Fekal kökenli enterobacteriaceae üyeleri ve pseudomonas sp.'ye ait spesifik fajların sınıflandırılması, elektron mikroskobunda incelenmesi ve faj DNA'larının in vitro paketlenmesi
The Classification of specific phages belonging to enterobacteriaceae members and pseudomonas sp. of fecal origin, examination under electron misroscope and in vitro packaging of phage DNA
- Tez No: 88112
- Danışmanlar: PROF. DR. ÖMER ÇOLAK
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Bakleriyofaj, Temperent, Litik, Plak Morfolojisi, in vitro Paketleme II, Bacteriophage, Temperate, Lytic, Plaque Morphology, in vitro Packaging. IV
- Yıl: 1998
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Çukurova Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bağımlılık Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 158
Özet
oz DOKTORA TEZİ FEKAL KÖKENLİ ENTEROBACTERIACEAE ÜYELERİ VE PSEUDOMONAS sp.'ye AİT SPESİFİK FAJLARIN SINIFLANDIRILMASI, ELEKTRON MİKROSKOBUNDA İNCELENMESİ ve FAJ DNA'LARININ İN VİTRO PAKETLENMESİ HATİCE KORKMAZ (GÜVENMEZ) ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ BİYOLOJİ ANABİLİM DALI Danışman: Prof. Dr. Ömer ÇOLAK Yıl: 1998, Sayfa: 143 Jüri : Doç. Dr. Burhan ARIKAN Yrd. Doç. Dr. Sadık DİNÇER Bu araştırmada, Enterobacteriaceae üyeleri ve Pseııdomonas sp. bakterilerini konak olarak kullanan spesifik fajlann; plak morfolojileri, nükleik asit içerikleri, strüktürel protein profilleri ve DNA'lı fajlann moleküler ağırlıklarının saptanarak sınıflandırılması, faj DNA'larmın in vitro paketlenmesi, temperent fajlann ısı ve U.V. ile indüklenmesi ve elektron mikroskobunda incelenerek morfolojilerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla, Ç.Ü. Tıp Fakültesi hastane kanalizasyonundan 6 farklı dönemde Enterobacteriaceae üyeleri ve Pseııdomonas sp.'ye &it toplam 355 adet bakteri izole edilmiştir. Bu bakterilere ait 128 adet spesifik faj saptanmış ve bu fajlar. katıbesiyerindeki plak morfolojilerine göre 6 ana grupta toplanmıştır. Lizogen olduğu düşünülen konak bakteriler U.V. ve ısı şokuna maruz bırakılarak, temperent fajlar indüklenmeye çalışılmıştır. Denenen örnekler arasında, ısı ile %30, U.V. ile %34.37 oranında indüklenme gerçekleşmiş ve U.V.'nin ısı şokundan daha etkili olduğu saptanmıştır. Bakteriyofajların nükleik asit tiplerinin belirlenmesi ve DNA'lı fajların moleküler ağırlıklarınmn saptanması için, 30 farklı fajın nükleik asiti ekstrakte edilmiştir. Ekstraksiyonda Perbal'den (1984) modifıze, yeni ve ekonomik bir yöntem geliştirilmiştir. DNA fajlanmn moleküler ağırlıkları 16-53 Kb aralığında bulunmuştur. Nükleik asitleri incelenen fajlar arasında RNA taşıyanların oranı %23.33 düzeyinde saptanmıştır. Ayrıca, 30 farklı fajın kapsit proteini ekstrakte edilerek SDS-PAGE'de analiz edilmiştir. 33-354 kDa arasında değişen çeşitli protein fragmentleri belirlenmiş ve büyük fragmentlerin özellikle temperent fajlara ait olduğu saptanmıştır. Temperent fajların DNA'ları in vitro olarak paketlenmeye çalışılmış ve denenen örneklerden 2 tanesinde paketleme gerçekleştirilmiştir. Bu amaçla, hazır kit kullanılmadan, ekonomik ve uygulaması kolay yeni bir yöntem (Maniatis ve ark., 1982'den modifıze) geliştirilmiştir. Tipik plak morfolojisi gösteren bazı fajlar elektron mikroskobunda incelenerek morfolojileri belirlenmiştir. Sonuç olarak, fajlarla ilgili bu kapsamda bir araştırma, ülkemiz için yeni ve istenilen hedeflere ulaşılmış olması bakımından sevindiricidir.
