Exploring the genetic landscape of covid-19 susceptibility among patients in Türkiye: A variant discovery study
Türkiye'deki hastalarda covid-19 duyarlılığının genetik durumunun araştırılması: Bir varyant keşfi çalışması
- Tez No: 888758
- Danışmanlar: DOÇ. DR. YEŞİM AYDIN SON
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Enformatik Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoenformatik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyoenformatik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 72
Özet
SARS-CoV-2 virüsünün neden olduğu COVID-19 pandemisi, hastalığa yatkınlığı etkileyen genetik faktörleri anlama ihtiyacının altını çizmiştir. Bu çalışma, Hacettepe Üniversitesi Hastanesi'ndeki hastaları kullanarak Türk toplumunda Tek Nükleotid Varyantları (SNV'ler) ile COVID-19 duyarlılığı arasındaki ilişkiyi aydınlatmayı amaçlamaktadır. Bu çalışma, COVID-19 duyarlılığı ile bağlantılı SNV'leri tanımlamak ve analiz etmek için veri odaklı bir yaklaşım benimsemektedir. Yeni nesil dizileme kullanarak, Türkiye'deki Hacettepe Üniversitesi Hastanesi'nde tedavi gören hastalara odaklanarak, çeşitli bilimsel yayınlardan SNV verilerini sistematik olarak derledik ve analiz ettik. Analiz, varyant arama, bağlantı analizi ve Finlandiya dışı Avrupa alel frekansları ile istatistiksel karşılaştırmaları içermektedir. Temel bulgular, varyantların (rs17860115, rs2298659, rs2298661, rs4290734, rs9271609, rs2532300, rs34624090, rs61299115 ve rs56106917) Avrupa popülasyonuna kıyasla farklı frekanslar sergilediğini ve Türkiye'de hastanede yatan popülasyonda hastalık duyarlılığını etkileyen potansiyel genetik yatkınlıkları gösterdiğini öne sürmektedir. Bağlantı dengesizliği analizi, belirli genetik lokuslar arasındaki güçlü korelasyonları vurgulayarak kalıtsal modellere işaret etmiştir. Çalışma, Avrupa'daki alel frekanslarından farklı olarak, Türk nüfusu içerisinde COVID-19 duyarlılığı ile ilişkili önemli genetik varyasyonları vurgulamaktadır. Bu bulgular, halk sağlığı stratejilerinde genetik çeşitliliğin dikkate alınmasının önemini vurgulamakta ve hastalığa yatkınlık ve şiddeti etkileyebilecek genetik faktörlere ilişkin anlayışımızı geliştirmektedir. Bu ilişkileri doğrulamak ve hastalık yönetimi ve önleme stratejileri üzerindeki etkilerini araştırmak için daha büyük kohortlarla daha fazla araştırma yapılması önerilmektedir.
Özet (Çeviri)
The COVID-19 pandemic, caused by the SARS-CoV-2 virus, has underscored the need to understand the genetic factors influencing disease susceptibility. This study adopts a data-driven approach to identify and analyze Single Nucleotide Variants (SNVs) associated with COVID-19 susceptibility in the Hacettepe University Hospital patient cohort. We systematically compiled and analyzed variants published in diverse scientific publications. We genotyped patients treated at the Hacettepe University Hospital (Ankara, Türkiye) using a multiplex approach with next-generation sequencing. The analysis included variant calling, linkage analysis, and statistical comparisons with non-Finnish European allele frequencies. Key findings suggest variants (rs17860115, rs2298659, rs2298661, rs4290734, rs9271609, rs2532300, rs34624090, rs61299115, and rs56106917) exhibit different frequencies compared to the European population, suggesting potential genetic predispositions affecting COVID-19 susceptibility in the hospitalized population in Türkiye. Linkage disequilibrium analysis highlighted strong correlations between specific genetic loci, indicating inherited patterns. The study highlights significant genetic variations associated with COVID-19 susceptibility within a Turkish cohort, differing from European allele frequencies. These findings emphasize the importance of considering genetic diversity in public health strategies and enhance our understanding of the genetic factors that may influence disease susceptibility and severity. Further research with larger cohorts is recommended to validate these associations and explore their implications for disease management and prevention strategies.
Benzer Tezler
- Exploring the conformational transition between closed and open states of the sars-CoV-2 spike glycoprotein using molecular dynamics simulations
Sars-CoV-2 spike glikoproteininin kapalı ve açık halleri arasındaki konformasyonel geçişin moleküler dinamik simülasyonları kullanılarak araştırılması
CEREN KILINÇ
Yüksek Lisans
İngilizce
2020
Biyokimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ MERT GÜR
- Machine-learning approaches for neurological disorder diagnosis from genomic and neuroimaging data
Genomik ve nörogörüntüleme verilerinden nörolojik bozukluk teşhisi için makine öğrenmesi yaklaşımları
İSMAİL BİLGEN
Doktora
İngilizce
2024
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BEHÇET UĞUR TÖREYİN
- Tarihi ve kültürel gezi rota planlamasının metasezgisel algoritmalarla oluşturulması: Şanlıurfa ili örneği
Creation of historical and cultural travel route planning using metaheuristic algorithms: An example of Şanlıurfa province
MEHMET YETKİN
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolHarran ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. İBRAHİM BERKAN AYDİLEK
- Üretken sistemlerde mimari bağlamın hesaplanabilirliği
Computation of architectural context in generative systems
ENVER ÇAKAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Mimarlıkİstanbul Teknik ÜniversitesiMimarlık Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SAİT ALİ KÖKNAR
- A mathematical model for alphabeta T cell differentiation in the thymus
Timusta alfabeta T hücresi farklılaşması için bir matematiksel model
EMRAH ŞİMŞEK
Yüksek Lisans
İngilizce
2012
Biyofizikİstanbul Teknik ÜniversitesiFizik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SONDAN DURUKANOĞLU FEYİZ