Breast cancer modelling with grape seed flavonoids: A molecular docking, molecular dynamics simulation, and density functional theory study
Üzüm çekirdeği flavonoidleri ile meme kanseri modellemesi: Bir moleküler yerleştirme, moleküler dinamik simülasyonu ve yoğunluk fonksiyonel teorisi çalışması
- Tez No: 896011
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ DENİZ KARATAŞ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Moleküler Tıp, Mühendislik Bilimleri, Bioengineering, Molecular Medicine, Engineering Sciences
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Manisa Celal Bayar Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyomühendislik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 172
Özet
Bu tezde, üzüm çekirdeği flavonoidlerinin meme kanseri üzerindeki potansiyel etkilerini araştırmak amacıyla moleküler kenetlenme, moleküler dinamik simülasyonları (MDS) ve yoğunluk fonksiyonel teorisi (DFT) kullanılmıştır. Bu tez çalışmasında, meme kanseriyle ilişkili 7UJM (ER), 1R5K (ER), 4IFI (BRCA1) ve 1N0W (BRCA2) olmak üzere dört önemli reseptör hedeflenmiştir. Bu reseptörler, meme kanseri tedavisinde önemli biyomoleküler hedefler olarak seçilmiştir. Moleküler kenetlenme çalışmaları, üzüm çekirdeği flavonoidlerinin ve bilinen anti-kanser ilaçlarının bu reseptörlerle etkileşimlerini incelemek için gerçekleştirilmiştir. Çalışmanın ilk aşamasında, reseptör-ligand kompleksleri arasında en düşük bağlanma enerjisine sahip kompleksler belirlenmiştir. Elde edilen sonuçlar, üzüm çekirdeği flavonoidlerinin, bazı mevcut ilaçlarla karşılaştırıldığında, hedef reseptörlerle güçlü etkileşimler gösterdiğini ortaya koymuştur. Moleküler dinamik simülasyonları, seçilen ligand-reseptör komplekslerinin kararlılığını değerlendirmek amacıyla gerçekleştirilmiştir. Simülasyon sonuçları, flavonoidlerin reseptörlerle stabil kompleksler oluşturduğunu ve bu komplekslerin kararlı olduğunu göstermiştir. Ayrıca, yoğunluk fonksiyonel teorisi (DFT) kullanılarak, bu komplekslerin elektronik özellikleri detaylı bir şekilde incelenmiştir. Sonuç olarak, bu tez çalışması, üzüm çekirdeği flavonoidlerinin meme kanseri tedavisinde potansiyel birer terapötik ajan olarak kullanılabileceğini öne sürmektedir.
Özet (Çeviri)
In this thesis, molecular docking, molecular dynamics simulations (MDS) and density functional theory (DFT) were used to investigate the potential effects of grape seed flavonoids on breast cancer. In this thesis study, four important receptors related to breast cancer were targeted: 7UJM (ER), 1R5K (ER), 4IFI (BRCA1) and 1N0W (BRCA2). These receptors have been selected as important biomolecular targets in the treatment of breast cancer. Molecular docking studies have been conducted to study the interactions of grape seed flavonoids and known anti-cancer drugs with these receptors. In the first stage of the study, the complexes with the lowest binding energy among the receptor-ligand complexes were identified. The results obtained have revealed that grape seed flavonoids show strong interactions with target receptors, compared to some existing drugs. Molecular dynamics simulations were performed to evaluate the stability of the selected ligand-receptor complexes. The simulation results showed that flavonoids form stable complexes with receptors and that these complexes are stable. In addition, the electronic properties of these complexes have been studied in detail using density functional theory (DFT). As a result, this thesis study suggests that grape seed flavonoids can be used as a potential therapeutic agent in the treatment of breast cancer.
Benzer Tezler
- Meme kanserinin ftır ve kemometri tekniği kullanımı ile erken teşhisi
Early diagnosis of breast cancer using ftir and chemometry technique
HİDAYET BENGİSU GEDİKLİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
Kimya Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ RAMAZAN KIZIL
- Meme kanserinin intravoxel incoherent motion (IVIM) özellikleri ve IVIM parametrelerinin histolojik grade ve moleküler belirteçlerle ilişkisinin analizi
Analysis of intravoxel incoherent motion (IVIM) features of breast cancer and the relationship of IVIM parameters with histological grade and molecular markers
FERHAT YILDIRIM
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2021
Radyoloji ve Nükleer TıpSağlık Bilimleri ÜniversitesiRadyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. IRMAK DURUR SUBAŞI
- Compressed sensing based 3D image reconstruction in digital breast tomosynthesis and micro-bioimaging
Sayısal meme tomosentezinde ve mikro biyogörüntülemede sıkıştırılmış algılama tabanlı 3B görüntü geri çatma
ADEM POLAT
Doktora
İngilizce
2018
Bilim ve Teknolojiİstanbul Teknik Üniversitesiİletişim Sistemleri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. İSA YILDIRIM
- Modeling redistribution of regulators after perturbation on large biological networks
Büyük biyolojik ağlarda perturbasyon sonrasında düzenleyicilerin yeniden dağılımının modellenmesi
SELCEN ARI YUKA
Doktora
İngilizce
2024
BiyomühendislikYıldız Teknik ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ALPER YILMAZ
- Meme kanserli hastalarda Tyrer-Cuzick risk hesaplama modelinin prognostik faktörler ve moleküler subtipler ile ilişkisinin değerlendirilmesi
Tyrer-Cuzick in patients with breast cancer prognostic of risk calculation modelwith factors and molecular subtips evaluation of relationship
RAMAZAN AZAR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2019
Genel CerrahiSağlık Bilimleri ÜniversitesiGenel Cerrahi Ana Bilim Dalı
UZMAN SALİHA KARAGÖZ EREN