Özet (Çeviri)
ABSTRACT PhD THESIS THE CLASSIFICATION OF SPECIFIC PHAGES BELONGING TO ENTEROBACTERIACEAE MEMBERS and PSEUDOMONAS sp. OF FECAL ORIGIN, EXAMLNATION UNDER ELECTRON MICROSCOPE AND IN- VITRO PACKAGING OF PHAGE DNA HATİCE KORKMAZ (GÜVENMEZ) DEPARTMENT OF BIOLOGY INSTITUTE OF NATURAL AND APPLIED SCIENCES UNIVERSITY OF ÇUKUROVA Supervisor: Prof. Dr. Ömer ÇOLAK Year: 1998, Pages: 143 Jury: Assist. Prof. Dr. Burhan ARIKAN Associated Prof. Dr. Sadık DİNÇER In this study, it is aimed to classify specific phages which use Enterobacteriaceae members and Pseudomonas sp. bacteria as host, using plaque morphologies, nucleic acid contents, structural protein profiles and molecular weight determination of DNA phages. It is also aimed to examine the morphologies under electron microscope, to package the phage DNA in-vitro conditions and to induce temperate phages by heat and U. V. treatment. With this aim, at 6 different periods, totally 355 bacteria belonging to Enterobacyteriaceae members and Pseudomonas sp. were isolated from Ç.Ü. Hospital sewage. 128 specific phages of mentioned bacteria were determined and IIIthese phages were collected under 6 main groups according to plaque morphologies on agar medium. The host bacterium suspected as lysogen were exposed to heat and U.V. shock to induce temperate phages. Among the tested samples, 30% with heat and 34.37% with U.V. induction were achieved and it was determinated that U.V. is more effected than heat shock. Nucleic acid of 30 different phages were exracted to determine nucleic acid types of bacteriophages and molecular weights of DNA phages. A new and economical method modified from Perbal (1984) was developed for extraction. It was found that molecular weigths of DNA phages lies in 16-53 Kb range. Among the examined nucleic acid phages, 23.33% of them were found to carry RNA. In addition to that, 30 different phage capsid proteins were exracted and analyzed using SDS-PAGE. Protein fragments of 33-354 kDa range were identified and it was found that large fragments belong to espacially temperate phages. The DNAs of temperate phages had try to get packaged in vitro conditions and among the tested samples, two of them were packaged succesfully. For this aim, an easy to use economic and no kit required method was developed (modified from Maniatisetal., 1982). Some phages showing typical plaque morphologies were identified by examination under electron microscope. As a result, this comprehensive study is very gladfull from the point of view of reaching new and demanded targets for our country.
Benzer Tezler
- Ankara'da tüketime sunulan çiğ kıyma örneklerinde E. coli, Salmonella ve diğer Enterobacteriaceae bakterilerinin araştırılması
Studies on the bacteria like E. coli, Salmonella and other Enterobacteriaceae of the minced raw meat samples marketed of Ankara
SENEM TİRENG
Yüksek Lisans
Türkçe
2003
BiyolojiGazi ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. NESLİHAN GÜNDOĞAN
- Küçükçekmece lagününden (İstanbul) izole edilen enterik bakterilerin antibiyotik direnç profili
Antibiotic resistance profiles of enterobacteria isolated from Kucukcekmece lagoon (Istanbul)
DİLEK DOĞAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2008
Biyolojiİstanbul ÜniversitesiÇevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. NÜKET SİVRİ
- Sağlık çalışanlarında genişlemiş spektrumlu beta laktamaz üreten escherichia coli ve klebsiella spp fekal kolonizasyon sıklığı ve risk faktörleri
Faecal colonization frequency and risk factors with e. coli ve klebsiella SPP. strains that produce esbl in health care workers
BERNA ÖZDEMİR KEPEK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2014
Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıGazi ÜniversitesiEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZLEM GÜZEL TUNÇCAN
- Türkiye'de üretilen bitkisel ve hayvansal organik kompostun mikroflorası ve antimikrobiyal etkinliği
Microflora and antimicrobial activity of vegetal and animal organic composts produced in Turkey
ÇİĞDEM TUNALI
- Helicobacter pylori tedavisi için kombine tedavi alan (Lansoprozol 30 mg 2x1 tablet, Amoksisilin 1000 mg 2x1 tablet ve Klaritromisin 500 mg 2x1 tablet) naiv hastaların gaita örneklerinde vankomisin dirençli enterokok ve genişlemiş spektrumlu beta laktamaz ve/veya karbapenemaz üreten enterobactericeae üyesi bakterilerin aranması
The search for vancomycin resistant Enterococcus and enlarged spectrum beta lactamase and/or carbapenemase-producing Enterobactericeae member bacteria in Gaita samples of Naiv patients receiving combined treatment for Helicobacter pylori (Lansoprozol 30 MG 2x1 Tablet, amoxicillin 1000 MG 2x1 Tablet and Claritromycin 500 MG 2x1 Tablet)
HALİME ARAZ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2019
Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıSağlık BakanlığıEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. ADALET AYPAK