Investigation of the effects of the major phytochemical constituents of Salvia miltiorrhiza on the disease causative serine protease KLK-5 in rosacea disease by in silico screening and molecular dynamics simulation
Roza hastalığında Salvia miltiorrhiza' nın başlıca fitokimyasal bileşenlerinin hastalık etkeni serin proteaz KLK-5 üzerinde etkilerinin in silico tarama ve moleküler dinamik simülasyonu ile incelenmesi
- Tez No: 876864
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ ESMA ULUSOY
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Genetik, Kimya, Biology, Genetics, Chemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Üsküdar Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 130
Özet
Roza (gül) hastalığı çoğunlukla yüzün merkezi bölgelerinde ve gözlerde uzun süreli etkileri olan kronik enflamatuar bir hastalıktır. Roza'da KLK-5 deri ve göz seviyesinde enflamasyona neden olmaktadır. Bu durumda, KLK-5 için seçici inhibitörlerin keşfinin hastalığın tedavisine yardımcı olacak potansiyel bir yöntem olduğu düşünülmüş ve bu noktadan hareketle, roza hastalığı için bitkisel bileşenlerin etken madde olarak kullanıldığı bu çalışmada, Salvia miltiorrhiza'nın başlıca fitokimyasal bileşiklerinin insan KLK-5 proteininin (PDB ID: 6QFE) bağlanma bölgesine moleküler docking çalışmaları gerçekleştirilmiştir. Bu bileşiklere ek olarak, çalışmalarımız için referans olarak doğal ligand GSK144 ve azelaik asit bileşiklerinin moleküler docking çalışmaları da gerçekleştirilmiştir. Elde edilen sonuçlara göre, KLK-5'e karşı inhibitör aktiviteye sahip olduğu bilinen bir ilaç molekülü olan azelaik asidin bağlanma afinitesi ligand kütüphanesinde en düşük olarak bulunurken, ana fitokimyasal bileşenler daha güçlü bağlanma afinitesi göstermiştir. Moleküler docking çalışmasına ek olarak ADME-Toksisite skorları da analiz edilmiştir. Ayrıca, ADME-Toksisite parametrelerine göre potansiyel adaylar olan danshensu, tanshinone I ve tanshinone IIA ligandlarının MD simülasyonları gerçekleştirilmiştir. Bu simülasyon ve analizlere referans olarak GSK144 ve azelaik asit ligandlarının MD simülasyonları da gerçekleştirilmiştir. Bu çalışmalar sonucunda, belirlenen tüm ligandlar arasında danshensu'nun farmakokinetik, fizikokimyasal ve toksisite analizlerinin ilaç benzerliği konseptini takip ettiği gözlemlenmiş ve moleküler dinamik simülasyon çalışması sonucunda stabil bir kompleks oluşturma sonucunun moleküler kenetlenme çalışmalarının sonuçlarını desteklediği görülmüş ve daha ileri in vitro ve in vivo çalışmalar için KLK-5'i inhibe etmeye aday bir ligand olarak belirlenmiştir.
Özet (Çeviri)
Rosacea is a chronic inflammatory disease with long-lasting effects, mostly in the central locations of the face and eyes. In rosacea, KLK-5 causes inflammation at cutaneous and ocular levels. In this circumstance, the discovery of selective inhibitors for KLK-5 was thought to be a potential method to help the treatment of the disease, and from this point of view, in this study, in which herbal ingredients were used as active ingredients for rosacea disease, molecular docking studies of the major phytochemical compounds of Salvia miltiorrhiza to the binding site of human KLK-5 protein (PDB ID: 6QFE) were performed. In addition to these compounds, molecular docking studies of native ligand GSK144 and azelaic acid compounds were also performed as a reference for our studies. According to the results obtained, the binding affinity of azelaic acid, a drug molecule known to have inhibitory activity against KLK-5, was found to be the lowest in the ligand library, whereas the major phytochemical components showed stronger binding affinity. In addition to molecular docking, ADME-Tox scores were analyzed. Besides, MD simulations of danshensu, tanshinone I, and tanshinone IIA ligands, which are potential candidates according to ADME-Tox parameters, were performed. As a reference to these simulations and analysis, MD simulations of GSK144 and azelaic acid ligands were also performed. As a result of these studies, it was observed that the pharmacokinetic, physicochemical, and toxicity analyses of danshensu among all the ligands determined were following the drug similarity concept, and the molecular dynamics simulation study showed that the result of forming a stable complex supported the results of molecular docking studies and was determined as a candidate ligand to inhibit KLK-5 for further in vitro and in vivo studies.
Benzer Tezler
- Achillea sivasica Çelik & Akpulat uçucu yağının kimyasal, enantiyomerik ve biyolojik aktivite açıcından araştırılması
Investigation of Achillea sivasica Celik & Akpulat essential oil for chemical composition, enantiomers and biological activity
YEŞİM HALİLOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
Bilim ve TeknolojiAnadolu ÜniversitesiFarmakognozi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TEMEL ÖZEK
- Gynura malaccensis Belcher bitkisinin kimyasal profili ve biyolojik aktivitesi
A gynura malaccensis Belcher chemical profile and biological activity
AHSEN YETİK
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Beslenme ve DiyetetikAnadolu ÜniversitesiFarmakognozi Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. GÜLMİRA ÖZEK
- Centaurea aphrodisea boiss.'in sekonder metabolitlerinin araştırılması
Investigation on the secondary metabolites of centaurea aphrodisea boiss
FAZİLET AKAY
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
BotanikEge ÜniversitesiFarmasötik Botanik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CANAN KARAALP
- Ononis natrix subsp. natrix'in kimyasal kompozisyonunun, antioksidan ve enzim inhibitör aktivitelerinin araştırılması, majör bileşenlerin in silico analizlerinin gerçekleştirilmesi
Investigation of the chemical composition, antioxidant and enzyme inhibitory activities of Ononis natrix subsp. natrix, performing in silico analyzes of major components
ERDAL ERTAŞ
Doktora
Türkçe
2024
BiyolojiKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ASHABİL AYGAN
PROF. DR. BEKTAŞ TEPE
- Türkiye'de yetişen Rosa micrantha, Rosa pisiformis, Rosa phoenicia ve Rosa pulverulenta türlerinin bazı biyolojik aktivitelerinin incelenmesi
Investigation of some biological activities of Rosa micrantha, Rosa pisiformis, Rosa phoenicia and Rosa pulverulenta species growing in Turkey
AYÇA SAĞLAM