Analysis of long non-coding RNAs in epithelial-mesenchymal transition and mesenchymal-epithelial transition processes: Comparative synteny analysis between human and mouse genomes
Epitel-mezenkimal geçiş ve mezenkimal-epitel geçiş süreçlerinde uzun kodlanmayan RNA'ların incelenmesi: insan ve fare genomları arasında sinteni analizi
- Tez No: 889745
- Danışmanlar: PROF. DR. GÖKHAN KARAKÜLAH, DOÇ. DR. HANİ ALOTAİBİ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: İzmir Uluslararası Biyotıp ve Genom Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Genom Bilimleri ve Moleküler Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyoteknoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 92
Özet
Epitelyal-Mezenkimal Geçiş (EMT) ve Mezenkimal-Epitelyal Geçiş (MET), gelişim, yara iyileşmesi ve kanser metastazında yer alan temel biyolojik süreçlerdir ve uzun kodlamayan RNA'lar (lncRNA'lar) dahil olmak üzere karmaşık moleküler ağlar tarafından düzenlenir. Önemli ilerlemelere rağmen, lncRNA'ların EMT ve MET'deki düzenleyici rolleri ve türler arasındaki korunumu hâlâ tam olarak anlaşılmamıştır. Bu çalışma, MCF7 ve MCF10A hücre hatlarından elde edilen EMT ve MET süreçlerine dahil olan insan lncRNA'larını tanımlamayı ve karakterize etmeyi, ayrıca NMuMG hücre hatları üzerinde yapılan önceki 219Z034 TÜBİTAK projesinde tanımlanan fare lncRNA'ları ile korunumlarını karşılaştırmayı amaçlamaktadır. EMT/MET süreçlerine dair RNA dizileme verilerini kullanarak, daha önce tanımlanmamış lncRNA'ları analiz ettik ve anotasyonlarını yaptık. Çalışmamız, 719 daha önce tanımlanmamış insan lncRNA'sını belirledi. Önceki bir çalışmadan elde edilen 6.806 daha önce tanımlanmamış fare lncRNA'sını kullanarak, hem bilinen hem de daha önce tanımlanmamış lncRNA'ları içeren toplam 30.024 ortolog lncRNA keşfettik. Bunlar arasında, 116 ortolog lncRNA daha önce tanımlanmamış insan lncRNA'larıyla örtüşmektedir; bunlardan 115'i EMT süreçlerinde rol oynarken, 12'si MET süreçlerinde rol oynamaktadır. Bu kapsamlı lncRNA analizi, lncRNA'ların EMT ve MET süreçlerine katkılarını anlamamızı artırmakta ve türler arası korumanın önemini vurgulamaktadır. Bu bulgular, lncRNA'ların kanser ve diğer EMT ve MET süreçlerini içeren hastalıklarda terapötik hedeflenmesi konusunda gelecekteki araştırmalara zemin hazırlamaktadır.
Özet (Çeviri)
Epithelial-Mesenchymal Transition (EMT) and Mesenchymal-Epithelial Transition (MET) are fundamental biological processes involved in development, wound healing, and cancer metastasis, regulated by complex molecular networks, including long non-coding RNAs (lncRNAs). Despite significant advancements, the regulatory roles of lncRNAs in EMT and MET and their conservation across species remain poorly understood. This study aims to identify and characterize human lncRNAs involved in EMT and MET processes from MCF7 and MCF10A cell lines and compare their conservation with previously annotated mouse lncRNAs identified in a prior 219Z034 TÜBİTAK project on NMuMG cells using synteny analysis. Using RNA sequencing data from EMT/MET processes, we analyzed and annotated previously unannotated lncRNAs. Our study identified 719 previously unannotated human lncRNAs. By leveraging data from a previous study, which included 6,806 previously unannotated mouse lncRNAs, we discovered 30,024 orthologous lncRNAs, encompassing known and previously unannotated lncRNAs. Of these, 116 orthologous lncRNAs overlap with previously unannotated human lncRNAs, where 115 participate in EMT and 12 in MET. This comprehensive analysis of lncRNAs enhances our understanding of their contributions to EMT and MET processes and underscores the importance of conservation across species. These findings pave the way for future research into the therapeutic targeting of lncRNAs in cancer and other diseases involving EMT and MET.
Benzer Tezler
- Functional analysis of long non-coding RNAs critical for the mesenchymal to epithelial transition
Mezenkimal epitelyal dönüşüm sürecinde kritik olan uzun kodlamayan RNA'ların işlevsel analizleri
AYÇA ÖZKAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
Bilim ve TeknolojiDokuz Eylül ÜniversitesiBiyotıp ve Sağlık Teknolojileri Anabilim Dalı
DOÇ. DR. HANI ALOTAIBI
- İnsan pulmoner fibrozisinde etkili uzun kodlanmayan RNA'ların in vitro modelde belirlenmesi
The determination of effective long non-coding RNA on human pulmonary fibrosis in an in vitro model
MERVE YILDIRIM
- Uzun kodlamayan RNA ZEB2NAT‟ın MCF7 ve MDA-MB-231 meme kanseri hücre hatlarında EMT, metastaz ve apoptoz üzerinden etkilerinin araştırılması
Investigation of the effects of long noncoding RNA ZEB2NAT via EMT, metastasis and apoptosis in MCF7 and MDA-MB-231 breast cancer cell lines
CANAN EROĞLU
Doktora
Türkçe
2019
Tıbbi BiyolojiNecmettin Erbakan ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ERCAN KURAR
- Over kanserinde miR-200 ailesinin epitelyal-mezenkimal geçişdeki rolü
The role of the miR-200 family in epithelial-mesenchymal transition in ovarian cancer
MERVE ŞENTÜRK
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Genetikİstanbul ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TUBA GÜNEL
- Identification and annotation of putative long noncoding RNAs involved in mesenchymal-epithelial transition
Mezenkimal epitelyal dönüşümde yer alan olası uzun protein kodlamayan RNAların tanımlanması ve anotasyonu
DOĞA ESKİER
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
GenetikDokuz Eylül ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GÖKHAN KARAKÜLAH
YRD. DOÇ. DR. HANİ ALOTAİBİ