Molecular identification and antimicrobial resistance profiles of Escherichia coli isolated in urine cultures from Shamiya State Hospital (Iraq)
Şamiye Devlet Hastanesi (Irak) idrar kültürlerinden izole edilen Escherichia coli'nin moleküler tanımlanması ve antimikrobiyal direnç profilleri
- Tez No: 887954
- Danışmanlar: PROF. DR. MEHMET OĞUZ ÖZTÜRK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Afyon Kocatepe Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyokimya ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 123
Özet
Amaç: Bu çalışmada, Shamiya Devlet Hastanesi'ne (Irak) başvuran hastaların idrar örneklerinden izole edilen Escherichia coli suşlarının konvansiyonel ve otomatik mikrobiyolojik yöntemlerle tanımlanması yapılacaktır. Tanımlanan E. coli suşlarının antimikrobiyal duyarlılıkları otomatik mikrobiyolojik sistem ile belirlenecektir. Tanımlanan E. coli suşlarında Tet-A, Qnr-B, Ctx-M, TEM direnç genlerinin varlığı PCR ile araştırılacaktır. E. coli suşlarının izole edildiği bireylerin demografik özellikleri belirlenecektir. Elde edilen sonuçlar, Shamiya bölgesinde UPEC'e neden olan E. coli enfeksiyonlarının önlenmesi ve yönetimine yönelik klinik stratejilerin geliştirilmesine katkı sağlayacaktır. Yöntemler: Eylül'den Aralık 2023'e kadar, Irak'ın Al-Qadisiya Valiliği'ndeki Al-Shamiya şehrinde bulunan AL-Shamiya Genel Hastanesi'nden rastgele 157 örnek toplandı. Numuneler sterilize edilmiş kaplarda toplandı. Orta akım idrar örnekleri Blood Agar, MacConkey Agar ve Sistein Laktoz üzerine inoküle edildi ve gece boyunca 37°C'de inkübe edildi. Bakteriyel büyüme, MacConkey agar üzerindeki Üretici Kolonileri tarafından gösterildiği gibi, kolonilerin rengi ve morfolojisi temel alınarak Chrome agar üzerinde tahminen tanımlandı. İzolatların kimliğini doğrulamak için Gram boyama, motilite testi, katalaz testi, oksidaz testi ve izolatlarla ilgili olduğu düşünülen diğer biyokimyasal analizleri içeren standart tanımlama protokollerine tabi tutuldular. Mikroskobik test, kültür ortamının morfolojik özellikleri ve biyokimyasal testler dikkate alınarak E. coli tanımlanmış ve izole edilmiştir. Üstelik bu, Bailey ve Scott sayesinde yapıldı. Test izolatlarının önceden hazırlanmış tüm smearlarına Gram boyama uygulandı ve bakteri hücrelerinin düzeni, şekli ve boyutu, 100X'e ayarlanmış bir ışık mikroskobu üzerine monte edilmiş bir yağa batırılmış lens ile gözlemlendi. Gram boyama, mikrobiyologların organizmaların morfolojisini ve hücre yapısını görmesine ve aynı zamanda bakterilerde bulunan en yaygın iki kimyasal hücresel yapı arasında ayrım yapmasına olanak tanıyan bir tür diferansiyel boyamadır. Gram boyama ile boyandığında mor-kahverengiye dönüşen organizmalar mikroskop altında gram-pozitif organizmalar olarak adlandırılır; bu organizmaların hücre zarı daha yüksek peptidoglikan içeriğinden oluşurken, gram negatif organizmaların hücre zarı daha yüksek bir lipit içeriğinden oluşur ve gram boyası ile boyandıktan sonra mikroskop altında incelendiğinde kırmızı veya pembe görünür. Üreticinin talimatlarına göre tüm Escherichia coli izolatlarını tanımlamak için Vitek2® sistemi (BioMerieux-France) kullanıldı. Her test izolatının standart aşısı bir taşıyıcı istasyonda hazırlandı ve bir VITEK kasetine yerleştirildi. Daha sonra bir barkod kullanılarak numune ile VITEK kartı arasında bağlantı kuruldu. Ayrıca cihaza numunelerin inkübe edilmesini ve sonuçların okunmasını sağlayan bir kaset yüklendi. İlk sonuçlar ya doğrudan cihazdan ya da sonuçların okunması için özel olarak hazırlanmış tablodan okundu. Klinik Laboratuvar Standartları Enstitüsü'nün 2021 yılında yaptığı kılavuz doğrultusunda E. coli'de antibiyotik duyarlılık testi (AST), Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemi kullanılarak yapıldı. Besleyici et suyunda AST için bir aşı oluşturmak üzere 0,5 McFarland standardına (1,5x CFU/ml) uyan 5/6 E. coli kolonisi kullanıldı. Steril bir pamuklu çubuk, inokulum süspansiyonuna daldırıldıktan sonra 37°C'de inoküle edildi ve 15 dakika içinde tüp duvarının sıvı seviyesinin üzerine konuldu. Muller Hilton agar'ı temsil eden MHA plakasını nemlendirin. AST için (Antibatc) firmasının antibiyotik diskleri kullanıldı. CLSI 2021 yorumlama kriterleri ml cinsinden inhibisyon bölgesini tahmin etmek için kullanıldı ve izolatlar hassas, orta veya dirençli olarak sınıflandırıldı. 