Enfeksiyon tanısında cihaz bağımsız amplifikasyon yöntemi geliştirme ve değerlendirilmesi
Development and evaluation of a device-independent amplification method for infection diagnosis
- Tez No: 880354
- Danışmanlar: PROF. DR. AHMET ZEKİ ŞENGİL
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Mikrobiyoloji, Biyoteknoloji, Biyokimya, Microbiology, Biotechnology, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Medipol Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Enfeksiyonların tanısı kişi ve toplum sağlığı açısından oldukça kritiktir. Enfeksiyon etkenlerinin keşfiyle beraber geliştirilen tanı yöntemleri de günümüze kadar sürekli gelişmiş ve farklı ihtiyaçlara göre değişiklikler geçirmiştir. Moleküler yöntemlerdeki ilerlemelerle beraber patojen mikroorganizmaların tanısı yüksek doğrulukta ve hızlı bir şekilde gerçekleştirilebilmektedir. Son yıllarda özellikle izotermal amplifikasyon yöntemleri enfeksiyon etkenlerinin tanısında yaygın olarak kullanılmaktadır. Ayrıca kullanılan bu yöntemlerde sürekli iyileştirmeler yapılmaktadır. Bu çalışmada enfeksiyon etkenlerinin tanısı için kullanılan izotermal amplifikasyon yönteminin cihazdan bağımsız olarak gerçekleştirilmesi ve hasta örnekleriyle değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Bu doğrultuda ilmiğe dayalı izotermal amplifikasyon yönteminde kullanılan Bst polimeraz enziminin aktif bölgesinde bulunan 312. glisin, daha hidrofobik karakterdeki izolösin ile değiştirilerek termal çalışma aralığı 30-70 ºC aralığına genişletilmiştir. Saflaştırma çalışmasında elde edilen toplam 3250 µg/mL protein içerisinden 786,18 µg/mL rekombinant enzim elde edilmiştir. Yöntem değerlendirilmesi Sars-Cov-2 'nin tespiti ile gerçekleştirilmiştir. Bu doğrultuda ORF1ab, N ve E genleri için primer setleri tasarlanmıştır. Yöntemin tanı limiti 10 kopya/reaksiyon olarak belirlenmiştir. Ayrıca 100 hasta örneğiyle yapılan çalışmada yöntemin spesifikliği %97,37, hassasiyeti %79,17 ve doğruluğu %93 olarak tespit edilmiştir. Bu çalışma TÜBİTAK 1512, 2210751 numaralı 'Cihaz Bağımsız Amplifikasyon Yöntemi Geliştirilmesi ve Uygun Enzim Üretimi' projesi desteğiyle gerçekleştirilmiştir.
Özet (Çeviri)
Diagnosis of infections is critically important for individual and public health. With the discovery of infectious agents, the diagnostic methods developed alongside them have continuously evolved and adapted to meet different needs over time. As a result of developments in molecular methods, the diagnosis of pathogenic microorganisms can be performed quickly and with high accuracy. In recent years, isothermal amplification methods have become widely used for diagnosis of infectious agents. Moreover, the essential improvements are constantly being made in the methods. This study aims to develop and evaluate a device-independent isothermal amplification method for diagnosis of infectious agents using patient samples. In this context, the Bst polymerase enzyme used in the loop-mediated isothermal amplification (LAMP) method was modified by substituting glycine at position 312 in the active site with isoleucine, a more hydrophobic amino acid, thereby expanding the thermal working range to 30-70°C. From the purification process, 786.18 µg/mL of purified recombinant enzyme was obtained from a total of 3250 µg/mL of protein. The method was evaluated for the detection of SARS-CoV-2. Primer sets were designed for the ORF1ab, N, and E genes. The detection limit of the method was determined to be 10 copies/reaction. Additionally, in a study involving 100 patient samples, the method's specificity was found to be 97.37%, sensitivity 79.17%, and accuracy 93%. This study was supported by the TÜBİTAK 1512, project number 2210751,“Development of a Device-Independent Amplification Method and Production of Suitable Enzyme.”
Benzer Tezler
- Acil serviste sepsis tanısı alan hastalarda ultrason ile ölçülen vena kava inferior çapının prognozu ve mortaliteyi göstermedeki değerliliği
The diagnostic value of inferior vena cava diameter in patients with sepsis in the emergency department, predicting prognosis and mortality
SELİN AYÇA KAŞIKCI
- Çocuk akciğer x-ışını görüntülerinin derin öğrenme yöntemleri ile analizi
Analysis of child lung x-ray images with deep learningmethods
ÇAĞDAŞ ŞİMŞEK
- Manisa yöresinde demir eksikliği anemi prevalansı ve demir eksikliği anemisinde tarama testi olarak rutin hemogram, RDW ve ferritinin kullanımı
The prevalance of iron deficieny anemia in Manisa and using of hemogram, RDW and ferritin for searcing of iron deficiency anemia
VİLDAN ÜRK TAŞYENEN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2006
Celal Bayar ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
Yükleniyor...
- Prostat adenokarsinomlarında psa değerlerinin gleason skor ve klinik evre ile ilişkisi
The relation between psa and gleason score and clinical phase in prostate adenocarsinoma
HACI HASAN ESEN
- Radiküler kist ve granülomların dijital histogram analizi ile ayırdedilmesi
Differention of radicular cyst and granulomas with digital histogram analysis
ÜLKEM AYDIN