Geri Dön

A study of polymorphic variants of repairing genes in breast cancer and comparison of patient diets in Iraqi population

Meme kanserinde onarıcı genlerin polimorfik varyantları ve Irak nüfusunda hasta beslenmelerinin karşılaştırılması üzerine bir çalışma

PDF İndir

  1. Tez No: 865169
  2. Yazar: HUDA SALİH MEZAAL MEZAAL
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ ÖZGE SEÇMELER
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2024
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Altınbaş Üniversitesi
  10. Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyomedikal Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Biyomedikal Teknolojiler Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 225

Özet

Arka plan: (BC), otoantikorların üretimi ve inflamatuar bir bağışıklık sistemi ile karakterize edilen, yaygın bir kanser şeklidir. Meme kanseri kadınlarda erkeklere göre daha sık görülen bir hastalıktır. Erkeklerde meme kanseri görülme sıklığı %0,5 ila %1 arasındadır. Risk durumu, azalan aktivite, radyasyona maruz kalma, diğer organların çalışma biçimindeki ek değişiklikler ve yaşam kalitesinde düşüş ile karakterize edilen birden fazla unsurla bağlantılıdır. Genetik ve çevresel etkiler vardır. Amino asit bazlı bir proteini kodlayan bir gen olan 2 (XRCC), meme kanseri gelişimiyle bağlantılıdır. Gıdalar, dengesiz pro-oksidan yük ve antioksidan tepki nedeniyle oluşabilecek beslenme kaynaklı oksidatif stresin azaltılmasında önleyici bir rol oynar. Çalışma, turpgillerden oluşan sebzelerin kanser önleyici ajanlar olarak potansiyelini ve belirli kimyasallar ile kolorektal, akciğer, prostat ve meme kanseri dahil olmak üzere kanser vakalarındaki azalma arasındaki bağlantıyı vurgulamaktadır. Brassicaceae familyasının bir parçası olan turpgillerden sebzeler, anti-kanser, inflamatuar, antioksidan ve antifungal özellikler de dahil olmak üzere sağlık yararları ile bilinir. Mirosinaz tarafından hidrolize edilen glukozinolatlar (GSL) ve S-metil sistein sülfoksit içerirler. GLS, anti-kanser, inflamatuar, antioksidan ve antifungal özellikleriyle bilinir. β-tiyoğlukozit-glukohidrolaz (mirosinaz) enzimi, sulu koşullarda GSL'lerin hidrolize edilmesine yardımcı olur ve diyet izotiyosiyanatlarının (ITC'ler) oluşumuna yol açar. Yayınlanan bazı çalışmalara göre epigenomu değiştiren ITC'ler, pozitif hücresel yolakları düzenleyerek, pozitif hücresel yolakları kontrol ederek kanserin büyümesini engellemektedir. SFN'ler ve PITC, AITC ve BITC, lahana, karnabahar, turp ve brokolide bulunan önemli izotiyosiyanat varyantlarıdır. Amaç: XRCC geninin promotör bölgesindeki rs861539G>A ve rs25487T>C polimorfizmlerinin etkisini değerlendirmek. XRCC1 ve XRCC3 gen polimorfizmi ve karaciğer fonksiyon testleri ile lipid profilinin meme kanserine etkisini incelemek. Diyetin Irak toplumundaki kadın meme kanseri hastaları üzerindeki etkilerini göstermek için bir anket çalışması yapmak. Yöntemler: Bu çalışmaya iki yüz gönüllü katılmıştır. İki takıma ayrıldılar. İlk grup, meme kanserinden muzdarip 100 hastayı (Al Haboubi Eğitim Hastanesi Dhi Qar Uzmanlaşmış Kanser Merkezi) içeriyordu ve ikinci grup, kontrol olarak kullanılan, görünüşe göre sağlıklı bireyler olan 100 katılımcıyı içeriyordu. Tam kan, toplam genomik deoksiribonükleik asidin (gDNA) ekstrakte edilmesi için kullanıldı ve daha sonra meme kanseri mp-polimeraz Gerçek zamanlı yöntemi (TaqMan -PCR) ile rs861539G>A ve rs25487T>C polimorfizmleri için genotiplendi. Hasta anketine ek olarak (soyadı, yaşı, aile öyküsü, hastalığın şiddeti, tansiyonu, diğer hastalıkları, hastalığın süresi, beslenme sıklığı anketi (brokoli, karnabahar, lahana, kırmızı turp, sarımsak, pırasa, soğan, süt, yoğurt, krema, tereyağı, spesifik gıdalar, özel diyet uygulamaları, diyabet, Gıda takviyeleri, tuz, tereyağı ve şeker kullanımı) verileri Mann Whitney U testi ve Odd Ratio kullanılarak analiz edildi. Irak pazarında turp, brokoli dahil olmak üzere turpgillerden oluşan sebzelerin toplam GSL miktarları , karnabahar ve lahana analiz edildi. Bulgular: Her iki grupta da BMI, trigliserid (TG), HDL, VLDL ve kan kreatinin düzeylerinde anlamlı fark yoktu (P > 0.05). CA15-3, sistolik (SBP) ve diyastolik (DBP) kan basıncı, RBG, VLDL, HDL, kolesterol, LDL, albümin, AST ve ALT düzeyleri“meme kanseri”grubunda“kontrol”grubuna göre anlamlı derecede yüksekti (p < 0,05).