300 ul damıtılmış suyun üç ila beş taze ve saf E. coli kolonisi ile aşılanması, bir MacConkey agar plakası kullanılarak yapıldı. Daha sonra hücreler 100oC'lik su banyosunda 20 dakika süreyle parçalanıncaya kadar ısıtıldı. Bundan sonra hücreler, yarım saat süreyle buz üzerinde hızlı bir şekilde soğutuldu ve ardından kalan hücre artıklarını çıkarmak için 8500 rpm'de on dakika süreyle santrifüjlendi. Sonunda süpernatandan DNA şablonu oluşturuldu. Toplanan veriler üzerinde istatistiksel analizler yaptıktan sonra değişkenlerin mutlak ve bağıl (%) frekanslarına bakarak dağılımlarını çıkarabildik. İdrar yolu enfeksiyonu olan bireylerden elde edilen UPEC suşlarının çeşitli faktörleri arasındaki anlamlı ilişkileri tanımlamak. Ki-kare (χ2) testleri IBM SPSS istatistik yazılımı (Sürüm 20, SPSS Inc, Amerika Birleşik Devletleri) kullanılarak yapıldı. Her iki test için de < 0,01 P değerleri istatistiksel olarak oldukça anlamlı kabul edildi. Bulgular: Aşağıdaki tabloda sunulan sonuçlardan, test örneğindeki hasta sayısının 157 hastayı içerdiğini görüyoruz. Örneklemimiz, yüzde olarak (%42) Baktria üremesi olmayan (66) hastayı (66/157) ve yüzde olarak (%58) (91/157) altı tip Baktriya yoluyla Baktriya üremesi olmayan (91) hastayı içermektedir. P değerinden (0,005) sıfır hipotezi reddedilmiş ancak Alternatif hipotez kabul edilmiştir, bu da Baktriya'da büyüme ile büyüme olmaması arasındaki farkın anlamlı düzeyde (0,01) (0,05) anlamlı olduğu anlamına gelmektedir. Toplam örneklemimizde erkek sayısının yüzde olarak (31) (%19,7) (31/157) olduğunu görüyoruz. Ayrıca toplam örneklemimiz yüzde olarak (126) (%80,3) kadından oluşmaktadır (126/157). Toplam örneklemde birinci sınıfta (14-29) yüzde olarak 87 (%55,4) (87/157) hasta bulunduğunu görüyoruz. Ancak ikinci sınıfta (30-49) yüzde 46 (%29,3) (46/157) hasta bulunmaktadır. Üçüncü sınıfta (50-79) yüzde olarak 24 (%15,3) (24/157) hasta bulunmaktadır. Çalışmamızda Escherichia coli'nın Dirençli, Orta ve Hassasiyetini göstermek için 11 Antibiyotik (CFM, AM, AK, CN, CTX, ATM, CIP, LEV, IPM, TET, MRP) kullandık. Antibiyotikte (CFM) 22 Escherichia coli vakasının yüzde olarak (%84,6) Dirençli olduğunu görüyoruz (22/26), antibiyotikte (AM) 25 Escherichia coli vakasının yüzde olarak (%96,2) Dirençli olduğunu görüyoruz (25/26), antibiyotikte (AK) 13 Escherichia coli vakasının yüzde olarak (%50,0) Dirençli olduğunu görüyoruz (13/26), antibiyotikte (CN) 5 Escherichia coli vakasının yüzde olarak (%19,2) Dirençli olduğunu görüyoruz (5/26), antibiyotikte (CTX) 25 Escherichia coli vakasının yüzde olarak (%96,2) Dirençli olduğunu görüyoruz (25/26), antibiyotikte (ATM) 15 Escherichia coli vakasının yüzde olarak (%57,7) Dirençli olduğunu görüyoruz (15/26), antibiyotikte (CIP) 17 Escherichia coli vakasının yüzde olarak (%65,4) Dirençli olduğunu görüyoruz (17/26), antibiyotikte (LEV) 15 Escherichia coli vakasının yüzde olarak (%57,7) Dirençli olduğunu görüyoruz (15/26), antibiyotikte (IPM) 3 Escherichia coli vakasının yüzde olarak (%11,6) Dirençli olduğunu görüyoruz (3/26), antibiyotikte (TET) 26 Escherichia coli vakasının yüzde olarak (%100,0) Dirençli olduğunu görüyoruz (26/26), antibiyotikte (MRP) 0 Escherichia coli vakasının yüzde olarak (%0,000) Dirençli olduğunu görüyoruz (0/26). Moleküler datalara göre, (CTX)'in (%80,8) (21/26) olduğunu görüyoruz. O halde CTX geni bakteri izolatlarının toplamında diğer genlerle karşılaştırıldığında dirençli bir gendir. (TETA) geni diğer genlere göre ikinci sırada