Edirne, Tekirdağ, Kırklareli'nden toplanan Tuber rufum örneklerini doğal olarak enfekte eden rna mikovirüslerinin tanımlanması ve moleküler olarak nitelendirilmesi
Identification and molecular characterization of rna mycoviruses hosted by Tuber rufum samples collected from Edirne,Tekirdağ and Kirklareli
- Tez No: 875579
- Danışmanlar: PROF. DR. ILGAZ AKATA, DOÇ. DR. ERGİN ŞAHİN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ankara Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 68
Özet
Bu çalışmanın amacı, Edirne, Tekirdağ ve Kırklareli illerinden toplanan Tuber rufum örneklerindeki doğal viral enfeksiyonlara ait RNA mikovirüslerinin saptanması ve moleküler analizlerinin yapılmasıdır. Arazi çalışmaları sonucunda elde edilen Tuber rufum'ların geleneksel ve moleküler yöntemler kullanılarak teşhisleri yapılmıştır. Tuber rufum örneklerinden genomik DNA izolasyonu CTAB yöntemiyle gerçekleştirilmiştir. Ribozomal RNA gen bölgeleri PCR ile çoğaltılmıştır. Amplikonlar, BLASTn analizleri kullanılarak incelenmiş ve filogenetik ağaçlar oluşturulmuştur. dsRNA ekstraksiyonu gerçekleştirilmiş ve S1 nükleaz kullanılarak dsRNA'lar muamele edilip analiz edilmiştir. dsRNA'lar rPCR ile çoğaltılmış, saflaştırılmış ve yeni nesil dizileme ile analiz edilmiştir. Terminal bölgelerin çoğaltılması için RACE PCR ve Sanger dideoksi yöntemi kullanılmıştır. Elde edilen viral genom dizileri biyoinformatik ve filogenetik olarak analiz edilmiştir. Bu çalışmada, Tuber rufum'u enfekte eden iki mikovirüs ilk defa tanımlanmıştır.“Tuber rufum mitovirus 2”olarak adlandırılan mitovirüsün tam genomu elde edilmiştir ve“Tuber rufum mitovirus 3”olarak adlandırılan mitovirüsün tüme yakın genom dizisi elde edilmiştir.
Özet (Çeviri)
This study focuses on detecting RNA mycoviruses associated with natural viral infections in Tuber rufum samples collected from the provinces of Edirne, Tekirdağ, and Kırklareli, and conducting molecular analyses. Traditional and molecular diagnoses were conducted on wild Tuber rufum mushrooms obtained from fieldwork. Genomic DNA isolation from Tuber rufum samples was performed using the CTAB method. Ribosomal RNA gene regions were amplified via PCR. The resulting amplicons were analyzed using BLASTn and phylogenetic trees were constructed. dsRNA extraction was performed, followed by treatment and analysis of dsRNAs using S1 nuclease. The dsRNAs were amplified, purified, and analyzed using next-generation sequencing. RACE PCR and Sanger dideoxy sequencing were employed to amplify the terminal regions. The obtained viral genome sequences were subjected to bioinformatic and phylogenetic analyses. In this study, two mycoviruses infecting Tuber rufum were identified for the first time. The complete genome of the mitovirus called“Tuber rufum mitovirus 2”was identified and the near-complete genome sequence of the mitovirus called“Tuber rufum mitovirus 3”was identified.
Benzer Tezler
- Trakya bölgesinde selektörden önce ve sonra buğday ürününe karışan yabancı ot tohumlarının ve yoğunluklarının belirlenmesi
Determination of presence and incidence of weed seeds in wheat before and after treatment in wheat in Thrace region
MİNE ÖZKİL
- Trakya'da özel bir süt işletme tesisi tarafından değerlendirilen çiğ sütlerin somatik hücre sayısı bazı bileşenlerinin tespiti
The determination of somatic cell count and some components of raw milk which evaluated by a priva' company in Trakya
AHMET REFİK ÖNAL
- Marmara bölgesindeki entomopatojen nematod faunasının belirlenmesi
Determination of entomopathogenic nematod fauna in Marmara region
ÇİĞDEM GÜNEŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2008
BiyolojiÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. UĞUR GÖZEL
- Marmara Bölgesi Trakya bölümü (Edirne, Kırklareli, Tekirdağ illeri ile İstanbul ve Çanakkale illerinin Avrupa'da kalan kısımları) örümcekleri üzerine faunistik çalışmalar
The faunistic studies on spiders of Thrace part of Marmara Region (Edi̇rne, Kırklareli̇, Teki̇rdağ provinces and European parts of İstanbul and Çanakkale provinces)
NURCAN DEMİRCAN
- Sütlerde mikroplastik varlığının araştırılması
Investigaton of microplastic presence in milk
SANAE RBAIBI ZİPAK
Doktora
Türkçe
2022
Besin Hijyeni ve Teknolojisiİstanbul Üniversitesi-CerrahpaşaBesin Hijyeni ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SERKAN KEMAL BÜYÜKÜNAL