“Meme kanseri”grubu,“kontrol”grubuyla karşılaştırıldığında önemli ölçüde daha düşük kan üre ve hemoglobin seviyesine sahipti (P ​​< 0.05). Hardy-Weinberg dengesi (HWE), popülasyon genetiğinde genotip ile alel arasındaki ilişkiyi tanımlayan temel bir prensiptir. Sağlıklı bireylerde XRCC1 geninin rs25487 T>C polimorfizmine ilişkin sonuçlarımız farklı genotiplerin ve alel frekanslarının farklı olduğunu gösterdi. Üç farklı genotip modelini gösterir: TT (vahşi tip) 60 birey, TC (heterozigot) 24 birey ve CC (resesif) 16 birey. Genetik ilişkinin analizi, genotiplerin meme kanseri koşullarıyla ilişkili olup olmadığını değerlendirmek için kullanıldı. Farklı genetik modeller için %95 güven aralığına (CI) ve p değerlerine sahip tek oranlar (OR'ler) rapor edilmiştir. Eş-baskın modelde TC genotipi (OR= 1,9, %95 CI, 0,99 ila 3,77, p = 0,05) ve CC genotipi (OR = 2,72, %95 CI, 1,31 ila 5,64, p = 0,007) TT ile karşılaştırıldığında genotip (vahşi tip). Baskın modelde, TC+CC genotipine sahip bireylerde meme kanseri riski TT genotipine sahip bireylerle karşılaştırıldığında daha yüksektir (OR = 2,23, %95 CI, 1,28 - 3,96, p = 0,005). Resesif modelde, CC genotipine sahip bireylerde meme kanseri riski TT+TC genotiplerine sahip bireylerle karşılaştırıldığında daha yüksektir (OR = 2,1, %95 CI, 1,08 - 4,26, p = 0,03). Over dominant modelde TT+CC ve TC genotipleri arasında meme kanseri riski açısından anlamlı bir fark yoktur (OR = 1,4, %95 CI, 0,76 ila 2,657, p = 0,3). Öte yandan, c aleli taşıyan bireylerin meme kanseri riski, T aleli taşıyanlarla karşılaştırıldığında önemli ölçüde artmıştır (OR = 2,1, %95 CI, 1,36 ila 3,13, p = 0,0007). Özetle, çalışma rs25487 T>C SNP ile meme kanseri riski arasında bir ilişki olduğunu, C aleli ve CC genotipinin ise artan risk gösterdiğini ileri sürmektedir. Meme Kanseri hastaları ve sağlıklı bireylerle ilişkili olarak XRCC3 gen değişiminin rs861539 G>A polimorfizmini inceleyen genetik ilişki çalışmasının. Çalışma, bir kontrol grubu (N=100) ile bir meme kanseri grubu (N=100) arasında, incelenen SNP'nin genotiplerini (GG, GA ve AA) karşılaştırır. Çeşitli genetik modeller için %95 güven aralığına (CI) ve p değerine sahip oran (OR): ortak baskın, baskın, resesif, aşırı baskın ve katkı. Eş-baskın model, AA genotipine sahip bireylerin, GG genotipine sahip olanlarla karşılaştırıldığında önemli ölçüde daha yüksek meme kanseri riskine sahip olduğunu ileri sürmektedir (OR 2,72 (%95 GA: 1,13 ila 6,52, p = 0,02)). GA genotipinin meme kanseri grubundaki 38 ile karşılaştırıldığında OR'nin 0,56 (%95 GA: 0,29 ila 1,07, p = 0,08) olduğu ortaya çıkar. GA genotipini taşıyanların hastalık riskiyle ilişkili olmadığı görüldü ve bu da 0,56'lık bir OR ile sonuçlandı (%95 GA: 0,29 ila 1,07, p = 0,08). Baskın modelde baskın model, GA ve AA genotipleri birleştirilir. GA+AA genotiplerine sahip bireylerde meme kanseri riskinde biraz azalma olabileceğini öne sürüyor ancak sonuç, 0,87'lik OR'nin istatistiksel olarak anlamlı olmadığını gösteriyor (%95 GA: 0,48 - 1,58, p = 0,065) (p = 0,065) . Sağlıklı beslenme alışkanlıkları nedeniyle brokoli, karnabahar, soğan ve sarımsak hastalar arasında çok daha üst sıralarda yer alıyor. Hastaların diyeti çok daha düşük oranda süt ve krema içerir ve günlük gıdaların sık tüketimini içermez. Hastaların %65'i şekeri“normal”miktarlarda kullanıyor ancak sağlıklı insanlar şekeri daha çeşitli miktarlarda kullanıyor. Sonuç: Meme kanserinin XRCC geni (rs25487 ve rs861539) polimorfizmleri, özellikle rs25487 T>C ve rs861539 G>A polimorfizmleri, Irak'taki bir grup hastada meme kanseri gelişimine duyarlılık ile ilişkilidir. Ancak örneklem büyüklüğünün nispeten küçük olması, farklı genetik geçmişler ve beslenme kalıpları nedeniyle bu bulguları doğrulamak için farklı popülasyonlarda daha ileri çalışmalara ihtiyaç vardır.