gelirken, (TETA) geni (%34,6) (%34,6) (9/26) sahip olup, Bakterilerin toplam izolatlarında TETA geni (CTX) genine göre zayıf dirençli gendir. (TEM) geni diğer genlere göre üçüncü sırada gelirken, (TEM) geni (%30,0) (%7/26) sahip olup, TEM geni Bakterilerin toplam izolatları içerisinde (CTX) genine göre zayıf dirençli gendir. (QNRB) geni diğer genlere göre ön sırada gelirken, (QNRB) geni %23,1 (6/26) oranına sahip olup, TEM geni Bakterilerin toplam izolatlarında (CTX) genine göre zayıf dirençli gendir. Sonuç: Çalışmada Escherichia coli türlerinin İYE'nin yaygın nedenleri arasında önemi bir kez daha ortaya çıktı. Bu tez çalışmasının sonuçları literatürle tutarlıdır. Çalışmamızda İYE etkeni olarak Gram negatif Enterobacteriaceae familyasından E.coli izole edildi.
Özet (Çeviri)
In this study, Escherichia coli strains isolated from urine samples of patients admitted to Shamiya State Hospital (Iraq) were identified by conventional and automatic microbiological methods. Escherichia coli by percentage 29%, Staphylococcus aureus by percentage 21%, Klebsiella pneumoniae by percentage 18%, Proteus mirabilis by percentage 12%, Enterococcus faecalis by percentage 16% and Pseudomonas aeruginosa by percentage 4%. In our study, we used 11 Antibiotics (CFM, AM, AK, CN, CTX, ATM, CIP, LEV, IPM, TET, MRP) to show resistant, intermediate and susceptibility of Escherichia coli. The presence of Tet-A, Qnr-B, Ctx-M, TEM resistance genes in the identified E. coli strains was investigated by PCR. The CTX gene is a resistant gene compared to other genes in the total of bacterial isolates. The TET-A and TEM genes are a weakly resistant genes compared to the CTX gene. The QNRB gene is the weakest resistant gene compared to the CTX gene among the total isolates of bacteria. Demographic characteristics of individuals from whom E. coli strains were isolated were determined. The results obtained contributed to the development of clinical strategies for the prevention and management of E. coli infections causing UPEC in the Shamiya region.
Benzer Tezler
- Molecular study and bacteriological characteristics of escherichia coli isolated from burn patients
Yanık hastalarından izole edilen escherıchıa colı'nin moleküler çalışması ve bakteriyolojik özellikleri
IMAN ABDULQADER YOUNIS AL SARHAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyolojiHarran ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SEDAT ÇAM
- Sinop ilinde satışa sunulan gıdalardan izole edilen bakterilerin antibiyotik direnç genlerinin belirlenmesi
Detection of antibiotic resistance genes of isolated bacteria from foods offered for sale in the sinop province
SEYHAN CİVEK
- Prevalence, molecular characterization, virulence factors and antimicrobial resistance of Cronobacter spp. in ready-to-eat foods
Tüketime hazır gıdalarda Cronobacter spp.'nin yaygınlığı, moleküler karakterizasyonu, virülans faktörleri ve antimikrobiyal dirençliliği
HAFİZE GİZEM ERTÜRK
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
BiyolojiAbant İzzet Baysal ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEZA ARSLAN
- Marmara, Ege ve Karadeniz'den çıkartılan kara midyesi ve kum midyelerindeki vibrio parahaemolyticus izolatlarının moleküler karakterizasyonu, antibiyotik direnç profili ve biyofilm oluşturma kapasitesi
Molecular characterization, antibiotic resistance pattern and biofilm formation of vibrio parahaemolyticus isolated from mussels and clams in the Marmara, aegean and black sea
GÖRKEM CENGİZ
Doktora
Türkçe
2023
Veteriner HekimliğiAnkara ÜniversitesiVeteriner Besin Hijyeni ve Teknolojisi Ana Bilim dalı
PROF. DR. ÖZLEM KÜPLÜLÜ
- Vibrio anguillarum'un moleküler identifikasyonu, antimikrobiyal direnç profillerinin belirlenmesi ve bazı virulans faktörlerinin araştırılması
Molecular identification of V. anguillarum, determination of antimicrobial resistance profiles and investigation of some virulence factors
KADRİYE TOKLU