Renal hücreli karsinom tipleri ile kodlanmayan RNA ilişkisi
Relationship between renal cell carcinoma types and non-coding RNA
- Tez No: 875455
- Danışmanlar: PROF. DR. YUSUF TUTAR
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Moleküler Tıp, Molecular Medicine
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Sağlık Bilimleri Üniversitesi
- Enstitü: Hamidiye Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Onkoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Onkoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 63
Özet
Amaç: Böbrek hücreli karsinom yetişkinlerde görülen habis tümörlerin yaklaşık %3'ünü oluşturur. Histopatolojik olarak berrak hücreli, papiller ve kromofob böbrek hücreli karsinom olmak üzere üç ana gruba ayrılır. Bu araştırmada protein kodlamayan transkriptler olan uzun ve kısa kodlamayan RNA'ların böbrek hücreli karsinomunda ifadesi, ayırıcı tanıya katkısı ve tümörün hücre içi sinyal yolakları ile ilişkisi literatür eşiğinde değerlendirilecektir. Gereç ve Yöntem: 2018-2021 yıllarına ait vakalar taranarak parafin bloklar seçildi. Ticari kit kullanılarak RNA izolasyonu yapıldı. Böbrek hücreli kanser dokularında lncRNA'ların, sinyal yolları ve direnç genlerinin ifadesini tespit etmek için QPZR kullanıldı. Biyoinformatik analiz için the Cancer Genome Atlas veri tabanından ve R/ Bioconductor paketi GDCRNATools programından faydalanıldı. Bulgular: Her üç böbrek hücreli karsinom tipinde lncRNA OTUD6B-AS1 ifadesi artmış; lncRNA MALAT1 ifadesi azalmıştır. LncRNA HCP5 berrak hücreli ve papiller böbrek hücreli karsinomda artmış; kromofob tip de ise azalmıştır. LncRNA ADAMTS9-S2 papiller böbrek hücreli karsinomda artmış, kromofob tip de ise azalmıştır. Her üç karsinom tipinde de PUMA ve NOXA'nın aktive olması ve mitokondriye doğru yer değiştirmesi basamağı ile hücre ölümü çeşitlerinden olan piropitoz etkilenmiş görülmektedir. Biyoinformatik analizde MALAT1, ADAMTS9-AS2, HCP5, LINC00511, MEG3, HOTAIRM1' in ise en az bir tümör grubunda ifade edildiğini ortaya koymuştur. Sonuç: LncRNAHCP5 kromofob böbrek hücreli karsinomu diğer iki tipten; lncRNAADAMTS9-S2 ise papiller böbrek hücreli karsinomun ayırıcı tanısında faydalı olabilir. Biyoinformatik analizine göre kromofob renal hücreli karsinomda HOTAIRM1, linc00511 ifadesinin olmaması ve lncRNAMALAT1 ifadesinin olması ayırıcı tanıya katkıda bulunabilir. Yine analize göre kromofob ve papiller tipte hsa-mir-140-5p ifadesi azalırken, berrak hücrelide artmıştır. Bu bulguların yeni vakalar ve mümkün olur ise çok merkezli olarak desteklenmesi gerekmektedir.
Özet (Çeviri)
Aim: Renal cell carcinoma accounts for approximately 3% of malignant tumors in adults. Histopathologically, it is divided into three main groups as clear cell, papillary and chromophobe renal cell carcinoma. In this study, the expression of long and short non-coding RNAs, which are non-protein coding transcripts, in renal cell carcinoma, their contribution to differential diagnosis and their relationship with intracellular signaling pathways of the tumor will be evaluated in the light of the literature. Materials and Methods: Paraffin blocks were selected by scanning the cases belonging to the years 2018- 2021. RNA isolation was performed using a ready-made kit. QPCR was used to detect the expression of lncRNAs, signaling pathways and resistance genes in renal cell cancer tissues. The Cancer Genome Atlas database and the R/ Bioconductor package GDCRNATools were used for bioinformatic analysis. Results: In all three renal cell carcinoma types, lncRNA OTUD6B-AS1 expression increased and lncRNA MALAT1 expression decreased. LncRNA HCP5 was increased in clear cell and papillary renal cell carcinoma and decreased in chromophobe type. LncRNA ADAMTS9-S2 was increased in papillary renal cell carcinoma and decreased in chromophobe type. In all three carcinoma types, activation of PUMA and NOXA and their displacement towards mitochondria and pyroptosis, which is one of the types of cell death, were affected. Bioinformatic analysis revealed that MALAT1, ADAMTS9-AS2, HCP5, LINC00511, MEG3, HOTAIRM1 were expressed in at least one tumour group. Conclusion: LncRNAHCP5 may be useful in the differential diagnosis of chromophobe renal cell carcinoma from the other two types and lncRNAADAMTS9-S2 may be useful in the differential diagnosis of papillary renal cell carcinoma. According to bioinformatics analysis, the absence of HOTAIRM1, linc00511 expression and the presence of lncRNAMALAT1 expression in chromophobe renal cell carcinoma may contribute to the differential diagnosis. Again, according to the analysis, hsa-mir-140-5p expression decreased in chromophobe and papillary type, while it increased in clear cell carcinoma. These findings need to be supported by new cases and, if possible, multicenter studies.
Benzer Tezler
- Böbrek hücreli karsinom ve böbrek hücreli karsinom metastazlarında mikroRNA-21 ve mikroRNA-210 ekspresyonunun histolojik tümör tipi ve prognozla ilişkisi
The relationship of microRNA-21 and microRNA-210 expression to histologic tumor type andprognosis in renal cell carcinoma and renalcell carcinoma metastases
TAHA CUMHAN ŞAVLI
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2020
PatolojiSağlık Bilimleri ÜniversitesiTıbbi Patoloji Ana Bilim Dalı
DR. SEVİM BAYKAL KOCA
- Renal hücreli karsinomlarda claudın ekspresyonunun tanısal ve prognostik önemi
Diagnostic and prognostic significance of claudin expression in renal cell carcinomas
BERMAL BİÇEN HASBAY
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2010
PatolojiÇukurova ÜniversitesiTıbbi Patoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ŞEYDA ERDOĞAN
- Renal Hücreli Karsinom'da mikrovasküler invazyonun prognostik önemi ve histopatolojik tiplerine göre karşılaştırılması
The Prognostik significance of microvascular between the histopathological subtypes
MEHMET MURAT SEVİNÇ
- Renal hücreli karsinom olgularında evre, nükleer grade ve histolojik subtipte radiomics bulguları
Radiomics findings in stage, nuclear grade and histological subtype in renal cell carcinoma cases
SERVAN YAŞAR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2019
Radyoloji ve Nükleer TıpSağlık Bilimleri ÜniversitesiRadyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. ŞADİYE NURAY KADIOĞLU VOYVODA
- Böbreğin renal hücreli karsinomlarında Ki-67 proliferasyon indeksi, p53 expresyonu, AgNor sayısı ve prognostik faktörlerin, histopatolojik tip ve derecelendirme ile ilişkisi
Başlık çevirisi yok
ÖZGEN ARSLAN SOLMAZ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2004
PatolojiFırat ÜniversitesiPatoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HAYREDDİN YEKELER