Özet (Çeviri)

Background: (BC) is a prevalent form of cancer, characterized by the production of autoantibodies and an inflammatory immune system. Breast cancer is a more common illness in females then in men. In men, the prevalence of breast cancer is between 0.5% and 1%. A risk state is linked to multiple elements that are typified by reduced activity, radiation exposure, additional alterations in the way other organs operate, and a decline in life quality. There are genetic and environmental influences. The 2 (XRCC), a gene that codes for an amino acid-based protein, linked to breast cancer development. Food plays a preventative role in reducing nutritional oxidative stress, which can occur due to an imbalanced pro-oxidant load and antioxidant response. The study highlights the potential of cruciferous vegetables as cancer preventive agents and the link between specific chemicals and a decrease in cancer cases, including colorectal, lung, prostate, and breast cancer. Cruciferous vegetables, part of the Brassicaceae family, are known for their health benefits, including anti-cancer, inflammatory, antioxidant, and antifungal properties. They contain glucosinolates (GSL) and S-methyl cysteine sulfoxide, which are hydrolyzed by myrosinase. GLS is known for its anti-cancer, inflammatory, antioxidant, and antifungal properties. The enzyme, β-thioglucoside-glucohydrolase (myrosinase), helps to hydrolyse GSLs in aqueous conditions and lead to the formation of dietary isothiocyanates (ITCs). According to some published studies, ITCs which alter the epigenome, can regulate positive cellular pathways prevent cancer growth by controlling positive cellular pathways. SFNs and PITC, AITC, and BITC are significant isothiocyanate variants found in cabbage, cauliflower, radish, and broccoli. Aim: To assess the impact of rs861539G>A and rs25487T> C polymorphisms in the area of the promoter that XRCC gene.to examine the influence of XRCC1 & XRCC3 genes polymorphism and liver function tests as well as lipid profile relative to breast cancer. To perform a survey study to show the effects of diet on the breast cancer female patients in Iraqi population. Methods: In this study, two hundred volunteers took part. They split up into two teams. The first group involved 100 patients suffering from breast cancer (Al Haboubi Teaching Hospital Dhi Qar Specialized Cancer Center) and the second group enrolled 100 participants who are apparently healthy individuals used as control. Whole blood was used to extract total genomic deoxyribonucleic acid (gDNA), which was then genotyped for, rs861539G>A and rs25487T>C polymorphisms by breast cancer mp-polymerase Real time method (TaqMan -PCR). In addition to patient questionnaire (full name, age, family history, disease severity, blood pressur, any other disease, duration disease, food frequency questionnaire (broccoli, cauliflower, cabbage, red radish, garlic, leek, onion, milk, yogurt, cream, butter, specific foods, special diet applications, diabetes, Food supplements, salt, butter and sugar usage) data was analysed using Mann Whitney U test and Odd Ratio. The total GSL amounts of cruciferous vegetables from Iraqi market, including radish, broccoli, cauliflower, and cabbage were analysed. Results: There was no significant difference in BMI, triglycerides (TG), HDL, VLDL, and blood creatinine levels in both groups (P > 0.05). CA15-3, systolic (SBP) and diastolic (DBP) blood pressure, RBG, VLDL, HDL, cholesterol, LDL, albumin, AST and ALT levels of the“breast cancer”group were significantly higher than the“control”group (p < 0.05). The“breast cancer”group had a significantly lower blood urea and hemoglobin level compared to the“control”group (P < 0.05). Hardy-Weinberg equilibrium (HWE) is a fundamental principle in population genetics that describes the relationship between genotype and allele. Our results of XRCC1 gene of the rs25487 T>C polymorphism for healthy individuals indicated that different genotypes and allele frequencies. It shows three different genotypes models TT (wild type) 60 individuals, TC (heterozygote) 24 individual, and CC (recessive) 16 individuals. The analysis of the genetic association was used to assess whether genotypes association with breast cancer conditions. Odd ratios (ORs) with 95% confidence interval (CI) and p-values are reported for different genetic models. In co-dominant model the TC genotype (OR= 1.9, 95% CI, 0.99 to 3.77, p = 0.05) and the CC genotype (OR = 2.72, 95% CI, 1.31 to 5.64, p = 0.007) compared to the TT genotype (wild type). Dominant model, the individuals with TC+CC genotypes have an increased risk of breast cancer (OR = 2.23, 95% CI, 1.28 to 3.96, p = 0.005) compared to those with the TT genotype. In the recessive model, individuals with the CC genotype have an increased risk of breast cancer (OR = 2.1, 95% CI, 1.08 to 4.26, p = 0.03) compared to those with the TT+TC genotypes. There is no significant difference in breast cancer risk between TT+CC and TC genotypes (OR = 1.4, 95% CI, 0.76 to 2.657, p = 0.3) in the over dominant model. In the other hand, individuals carrying the c allele have a significantly increased risk of breast cancer (OR = 2.1, 95% CI, 1.36 to 3.13, p = 0.0007) compared to those carrying the T allele. In summary, the study suggests an association between the rs25487 T>C SNP and breast cancer risk, with the C allele and CC genotype showing increased risk. Of the genetic association study examining rs861539 G>A polymorphism of XRCC3 gene change in relation to Breast Cancer patients and healthy individuals. The study compares the genotypes (GG, GA, and AA) of the SNP under study between a control group (N=100) and a breast cancer group (N=100). Ratio (OR) with a 95% confidence interval (CI) and a p-value for various genetic models: co-dominant, dominant, recessive, over dominant, and additive. The co-dominant model suggests that individuals with the AA genotype have a significantly higher risk of breast cancer compared to those with the GG genotype (OR of 2.72 (95% CI: 1.13 to 6.52, p = 0.02)). In which the GA genotype compared to 38 in the breast cancer group, resulting in an OR of 0.56 (95% CI: 0.29 to 1.07, p = 0.08). Those who carry the GA genotype appeared no associated with risk of the disease, resulting in an OR of 0.56 (95% CI: 0.29 to 1.07, p = 0.08). In dominant model the dominant model, the GA and AA genotypes are combined. It suggests that there may be a slightly reduced risk of breast cancer for individuals with the GA+AA genotypes, but the result is not statistically significant OR of 0.87 (95% CI: 0.48 to 1.58, p = 0.065) (p = 0.065). Broccoli, cauliflower, onions, and garlic rank much higher among patients due to their healthy eating behaviours. The patients' diet includes a much lower frequency of milk and cream and does not include frequent consumption of everyday foods. 65% of patients use sugar in“normal”amounts, but healthy people use it in more varied amounts. Conclusion: The XRCC gene (rs25487 and rs861539) polymorphisms of the in-breast cancer specifically the polymorphisms rs25487 T>C and rs861539 G>A, are associated with the susceptibility to breast cancer development in a group of patients from Iraq. However, due to the relatively small sample size, different genetic backgrounds, and dietary patterns, further studies in different populations are needed to validate these findings.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    138030

