Yenidoğan ve çocuk yoğun bakım ünıtesinde hızla kötüleşen kritik yenidoğan ve süt çocuklarında hızlı yeni nesil dizileme ile genetik tanı
Genetic diagnosis through rapid next generation sequencing for acutely deteriorating critically ill newborn and infant patients in neonatal and pediatric intensive care units
- Tez No: 870620
- Danışmanlar: PROF. DR. YASEMİN ALANAY
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları, Child Health and Diseases
- Anahtar Kelimeler: Hızlı yeni nesil dizileme, Tüm genom dizileme, Hızla kötüleşen kritik hasta, YYBÜ, ÇYBÜ, Rapid next generation sequencing, Whole genome sequencing, Acutely deteriorating critically ill patient, PICU, NICU
- Yıl: 2024
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi
- Enstitü: Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 135
Özet
Amaç: Nadir genetik durumlar kritik çocuk hastaların yoğun bakım ünitesinde (YBÜ) yatışı sırasında sıklıkla şüphelenilen ancak çoğunlukla tanımlanamayan; çocukluk çağı morbidite ve mortalitesinin önemli nedenleridir. Bu durumları aydınlatmak ve etkili hasta yönetimi sağlamak amacıyla, hızlı yeni nesil dizileme (hızlı-YND) testlerinin YBÜ'ndeki kritik hastalarda kullanımı dünya çapında son yıllarda yaygınlaşmış hatta bazı ulusal sağlık sistemlerine entegre edilmiştir. Bu ön çalışmada, Türkiye'de ilk kez YBÜ'nde hızla kötüleşen, kritik yenidoğan ve süt çocuklarında hızlı-YND'nin kullanılabilirliğinin, tanısal gücünün, uygulanma süresinin ve klinik faydasının değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Bu çalışma, Acıbadem Üniversietesi Tıp Fakültesi Çocuk Sağlığı ve Hastalık Anabilim Dalı Çocuk Genetik Hastalıkları Bilim Dalı bünyesinde Tıpta Uzmanlık Tezi olarak tasarlanmıştır. Acıbadem Üniversitesi Tanısız ve Nadir Hastalıklar ve Yetim İlaçlar Merkezi (ACURARE) ortaklığı ile, Ekim 2022 – Haziran 2023 tarihleri arasında Acıbadem Üniversitesi Atakent Hastanesi, Acıbadem Üniversitesi Maslak (afiliye) Hastanesi ve Acıbadem Hastanesinde yenidoğan ve çocuk YBÜ'nde prospektif olarak yürütülmüştür. Çalışmaya, 1 yaş altı tanısı konulamamış kritik hastalar prospektif olarak dahil edilmiştir. Hastalar ve ebeveynlerinden alınan kan ile üçlü hızlı-TGD (hızlı tüm genom dizileme, rapid Whole Genome Sequencing; rapid-WGS) yapılmıştır. Çalışma; hastayı takip eden klinisyenler, konsültan hekimler, genetik ve biyoinformatik uzmanları tarafından oluşturulan multidisipliner ekip tarafından yürütülmüştür. Laboratuvarımızda geliştirilen biyoinformatik analiz hattı (bioinformatic pipeline) ile yapılan veri analizinde, klinik ve laboratuvar bilgiler, fenotipleme ve pedigri analizi ile varyant önceliklendirmesi yapılmıştır. Bulgular: Çalışmada 10 aylık süre içerisinde sekiz hastaya anne ve babaları ile birlikte üçlü tüm genom dizileme ve 2 hastaya ikiz kardeşleri de dahil edilerek dörtlü tüm genom dizileme olmak üzere toplam 32 bireye genom dizileme yapıldı. Çalışmaya dahil edilen hastaların %60'ı kız, ortalama yaşları 4,1 ay (Aralık: 2 gün-11 ay), 3'ünün yaşı 1 ay altı ve %50'si YYBÜ'nden çalışmaya dahil edildi. Hastaların 3'ünün anne ve babası arasında akrabalık bulunmaktadır. Çalışmaya dahil edilen hastalarda en sık görülen klinik özellikler sırasıyla çoklu doğuştan anomaliler (%40), solunum sistemi bulguları (%40), nörolojik bulgular (%30), metabolik/mitokondriyal bulgular (%30), immünolojik bulgular (%30) ve iskelet sistemi bulgularıydı (%10). Hızlı-TGD sürecinde örnek alımından sonuç raporuna kadar geçen ortalama süre 169 saatti. (124-240 saat). Hızlı-TGD uygulanan 10 hastanın 3'üne (%30) kesin tanı konuldu. Bu hastalarda IDH3A, SCO1 ve FBN1 genlerinde mutasyon tespit edildi. HızlıTGD sonucu 8 (%80) hastanın tanı belirsizliğinin ortadan kaldırılmasına katkı sağladı, 5 (%50) hastanın klinik takip ve tedavi planında değişikliğe gidildi. Sonuç: Hızlı yeni nesil dizileme testlerinin YBÜ'lerinde kullanımı kritik hastaların tanı yolculuğunda ve klinik karar verme süreçlerinde güçlü bir araçtır. Bu pilot çalışmada, hızlıYND'nin yararlılığı ve etkinliğinin yanı sıra multidisipliner yaklaşımla Türkiye'de uygulanabilirliği de ilk kez gösterilmiştir. Yaygınlaştırılması ve sağlık sistemine entegrasyonu için daha kapsamlı çalışmalara ihtiyaç duyulmaktadır.
