seviyesinin belirlenmesi ile Helikobakter pylori ve T hücre cevabıyla arasındaki ilişkinin araştırılması

    ELİF MERVE AYDIN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2018

    Biyolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AYÇA SAYI YAZGAN

  3. Sıçanlarda arı zehrinin duedonum ülserinde profilaktik etkisi

    Prophylactic effect of bee venom on duodenal ulcer in rats

    HİLAL ÜREY

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Histoloji ve EmbriyolojiKafkas Üniversitesi

    Histoloji ve Embriyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SEVDA ELİŞ YILDIZ

  4. Dispeptik hastalarda ELISA ve Western blot yöntemleri ile Helicobacter pylori'nin antijenik varyasyonlarının araştırılması

    Investigation of Helicobacter pylori antigenic variations by ELISA and Western blot methods in patients with dyspepsia

    NESLİHAN BEKMEN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2008

    MikrobiyolojiDokuz Eylül Üniversitesi

    Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ÖZLEM YILMAZ

  5. Demir eksikliği anemisi olan hastalarda çölyak hastalığı sıklığı

    Celiac disease prevalance in iron deficiency anemia

    DERYA UÇARDAĞ CENGİZ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2007

    GastroenterolojiKırıkkale Üniversitesi

    İç Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. SEFA GÜLİTER