    DNA hasar tamirinde rol oynayan XRCCI gen polimorfizminin araştırılması

    The polimorphism of DNA repair gene XRCCI

    SEMRA DOĞRU ABBASOĞLU

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2003

    Biyokimyaİstanbul Üniversitesi

    Biyokimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. GÜLÇİN AYKAÇ TOKER

  2. Tez No

    156885

    Alzheimer Hastalığı'nda DNA hasarını onaran genlerin polimorfizmi

    Polimorphisms in the genes that repair DNA damage in alzheimer's disease

    MÜZEYYEN İNCEOĞLU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2004

    Biyokimyaİstanbul Üniversitesi

    Biyokimya Ana Bilim Dalı

    DOÇ.DR. SEMRA DOĞRU ABBASOĞLU

  3. Tez No

    562059

    Disease gene identification using linkage and exome analyses

    Bağlantı ve ekzom analizleri kullanarak hastalık geni keşfi

    İLKER KARACAN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2019

    Genetikİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. EDA TAHİR TURANLI

  4. Tez No

    637355

    Disease gene identification using linkage and exome analysis

    Bağlantı ve ekzom analizi kullanarak hastalık geni keşfi

    DERYA YAVUZ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2020

    Genetikİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. EDA TAHİR TURANLI

  5. Tez No

    614397

    Major abdominal cerrahi uygulanan hastalarda SIRS gelişmesinde genetik varyantların rolü

    Role of genetic variations on development of SIRS in adult patients after major abdominal surgery

    BAŞAK AKYOLLU

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2009

    Genel CerrahiHacettepe Üniversitesi

    Genel Cerrahi Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İSKENDER SAYEK

Geri Dön