Identification of Salda lake archaeal composition by MinION sequencer to demonstrate possible microbial assemblance between martian environment and planet earth
Mars ve dünya gezegeni arasında olası mikrobiyal benzerliklerin araştırılması için Salda gölü arke türlerinin MinION sekanslama tekniği ile belirlenmesi
- Tez No: 898695
- Danışmanlar: PROF. DR. BAHAR İNCE
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Çevre Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Çevre Bilimleri Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Çevre Bilimleri Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 80
Özet
Dünya dışı bir gezegende mikrobiyal yaşamın keşfedilmesi, uzayda yaşamın varlığına dair kanıt sunabilmek açısından büyük önem taşımaktadır. Ulusal Havacılık ve Uzay Dairesi (NASA) tarafından elde edilen verilere göre, Salda Gölü Mars'taki Jezero Krateri'ne benzer özellikler göstermektedir. Bu çalışma, Mars'ın yüzeyinde potansiyel biyolojik aktivitelere dair ipuçları sağlayabilecek Salda Gölü'nün mikrobiyolojik bileşenlerini incelemektedir. Arkeler en ilkel mikroorganizmalar olarak bilinmektedir. Oxford Nanopore Teknolojileri'nin Amplikon dizileme MinION cihazı kullanılarak Salda Gölü'nde bulunan arkeal türleri analiz edilmiştir. Bu araştırmada Salda Gölü'ndeki arkeyal türlerin analizi, MinION dizileme ile gerçekleştirilmiş ve ilk çalışma olma özelliğini taşımaktadır. 2021 yaz sezonunda, gölün altı farklı noktasından, sediman, biyofilm, mikrobiyal mat, su filtresi ve yosun olarak sınıflandırılmış örnekler toplanmıştır. Örnekler temel olarak dört arke super şubesinden oluşmaktadır: TACK, Euryarchaeota, Candidatus Thermoplasmatota ve DPANN. Sediman örnekleri en yüksek biyolojik çeşitliliği gösterirken, mikrobiyal mat örneklerinde en düşük çeşitlilik gözlemlenmiştir. Salda Gölü'nde gözlemlenen arke türlerinin, biyo-jeokimyasal döngülerde önemli rol oynadığı belirlenmiştir. Çalışmada bulunan türlerin çoğunun optimum büyüme koşullarının, Salda Gölü'nün mevcut özelliklerine uygun olmadığı saptanmıştır. Türlerin elverişsiz koşullara adapte olabilme yetenekleri ve bu adaptasyon süreçlerinin nasıl gerçekleştiği, evrimsel biyoloji ve astrobiyoloji açısından önemli bir bulgudur.
Özet (Çeviri)
Discovery of microbial life on another planet is crucial for demonstrating the existence of life precursors in space. According to data collected by the National Aeronautics and Space Administration (NASA), Lake Salda on Earth is an analogue for the Jezero crater, Mars. The study examines archaeal components of Lake Salda, which could provide clues to possible biosignatures on Martian surface. Archaea are considered the most primitive microorganisms. Amplicon sequencing employed to analyze archaeal species present in Lake Salda using MinION device from Oxford Nanopore Technologies. This research represents the first application of the MinION sequencer for analyzing archaeal community of the Lake. The samples collected during summer 2021, from sediments, biofilm, microbial mats, water filters, and moss, categorized based on their sampling location and composition. The findings indicated that the samples primarily consist of four superphyla of archaea: Thaumarchaeota (now referred to as Nitrososphaerota), Aigarchaeota, Crenarchaeota (now referred to as Thermoproteota), and Korarchaeota (collectively known as TACK), Euryarchaeota, Candidatus Thermoplasmatota, Diapherotrites, Parvarchaeota, Aenigmarchaeota, Nanoarchaeota, and Nanohaloarchaeota (DPANN). The largest diversity was observed in sediment samples, whereas microbial mat samples exhibited the lowest diversity. No significant differences in diversity were observed among the samples based on location. Archaeal species identified in Lake Salda play significant role in biogeochemical cycles. Furthermore, optimal growth conditions for most of the identified species do not align with the environmental characteristics of Lake Salda. Understanding how these species adapt to suboptimal conditions and the mechanisms underlying this adaptation provides valuable insights into evolutionary biology and astrobiology.
Benzer Tezler
- Salda Gölü (Burdur) güney bölgesinin jeokimyasal anomalilerinin araştırılarak jeokimya haritalarının oluşturulması
Generation of geochemical maps by researching the geochemical anomalies of the south region of Salda Lake (Burdur)
BETÜL COŞKUN ÖNAL
Doktora
Türkçe
2021
Jeoloji MühendisliğiMersin ÜniversitesiJeoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ZEYNEP ÖZDEMİR
- Comparative evaluation of prokaryotic community of salda lake using oxford nanopore-minion and next generation sequencing-illumina
Salda gölü'nün prokaryotik topluluğunun oxford nanopore-minıon ve yeni nesil dizileme-illumina ile karşılaştırmalı olarak değerlendirilmesi
KÜBRA DOYMUŞ
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiÇevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ORHAN İNCE
- Üreolitik bakterilerin araştırılması ve biyobeton
Research of ureolytic bacteria and bio-concrete
AYBERK ÇETİNKAYA
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
MikrobiyolojiEskişehir Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KIYMET GÜVEN
- Sensonsche, mikrobiologiscne, chemische und chemisch-physikalische Untersuchungen zur Haltbarkeit be-und verarbeiteter Sißwasserfische
Başlık çevirisi yok
FATMA ARIK
Doktora
Almanca
2000
BiyolojiLudwig-Maximilians Universität MünchenBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FRANZ FIEDLER
PROF. DR. A. STOLLE
PROF. DR. MATHIAS VON LUKOWICZ
- Manyas Gölü Havzası'nda baskı ve etkilerinbelirlenmesi
Determination of pressures and impacts in Manyas Lake basin
ASLIHAN BENLİOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Çevre Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiÇevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ALPASLAN EKDAL