MiRNA expression profiling of ovine mammary epithelial cells using RNA-seq technology with staphylococcus aureus-induced mastitis
Staphylococcus aureus kaynakli mastitisin mirna ekspresyon profilinin koyun meme epitel hücrelerinde RNA-seq teknolojisi kullanilarak araştirilmasi
- Tez No: 895758
- Danışmanlar: PROF. DR. MEHMET ULAŞ ÇINAR
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Ziraat, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Erciyes Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Zootekni Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 109
Özet
MikroRNA'lar (miRNA'lar), hücre içi biyolojik ve patolojik süreçleri etkileyerek önemli gen ekspresyon düzenleyicileri olarak işlev görürler. miRNA'lar hayvan ıslahı ve sağlığı için potansiyel biyobelirteçler olarak kullanılabildiğinden ötürü hayvan genetiğinde önemli ilgi görmektedirler. Bu çalışmanın amacı, mastitis ile ilişkili karmaşık miRNA yapısının meme epiteli hücrelerinde in vitro araştırılmasıdır. Bu amaçla, Staphylococcus aureus (S. aureus) uyarımı sonrası miRNA yanıtlarını analiz etmek için koyun meme epitel hücrelerinde kontrol ve stimülasyon modeli oluşturuldu. Yüksek verimli Illumina Small RNA protokolü kullanılarak örnek başına ortalama 7.75 milyon tek uçlu okuma ile, toplamda 46.54 milyon okuma üretildi. Temizleme, filtreleme, miRNA kantifikasyonu ve farklılaşan miRNA ekspresyonunu içeren standart biyoinformatik analizler, koyun miRNA'ları için miRBase veritabanı referans alınarak gerçekleştirildi. Sonuçlar, kontrol grubuna kıyasla 33'ü yukarı regüle ve 30'u aşağı regüle olan tüm genom boyunca 63 miRNA'nın farklılaşmış ekspresyonunu ortaya çıkardı. Özellikle miR-10a, miR-10b, miR-21 ve miR-99a'nın sinyal transdüksiyonu, transkripsiyonel yollar, büyüme faktörü reseptörleri ve ikinci haberciler tarafından sinyal transdüksiyon hastalıkları, MAPK sinyal yolu, NF-κB yolu, TNFα ve Toll Like Receptor 4 (TLR4) kaskadı ile ilişkili anlamlı bir farklılaşmış ekspresyon (p ≤ 0.05) sergilediği gözlendi. Bu çalışma, özellikle koyun miRNA'ları için miRNA veritabanlarını genişletmekte ve mastitis direnci ve teşhisi için biyomarker belirleme konusundaki ileri çalışmalar için potansiyel miRNA adaylarını tanımlamaktadır.
Özet (Çeviri)
MicroRNAs (miRNAs) act as key gene expression regulators, influencing intracellular biological and pathological processes. They are of significant interest in animal genetics as potential biomarkers for animal selection and health. This study aimed to unravel the complex miRNA signature involved in mastitis in in vitro cell culture. For this purpose, we constructed a control and treatment model in ovarian mammary epithelial cells to analyze miRNA responses upon Staphylococcus aureus (S. aureus) stimulation. The high-throughput Illumina Small RNA protocol was employed, generating an average of 7.75 million single-end reads per sample, totaling 46.54 million reads. Standard bioinformatics analysis, including cleaning, filtering, miRNA quantification, and differential expression was performed using the miRbase database as a reference for ovine miRNAs. The results indicated differential expression of 63 miRNAs, including 33 up-regulated and 30 down-regulated compared to the control group. Notably, miR-10a, miR-10b, miR-21, and miR-99a displayed a significant differential expression (p ≤ 0.05) associated to signal transduction, transcriptional pathways, diseases of signal transduction by growth factor receptors and second messengers, MAPK signaling pathway, NF-κB pathway, TNFα and Toll Like Receptor 4 (TLR4) cascade. This study contributes to expanding miRNA databases, especially for sheep miRNAs, and identifies potential miRNA candidates for further study in biomarker identification for mastitis resistance and diagnosis.
Benzer Tezler
- Metilendioksimetamfetamin bağımlısı insanlarda postmortem beyin dokularındaki mikrorna ekspresyon profillerinin araştırılması
Microrna expression profiling of methylenedioxymethamphetamine addiction in postmortem human brain tissues
GÖKSUN DEMİREL
Doktora
Türkçe
2018
Adli TıpMarmara ÜniversitesiFarmasötik Toksikoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TÜRKAN YURDUN
- The relationship between urinary exosomal miRNA levels and renal outcome in type 2 diabetic nephropathy patients
Tip 2 diyabetik nefropati hastalarında üriner eksozomal miRNA düzeylerinin renal outcome ile ilişkisi
MEHMET SEYİT ZOR
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
Genetikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EDA TAHİR TURANLI
- Prostat kanseri ve benign prostat hiperplazi (BPH) hastalarında miRNA ekspresyon profilinin belirlenmesi
Determination of miRNA expression profile in patients with prostate cancer and benign prostate hyperplasia (BPH)
OKAN SANCER
Doktora
Türkçe
2021
Tıbbi BiyolojiSüleyman Demirel ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. PINAR ASLAN KOŞAR
- Meme kanseri tanılı olgularda immun kontrol noktası genlerini regüle eden miRNA'ların ekspresyon profillerinin belirlenmesi
Determination of expression profiles of miRNAs regulating immune checkpoint genes in cases diagnosed with breast cancer
MUSTAFA BARIŞ ZEYTUNLU
Doktora
Türkçe
2024
OnkolojiEge ÜniversitesiTemel Onkoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BURÇİN TEZCANLI KAYMAZ
- Akut böbrek hasarında aday miRNA ekspresyon profilinin,hücre hattı modellemesi kullanılarak araştırılması
Candidate miRNA expression profile in acute kidney injury,investigating using cell line modeling
AYSUN TORAMAN
Doktora
Türkçe
2023
BiyolojiManisa Celal Bayar ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NURAY ALTINTAŞ