Biyoinformatik araçlar kullanılarak epilepsi hastalığı ile ilişkilendirilen epm2a ve nhlrc1 (EPM2B) genlerindeki snp'lerin değerlendirilmesi
Evaluation of snps in epm2a and nhlrc1 (EPM2B) genes as associate with epilepsy disease using bioinformatic tools
- Tez No: 765307
- Danışmanlar: DOÇ. DR. MESUT KARAHAN, DR. ÖĞR. ÜYESİ EBRU ÖZKAN OKTAY
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoistatistik, Genetik, Nöroloji, Biostatistics, Genetics, Neurology
- Anahtar Kelimeler: Epilepsi, Biyoinformatik, Tek nükleotid polimorfizmi (SNP), EPM2A geni, NHLRC1 geni, Epilepsy, Bioinformatics, Single nucleotide polymorphism (SNP), EPM2A gene, NHLRC1 gene
- Yıl: 2022
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Üsküdar Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 91
Özet
Epilepsi, kortikal nöronlarda yer alan, normalin dışında ve aniden oluşan aşırı elektriksel bir boşalma ile kendini gösteren, tekrarlanma durumu ile karakterize olmuş bir hastalıktır. Son yıllarda yapılmış araştırmalar kalıtsal olan polimorfizmlerin, genetik kaynaklı epilepsiye neden olduğunu işaret etmektedir. Bu bilgilerin ışığında epilepsiye sebep olan genlerdeki kalıtsal kaynaklı polimorfizmlerin araştırılmasının epilepsi genetiğinin aydınlatılmasında önemli bir adım olduğu düşünülmektedir. Bu çalışmada EPM2A ve NHLRC1 genlerinde bulunan tek nükleotid polimorfizmlerinin (SNP) biyoinformatik araçlarla proteinlerin fonksiyonu, yapısı ve stabilizasyonu üzerine olan olası etkilerinin analiz edilmesi amaçlanmıştır. Ayrıca proteinlerin üç boyutlu modellenmesi, gen-gen etkileşimlerinin, protein-protein etkileşimlerinin incelenmesi ve zararlı SNP'lerin bulunduğu amino asit dizilerinin evrimsel korunumunun incelemesi amacıyla çevrimiçi yazılım araçları kullanılmıştır. Sonuç olarak EPM2A geninde toplamda 126 838 adet SNP bulunup, yanlış anlamlı SNP'lerin sayısı 442'dir. Yanlış anlamlı SNP'lerin in silico yöntemlerle elde edilen sonuçlarına göre rs371088938 (I198T), rs200940083 (G134R), rs150609514 (V262G), rs148164886 (R300T), rs371974399 (R171C), rs201053542 (H265R), rs200641543 (G259E), rs191406622 (M190K), rs137852915 (R108C) ve rs104893955 (W32G) polimorfizmlerinin zararlı olabileceği belirlenmiştir. NHLRC1 geninde toplam olarak 1804 adet SNP olduğu ve bunların 387 tanesinin yanlış anlamlı SNP olduğu tespit edilmiştir. Yanlış anlamlı SNP'lerin in silico yöntemlerle yapılmış olan analizine göre rs28940576 (P69A) ve rs200201752 (D381G) polimorfizmlerinin zararlı olabileceği belirlenmiştir. Bu çalışmada zararlı olabileceği tahmin edilen SNP'ler ile genetik kaynaklı epilepsi arasındaki ilişkinin tam olarak aydınlatılması ve deneysel araştırmaların genişletilerek yapılması önerilmektedir.
Özet (Çeviri)
Epilepsy is a disease characterized by a repetitive state, which is manifested by an abnormal and sudden excessive electrical discharge in cortical neurons. Recent studies indicate that hereditary polymorphisms cause epilepsy of genetic origin. In the light of this information, it is thought that the investigation of hereditary polymorphisms in the genes that cause epilepsy is an important step in elucidating the genetics of epilepsy. In this study, it was aimed to analyze the possible effects of single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the EPM2A and NHLRC1 genes on the function, structure and stabilization of proteins with bioinformatic tools. In addition, online software tools were used for three-dimensional modeling of proteins, analysis of gene-gene interactions, protein-protein interactions, and evolutionary conservation of amino acid sequences in which harmful SNPs are found. As a result, there are 126 838 SNPs in total in the EPM2A gene, and the number of missense SNPs is 442. According to the results of the missense SNPs obtained by in silico methods, rs371088938 (I198T), rs200940083 (G134R), rs150609514 (V262G), rs148164886 (R300T), rs371974399 (R171C), rs201053542 (H265R), rs200641543 (G259E), rs191406622 (M190K), rs137852915 (R108C) and rs104893955 (W32G) polymorphisms have been determined to be harmful. It was determined that there are 1804 SNPs in total in the NHLRC1 gene, and 387 of them are missense SNPs. According to the analysis of missense SNPs by in silico methods, it was determined that rs28940576 (P69A) and rs200201752 (D381G) polymorphisms may be harmful. In this study, it is recommended to fully elucidate the relationship between SNPs, which are thought to be harmful, and epilepsy of genetic origin, and to expand experimental studies.
Benzer Tezler
- Virtual functional profiling of variants of unknown significance in the GABRB3 gene associated with epilepsy
Epilepsi ile ilişkili GABRB3 genindeki önemi bilinmeyen varyantların sanal fonksiyonel profili
DERYA TÜRKMEN DELİOĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
BiyoteknolojiÜsküdar ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ AYLA ARSLAN
- In silico assessment of variants of unknown significance in the GABRG2 gene associated with epilepsy
Epilepsi ile ilişkilendirilen GABRG2 geninde bilinmeyen anlamlılıkta varyantların in silico değerlendirmesi
NABAA ABDULLAH
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
BiyoteknolojiÜsküdar ÜniversitesiMoleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. AYLA ARSLAN
- Biyoinformatik araçlar kullanılarak otizm spektrum bozukluğu ile ilişkili KCND2 ve KCNJ10 genlerindeki SNP'lerin analizi
Analysis of SNPs in KCND2 and KCNJ10 genes assoiated withautism specturum disorder using bioinformatics tools
TAMER GÜR
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
BiyomühendislikÜsküdar ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ÖMER FARUK KARASAKAL
PROF. DR. MESUT KARAHAN
- Structure prediction A. thaliana G protein alpha subunit using bioinformatics tools based on sequence alignments
Dizi eşleşmelerine bağlı biyoinformatik araçlar kullanılarak A. thaliana G protein alfa alt biriminin yapısının belirlenmesi
MERT ŞAHİN
Yüksek Lisans
İngilizce
2002
BiyolojiSabancı ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ZEHRA SAYERS
YRD. DOÇ. DR. UĞUR SEZERMAN
- Meme kanseri ile ilişkili DVL3 ve LRP5genlerindeki SNP'lerin in siliko araçlar kullanılarak değerlendirilmesi
Evaluation of SNPs in DVL3 and LRP5 genes associated with breast cancer using in silico tools
FATMA DOĞAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
BiyomühendislikSelçuk ÜniversitesiBiyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ESMA ERYILMAZ DOĞAN