Biyolojik sistemlerde oluşabilecek radikallerin molekülermodelleme yöntemleriyle incelenmesi
Investigation of radicals present in biological systems by molecular modeling methods
- Tez No: 868307
- Danışmanlar: PROF. DR. CENK SELÇUKİ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biyoteknoloji, Biochemistry, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Karbon radikalleri, DFT, ve MP2, Carbon radicals, DFT, and MP2
- Yıl: 2024
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyoteknoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 149
Özet
Bu tez çalışması, taurin, kreatin ve tirozin üzerinde oluşan karbon radikallerinin elektronik özelliklerinin kuantum mekaniksel yaklaşımlarla araştırılmasını amaçlamaktadır. Biyosistemlerde gerçekleşen reaksiyonlarda çok fazla öneme sahip olsa da serbest radikaller eğer üretim ve tüketimlerindeki denge korunamazsa makromoleküllere saldırarak DNA üzerinde mutasyonlara, hücre zarı bütünlüğünün bozulmasına ve kanser, yaşlanma veya nörodejeneratif bozukluklara sebebiyet verirler. Genelde oksijen atomu üzerinde oluşan radikaller üzerine çalışılsa da biyolojik yapılarda karbon merkezli organik yapıdaki radikaller de meydana gelir. Kreatin son zamanlarda çeşitli nörolojik bozuklukların tedavilerinde sahip olduğu terapötik önem nedeniyle dikkat çekmektedir. Taurin insan beyninde en fazla miktarda bulunan amino asit olmanın yanı sıra kreatine benzer biçimde nörolojik bozukluklarla ilişkilendirilmektedir. Ayrıca tirozin stabil radikal formu protein yapısında yeralan bir amino asittir ve katalitik aktivitede rol oynadığı düşünülmektedir. Radikal yapıların mekanizmaları hala tam olarak açıklanamamıştır. Bu tez çalışması kreatin, taurin ve tirozin moleküllerinin karbon atomları üzerinde bir hidrojen atomu kopartılarak oluşturulan radikal yapılarını MP2/6-31+G(d,p), B3LYP-D3, ωB97xD ve son olarak B3LYP fonksiyonelleriyle 6-311++G(d,p) setiyle hesaplamayı ve karşılaştırmalı olarak incelemeyi ve ileride yapılacak çalışmalar için bir kaynak oluşturmayı amaçlamaktadır.
Özet (Çeviri)
This study aims to inquire into the electronic features of carbon-centered radicals occurring on three amino acids which are taurine, creatine, and tyrosine by computational chemistry. These three amino acids were selected because of their promising therapeutic behavior and their involvement in catalysis reactions, respectively. Ground state conformations were studied at MP2/6-31+G(d,p), the combination of ωB97xD, B3LYP-D3and B3LYP with 6-311++G(d,p) by Gaussian16. In order to reveal the electronic localization, LOL and ELF were performed via Multiwfn and VMD software. In overview, between MP2 and DFT calculations, a contrast was noted in the relative energies calculated for geometries that have close HF energy values. Furthermore, an unexpected C-S bond cleavage was detected among taurine radicals calculated by DFT functional. In contrast to the prominent need for radical species, in the case of the concentration of these species is rised, they could cause cancer, neurological disorders, mutations on DNA, disruption on the cell wall, and unfortunately, their reaction pathways are still unenlightened. The quantum chemistry methods might be useful for a better understanding of their behavior.
Benzer Tezler
- Radyasyon uygulanan ratlarda asimetrik dimetil arjinin, homosistein ve d vitamini düzeylerinin incelenmesi
Analysis of vitamine d,homocysteine and asymmetric dimethyl arginine with applied radiation of radiation in rats
ERDEM KAHRAMAN
- Kozmetik alana yönelik güçlü antioksidan etkili etozomal formülasyonların geliştirilerek etkinliğinin incelenmesi
Development and evaluation the effectiveness of strong antioxidant etosomal formulations for the cosmetic area
SENA YALÇINTAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Eczacılık ve FarmakolojiErciyes Üniversitesiİlaç Araştırma, Geliştirme ve Uygulamaları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÇİĞDEM YÜCEL
- Coupling ozone with GAC, AIX and biochar: Removal of pharmaceuticals from the biologically treated wastewater and fate of their transformation products
Ozonun granüler aktif karbon, iyon değişimi veya biyokömürle kombinasyonu ile farmasötiklerin biyolojik arıtılmış atıksudan giderilmesi ve transformasyon ürünlerinin akıbeti
MALHUN FAKIOĞLU KUTLU
Doktora
İngilizce
2024
Çevre Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiÇevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İZZET ÖZTÜRK
- The role of oxidative stress factors in the pathophysiology of Ocular Rosacea, analysis of tears and other materials
Oküler Rosacea patofizyolojisinde oksidatif stres faktörlerinin rolü, gözyaşı ve diğer materyallerin analizi
NİLÜFER YEŞİLIRMAK
Doktora
İngilizce
2023
BiyokimyaGazi ÜniversitesiTıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NESLİHAN BUKAN
PROF. DR. JEAN-LOUIS BOURGES