Geri Dön

Biyoinformatik araçlar kullanılarak otizm spektrum bozukluğu ile ilişkili KCND2 ve KCNJ10 genlerindeki SNP'lerin analizi

Analysis of SNPs in KCND2 and KCNJ10 genes assoiated withautism specturum disorder using bioinformatics tools

PDF İndir

  1. Tez No: 856262
  2. Yazar: TAMER GÜR
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ ÖMER FARUK KARASAKAL, PROF. DR. MESUT KARAHAN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2023
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Üsküdar Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Biyomühendislik Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 65

Özet

Otizm spektrum bozukluğu (OSB), bireyin karşılıklı sosyal etkileşim kurma ve bu etkileşimi devam ettirme yeteneklerinde sürekli zorluklar yaşaması, aynı zamanda ilgi alanları, davranışlar ve aktivitelerinde tekrarlayıcı, sınırlı ve esnek olmayan özellikler göstermesi ile karakterize edilir. OSB genetik açıdan genellikle heterojen bir yapıya sahiptir ve SNP'lerin (Tek Nükleotid Polimorfizmleri) bu heterojen yapıda önemli bir rolü vardır. Bu tez çalışmasında, otizm spektrum bozukluğu ile ilişkilendirilen potasyum kanalı gen ailesinden KCND2 ve KCNJ10 genlerindeki yanlış anlamlı SNP'lerin belirlenmesini ve bu SNP'lerin protein yapısına, işlevine, stabilizasyonuna potansiyel zararlı etkilerinin in siliko biyoinformatik araçlar ile incelenmesi hedeflenmiştir. Amino asit değişimine yol açan yanlış anlamlı SNP'ler için SIFT, PolyPhen-2, SNPs&GO, PhD-SNP, SNAP2, PANTHER-PSEP ve Meta-SNP gibi biyoinformatik araçlar kullanılmış ve bu araçlar araçların tümünde ortak olan potansiyel zararlı olan SNP'ler belirlenmiştir. Belirlenen bu SNP'ler, KCND2 geninde; rs377746178 (R100H), rs377746178 (R100L), rs367713278 (R533P), rs200851386 (F121V), rs200085129 (F121S) ve rs112187551 (P378S), KCNJ10 geninde; rs387906834 (R65S), rs374746230 (F181L), rs373270208 (F82S), rs368857205 (R134H), rs137853072 (G77R), rs137853071 (R297C), rs137853068 (C140R), rs137853066 (R65P), rs17853258 (G83V), rs1130182 (L166P) ve rs1130182 (L166Q)'dir. Bu tespit edilen SNP'lerin protein stabilizasyonuna etkisi I-Mutant ve MUpro biyoinformatik araçları ile analiz edilmiştir. Project HOPE biyoinformatik aracı kullanılarak bu zararlı SNP'lerin amino asit değişimlerine ilişkin üç boyutlu modellemeler ve fizyokimyasal etkiler değerlendirilmiştir. Bu çalışmanın sonuçları, gelecekteki deneysel çalışmalar için veri sağladığı düşünülmektedir ve belirlenen yüksek riskli varyantların laboratuvar deneyleri yoluyla doğrulanması ve gelecekteki klinik araştırmalarda öncelik verilmesi önerilmektedir.

Özet (Çeviri)

Autism spectrum disorder (ASD) is characterized by persistent difficulties in the individual's ability to establish and maintain reciprocal social interaction, as well as repetitive, limited and inflexible features in interests, behaviors and activities. ASD is generally genetically heterogeneous and SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) play an important role in this heterogeneity. In this thesis, we aimed to identify missense SNPs in KCND2 and KCNJ10 genes from the potassium channel gene family, which are associated with ASD, and to investigate the potential deleterious effects of these SNPs on protein structure, function and stabilization by in silico bioinformatics tools. Bioinformatics tools such as SIFT, PolyPhen-2, SNPs&GO, PhD-SNP, SNAP2, PANTHER-PSEP and Meta-SNP were used to identify potentially harmful SNPs common to all of these tools. These SNPs identified were rs377746178 (R100H), rs377746178 (R100L), rs367713278 (R533P), rs200851386 (F121V), rs200085129 (F121S) and rs112187551 (P378S) in the KCND2 gene, rs387906834 (rs387906834 (F121V)) in the KCNJ10 gene; rs387906834 (R65S), rs374746230 (F181L), rs373270208 (F82S), rs368857205 (R134H) rs137853072 (G77R), rs137853071 (R297C), rs137853068 (C140R), rs137853066 (R65P), rs17853258 (G83V), rs1130182 (L166P) and rs1130182 (L166Q). The effect of these SNPs on protein stabilization was analyzed with I-Mutant and MUpro bioinformatics tools. Three-dimensional modeling of the amino acid changes and physiochemical effects of these deleterious SNPs were also evaluated using the Project HOPE bioinformatics tool. The results of this study are considered to provide data for future experimental studies and it is recommended that the identified high-risk variants should be validated through laboratory experiments and prioritized in future clinical trials.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    689875

    Otizm spektrum bozukluğu ile ilişkili bazı genlerdeki SNP'lerin biyoinformatik analizi

    Bioinformatic analysis of SNPs in some genes associated with autism spectrum disorder

    KÜBRA ÇORUH KINALI

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    GenetikÜsküdar Üniversitesi

    Nörobilim Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MESUT KARAHAN

    DR. ÖĞR. ÜYESİ EBRU ÖZKAN OKTAY

  2. Tez No

    776071

    Nörogelişimsel bozukluklar ile ilişkilendirilen gabra1, gabrb1 ve gabrb3 genlerindeki yanlış anlamlı snp'lerin biyoinformatik araçlar kullanılarak değerlendirilmesi

    Evaluation of missense snps in gabra1, gabrb1 and gabrb3 genes associated with neurodevelopmental disorders using bioinformatics tools

    MEHMET MANAZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    GenetikÜsküdar Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ ÖMER FARUK KARASAKAL

    DOÇ. DR. MESUT KARAHAN

  3. Tez No

    765307

    Biyoinformatik araçlar kullanılarak epilepsi hastalığı ile ilişkilendirilen epm2a ve nhlrc1 (EPM2B) genlerindeki snp'lerin değerlendirilmesi

    Evaluation of snps in epm2a and nhlrc1 (EPM2B) genes as associate with epilepsy disease using bioinformatic tools

    GÜLSÜM GÜLER

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    BiyoistatistikÜsküdar Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MESUT KARAHAN

    DR. ÖĞR. ÜYESİ EBRU ÖZKAN OKTAY

  4. Tez No

    128510

    Structure prediction A. thaliana G protein alpha subunit using bioinformatics tools based on sequence alignments

    Dizi eşleşmelerine bağlı biyoinformatik araçlar kullanılarak A. thaliana G protein alfa alt biriminin yapısının belirlenmesi

    MERT ŞAHİN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2002

    BiyolojiSabancı Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ZEHRA SAYERS

    YRD. DOÇ. DR. UĞUR SEZERMAN

  5. Tez No

    860756

    Meme kanseri ile ilişkili DVL3 ve LRP5genlerindeki SNP'lerin in siliko araçlar kullanılarak değerlendirilmesi

    Evaluation of SNPs in DVL3 and LRP5 genes associated with breast cancer using in silico tools

    FATMA DOĞAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    BiyomühendislikSelçuk Üniversitesi

    Biyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ESMA ERYILMAZ DOĞAN

Geri Dön