Geri Dön

Characterization and production of lysin from MET P1-301 bacteriophage for biocontrol approaches against pathogenic Escherichia coli

Patojenik Escherichia coli'ye karşi biyokontrol yaklaşimlari için MET P1-301 bakteri̇yofajindan li̇zi̇n karakteri̇zasyonu ve üreti̇mi̇

PDF İndir

  1. Tez No: 877766
  2. Yazar: AYŞENUR YÜCEFAYDALI
  3. Danışmanlar: PROF. DR. YEŞİM SOYER KÜÇÜKŞENEL
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Gıda Mühendisliği, Food Engineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2024
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 161

Özet

Günümüzde gıda kaynaklı hastalıklara neden olan en yaygın patojenlerden biri Gram negatif, çubuk şekilli, spor oluşturmayan bir bakteri olan E. coli'dir. Ancak dünya genelinde E. coli'nin antibiyotik direncinin arttığı rapor edilmiştir. Bu nedenle antibiyotiklere alternatif olarak yeni arayışlar başlamıştır. Canlı bakteri hücrelerini enfekte eden ve parçalayan virüsler olan bakteriyofajların antibiyotiklere alternatif olabileceği düşünülmüştür. Bakteriyofajlar, konakçı hücreyi parçalamak için lizin adı verilen litik enzimlerini kullanırlar. Lizinler, fajların hücre içi çoğalması sırasında üretilir ve konakçı hücre duvarının bütünlüğünü bozarak hücre ölümüne neden olur. Ayrıca, bakteriyofajlardan farklı olarak lizinler, bakteriyel replikasyona ihtiyaç duymadıkları için hızlı hareket ederler. Bunun yanı sıra, lzinler hücre duvarının korunan alanlarını hedef alırlar ve bu nedenle, bakterilerin lizinlere karşı direnç geliştirme olasılığı düşüktür. Bu çalışmada, E. coli O104:H4'ü enfekte eden bakteriyofaj MET P1-301'in genomu, hem Illumina hem de Oxford Nanopore Technologies kullanılarak sekanslandı. Lizozim benzeri süper aileye ait olan MET P1-301 bakteriyofajından lizin LysEc301 klonlandı, üretildi ve karakterize edildi. Rekombinant LysEc301 (rLysEc301)'in, moleküler ağırlığı yaklaşık 17 kDa'dur ve tek bir domaini bulunmaktadır. rLysEc301'in saflaştırıldıktan sonraki konsantrasyonu 100 ng/μL civarındaydı. Tris-HCl tamponunda rLysEc301'in E. coli O104:H4, E. coli O157:H7, EPEC, ETEC ve Salmonella Typhimurium'a karşı bakterisidal aktivitesi belirlendi. rLys301'in tek başına hem E. coli O104:H4 hem de E. coli O157:H7 konsantrasyonunu yaklaşık 3 log(KOB/mL) ve Salmonella Typhimurium konsantrasyonunu ise yaklaşık 2,5 log(KOB/mL) azalttığı gözlendi. Ayrıca, rLysEc301 ve EDTA kombinasyonu, hem EPEC 6 hem de ETEC konsantrasyonunu yaklaşık 2,5 log(KOB/mL) azalttı. İleri çalışmalar, potansiyel gıda uygulamalarında rLysEc301'in stabilitesini araştırmaya odaklanmalıdır.

Özet (Çeviri)

Today, one of the most common foodborne pathogens is E. coli, which is Gram negative, rod shaped, non-spore forming bacteria. However, the increasing antibiotic resistance of E. coli has been reported worldwide. For this reason, new searches for alternatives to antibiotics have begun. It was thought that bacteriophages which are viruses that infect and lyse living bacterial cells could be an alternative to antibiotics. Bacteriophages use their lytic enzymes, called lysins, to lyse the host cell. Lysins are produced during intracellular proliferation of phages and cause cell death by disrupting the integrity of the host cell wall. Besides, unlike the bacteriophages, lysins act quickly since they do not need to bacterial replication. Moreover, they target the conserved areas of cell wall therefore the possibility of resistance development by bacteria against lysins are low. In this study, the genome of bacteriophage MET P1-301 against E. coli O104:H4 was whole genome sequenced using both Illumina and Oxford Nanopore Technologies. A putative lysin from bacteriophage MET P1-301, LysEc301, belonging to the lysozyme-like superfamily, was cloned, produced, and characterized. Recombinant LysEc301 (rLysEc301) is made up of a single domain with a molecular weight of approximately 17 kDa. The yield of rLysEc301 was around 85 ng/µL. In Tris-HCl buffer, the bactericidal activity of rLysEc301 against E. coli O104:H4, E. coli O157:H7, EPEC, ETEC and Salmonella Typhimurium was determined. It was observed that rLysEc301 alone reduced both E. coli O104:H4 and E. coli O157:H7 concentration by 3 log(CFU/mL) and Salmonella Typhimurium concentration by 2.5 log(CFU/mL). Besides, combination of rLysEc301 and EDTA reduced the concentration of both EPEC and ETEC by approximately 2.5 log(CFU/mL). Further analysis should be performed to investigate the stability of rLysEc301 in potential food applications.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    822808

    Organik çöplerden elde edilen besiyerinde üreyen Apergillus niger' den proteaz enzimi üretimi ve karakterizasyonu

    Protease enzyme production and characterization from Aspergillus niger, reproduced in media from organic waste

    BETÜL TEKYILDIZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Gıda MühendisliğiSakarya Üniversitesi

    Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ARZU ÇAĞRI MEHMETOĞULU

  2. Tez No

    740030

    Recombinant production and characterization of chitinase enzyme from Pseudomonas mandelii KGI_MA19

    Pseudomanas mandelii KGI_MA19 organızmasına ait kitinaz enziminin rekombinant üretimi ve karakterizasyonu

    EMİNE TUĞÇE SARAÇ CEBECİ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    Biyoteknolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NEVİN GÜL KARAGÜLER

  3. Tez No

    507715

    Kentsel atıksu arıtma tesisi anaerobik çamur çürütücülerinin dinamik proses modelleme yaklaşımı ile analizi

    Analysis with dynamic process modeling approach of anaerobic sludge digesters of the urban wastewater treatment plant

    KERİM EKİCİ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    Çevre Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Çevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HAYRETTİN GÜÇLÜ İNSEL

  4. Tez No

    456906

    Kanser tedavisinde gen taşıyıcı olarak kendiliğinden düzenlenen peptit nanopartiküllerin hazırlanması ve karakterizasyonu

    Preparation and characterization of self-assembled peptide nanoparticles as gene carrier in cancer therapy

    BETÜL BOZDOĞAN PALA

    Doktora

    Almanca

    Almanca

    2017

    BiyoteknolojiHacettepe Üniversitesi

    Nanobilim ve Nanoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. EMİR BAKİ DENKBAŞ

  5. Tez No

    782044

    Şeker pancarı genomunda bZIP genlerinin biyoinformatik analizleri ve kuraklık - sıcaklık stres koşullarında ifade profilleri

    Bioinformatics analysis of bZIP genes in sugar beet genome and expression profiles under drought - heat stress conditions

    ELİF KALYONCUOĞLU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    BiyomühendislikKastamonu Üniversitesi

    Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MEHMET CENGİZ BALOĞLU

Geri Dön