Özet (Çeviri)
Objectives: Rare genetic conditions, frequently suspected but often unidentified during intensive care admissions, are major contributors to pediatric mortality and morbidity. While rapid genomic testing in critical care has been adopted globally, this pilot study represents the inaugural effort to evaluate the feasibility and utility of rWGS within the Turkish healthcare context. Materials and Methods: This study was designed as a residency thesis within the Department of Pediatric Genetic Diseases, Department of Pediatrics, Acıbadem University Faculty of Medicine. It was conducted prospectively in the neonatal and pediatric ICUs of Acıbadem University Atakent Hospital, Acıbadem University Maslak (affiliate) Hospital and Acıbadem Hospital between October 2022 and June 2023, in partnership with Acıbadem University Undiagnosed and Rare Diseases and Orphan Drugs Center (ACURARE). Undiagnosed critically ill patients under the age of 1 were prospectively included in the study. Trio rapid-WGS (rapid Whole Genome Sequencing; rapid-WGS) was performed with blood taken from the patients and their parents. A multidisciplinary team, consisting of primary care providers, specialists, genetics and bioinformatics experts, was assembled. An in-house pipeline was tailored to focus on phenotype-driven variants in recognized disease-causing genes while considering pedigree information. Results: In this study, rapid-WGS was conducted on a cohort comprising 32 individuals within a span of 10 months. The sequencing encompassed triple whole genome sequencing for eight patients with their respective parents, as well as quadruple whole genome sequencing for two patients, each with their twin siblings. Of the patients, 60% were female, with an average age of 4.1 months (Range: 2 days-11 months), three individuals were less than 1 month old, and half of the participants were recruited from the Neonatal Intensive Care Unit (NICU). Consanguinity was identified among the parents of three patients. The predominant clinical manifestations observed in the studied cohort included multiple congenital anomalies (40%), respiratory system findings (40%), neurological findings (30%), metabolic/mitochondrial findings (30%), immunological findings (30%), and skeletal findings (10%), respectively. The average turnaround from sample collection to report was 169 hours (range: 124-240 hours). Of the 10 infants subjected to Trio WGS, 3 (30%) received a definitive diagnosis. We identified mutations in the IDH3A, SCO1, and FBN1 genes. rWGS concluded the diagnostic journey for 8 (80%) patients and directly influenced the clinical care of 5 (50%). Conclusion: WGS emerges as a promising diagnostic tool for critically ill children, crucial for both diagnosis and clinical decision-making. This inaugural study underscores the potential and feasibility of rapid genomics in Türkiye, achieved through a collaborative approach. However, its broader integration into the national healthcare system warrants further exploration.
Benzer Tezler
- Prematüre bebeklerde pulmoner kanama, bronkopulmoner displazi gelişimi ve oksijen ihtiyacı arasındaki ilişki
Relationship between pulmonary hemorrhage, development of bronchopulmonary dysplasia and oxygen requirement in premature babies
AYDIN BOZKAYA
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2020
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SADIK YURTTUTAN
- Akut faz reaktanlarının (CRP, PCT, PTX3) yenidoğan sepsisinin erken teşhisindeki rollerinin değerlendirilmesi
Evaluati̇on of the role of acute phase reactants(CRP,PCT,PTX3) i̇n the early di̇agnosi̇s of neonatal sepsi̇s
MEVLÜT KOÇ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2021
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıVan Yüzüncü Yıl ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. OĞUZ TUNCER
- Çocuk yoğun bakım ünitesi'nde sepsis tanısı ile izlenen hastalarda CRP, prokalsitonin, interlökin-6 ve pentraksin-3 düzeylerinin tanısal değeri ve prognoz üzerine etkilerinin değerlendirilmesi
Evaluation of the effects of CRP, procalcitonin, interleukin-6, and pentraxin-3 levels on the diagnostic value and prognosis in patients followed in A child intensive care unit with sepsis diagnosis
BATUHAN PALALIOĞLU
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2021
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıSağlık Bilimleri ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SEHER ERDOĞAN
- Çocuk yoğun bakım ünitesinde yatan hastalarda akut böbrek hasarı ve mortalite ilişkisinin belirlenmesinde pRİFLE ve AKIN kriterlerinin yeri
The role of pRIFLE and AKIN criteria in determining the relationship of acute renal damage and mortality in patients in the children intensive care unit
GUNEL AGHAZADA
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2021
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıSağlık Bilimleri ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
UZMAN NEVİN KILIÇ
- Anne sütü ve mama ile beslenen prematüre bebeklerin antropometrik ölçümlerinin karşılaştırılması - Doğumdan itibaren altı aylık izlemi içeren prospektif bir çalışma
Başlık çevirisi yok
KEMALETTİN DEMİRTAŞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2002
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıSağlık BakanlığıÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ.DR. FATMA NUR ÇAKMAK