Berrak hücreli renal hücreli karsinom hastalarında BAP1, PBRM1, SETD2 mutasyonlarının varlığının araştırılması ve immünohistokimyasal olarak korelasyonunun değerlendirilmesi
Investigation of the presence of BAP1, PBRM1, SETD2 mutations in patients with clear cell renal cell carcinoma and evaluation of immunohistochemical correlation
- Tez No: 902427
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. SERHAT TOPRAK
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Genetik, Patoloji, Genetics, Pathology
- Anahtar Kelimeler: BAP-1, ekzom sekanslama, immünohistokimya, PBRM-1, renal hücreli karsinom, SETD-2, BAP1, exome sequencing, immunohistochemistry, PBRM1, renal cell carcinoma, SETD2
- Yıl: 2022
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İnönü Üniversitesi
- Enstitü: Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Patoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 102
Özet
Amaç: Hastaları doğru tedaviye yönlendirmek için tümör örneklerinin moleküler testi giderek önem kazanmaktadır. Bu çalışmanın amacı klinikopatolojik, histomorfolojik özellikler ile BAP1, PBRM1 ve SETD2 genlerindeki mutasyonların etkilerini ve bunların immünohistokimya ile korelasyonunu incelemek ve berrak hücreli renal hücreli karsinom hastalarının tedavisine, prognozuna ve yönetimine rehberlik etmesini araştırmaktır. Materyal ve Metod: Çalışmaya 2015-2021 yılları arasında nefrektomi uygulanmış, İnönü üniversitesi Turgut Özal Tıp Merkezi Tıbbi Patoloji laboratuvarında değerlendirilmiş 80 adet ccRCC olgusu alınmıştır. Bu olgular BAP-1, PBRM-1, SETD-2 immünohistokimyasal boyanmaları ile değerlendirilmiştir. 12 olgu ise tüm ekzom dizileme yöntemiyle moleküler olarak mutasyonlar açısından araştırılmıştır. Bulgular: 80 olgunun %41'inde PBRM-1, %17,5'inde BAP-1, %47,5'inde SETD-2 ile immünohistokimyasal olarak boyanma kaybı bulundu. PBRM-1 ve BAP-1 ile cinsiyet, yaş, tümör lokalizasyonu, tümör boyutu, evre, grade, metastaz, arasında ilişki saptanmadı. BAP-1 negatifliği kötü genel sağkalım ile ilişkili bulundu. SETD-2 negatifliği ile ileri evre ve tümör boyutu arasında korelasyon saptandı. PBRM-1 ve BAP-1 negatifliğinin birlikteliği anlamlı bulundu; PBRM1/SETD2, BAP1/SETD2 birlikteliği istatistiksel olarak anlamlı değildi. Ekzom sekanslama işlemi ile 12 olgunun hiçbirinde VHL, PBRM-1, BAP-1, SETD-2 için anlamlı mutasyon saptanmadı. 7 olguda ARSD, 9 olguda SLC25A5 geninde SNP mutasyonlar saptanmıştır. Sonuç: BAP-1 ve PBRM-1 ile immünohistokimyasal olarak boyanma oranları literatür ile benzer oranda saptanırken, SETD-2 ile oran literatüre göre daha yüksek oranda saptandı. Ekzom sekanslama ile 12 olgunun hiçbirinde her 3 gene ait anlamlı mutasyon saptanmazken ARSD ve SLC25A5 genlerinde yüksek oranda mutasyonlar izlenmiştir. Bu genlerle ilgili çalışmalar RCC'nin hem moleküler makanizmasını hem de olası hedefe yönelik tedavileri yönlendirmeye katkı sunacaktır.
Özet (Çeviri)
Aim: Molecular testing of tumor samples is becoming increasingly important to guide patients to the right treatment. The aim of this study is to examine the effects of clinicopathological, histomorphological features and mutations in BAP1, PBRM1 and SETD2 genes and their correlation with IHC and to guide the treatment, prognosis and management of patients with clear cell renal cell carcinoma. Materials and Methods: 80 ccRCC cases who underwent nephrectomy between 2015-2021 and evaluated in İnönü University Turgut Özal Medical Center Medical Pathology laboratory were included in the study. These cases were evaluated with BAP-1, PBRM-1, SETD-2 IHC staining. Twelve cases were investigated molecularly by whole exome sequencing. Results: Immunohistochemical staining loss was found in 41% of 80 cases with PBRM-1, 17.5% with BAP-1, and 47.5% with SETD-2. No relationship was found between PBRM-1 and BAP-1 and gender, age, tumor localization, size, stage, grade, metastasis. BAP-1 negativity was associated with poor overall survival. A correlation was found between SETD-2 negativity and advanced stage and tumor size. The coexistence of PBRM-1 and BAP-1 negativity was significant; the association of PBRM1/SETD2, BAP1/SETD2 was not significant. No significant mutations were detected for VHL, PBRM-1, BAP-1, SETD-2 in any of the 12 cases by exome sequencing. SNP mutations were detected in ARSD in 7 and SLC25A5 gene in 9 cases. Conclusion: IHC staining rates with BAP-1 and PBRM-1 were the same as in the literature, and the rate with SETD-2 was higher than the literature. Exome sequencing did not detect any significant mutations in all 3 genes in any of the 12 cases, while high rates of mutations were observed in ARSD and SLC25A5 genes. Studies on these genes will contribute to directing both the molecular mechanism of RCC and possible targeted therapies.
Benzer Tezler
- Metastatik renal hücreli karsinom hastalarında nivolumab tedavisi öncesi ve sonrasında bilgisayarlı tomografi ile kantitatif olarak sarkopeni değerlendirilmesi ve prognozla ilişkisinin gösterilmesi
Quantitative evaluation of sarcopenia with computed tomography before and after nivolumab treatment in metastatic renal cell carcinoma patients and demonstrating its relationship with prognosis
ERDEM ÖZKAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
Radyoloji ve Nükleer TıpSağlık Bilimleri ÜniversitesiRadyoloji Ana Bilim Dalı
UZMAN MURATHAN KÖKSAL
- Kromofob renal hücre karsinomlarında bazı aday tümör baskılayıcı genlerin epigenetik analizi
Epigenetic analysis of several candidate tumor suppressor genes in chromophobe type renal cell carcinomas
ÖZGE ATAKER
Yüksek Lisans
Türkçe
2014
BiyolojiGaziantep ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FİLİZ ÖZBAŞ GERÇEKER
- Berrak hücreli renal karsinoma hastalarında e-kaderin (ECAD) ve ölüm aracılı protein kinaz (DAPK) genlerinde metilasyon araştırması
DNA methylation study of e-cadherin (ECAD) and death-associated protein kinase (DAPK)gene at clear cell renal carsinoma
AYTÜL KİTAPCI
- Determination and comparison of the relationship between COVID-19 and breast cancer, triple negative breast cancer and clear cell renal cell carcinoma by in silico approaches
COVID-19 ile meme kanseri, üçlü negatif meme kanseri ve berrak hücreli renal hücreli karsinom arasındaki ilişkinin in siliko yaklaşımlar ile belirlenmesi ve karşılaştırılması
AMMAR YASIR AHMED AHMED
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
GenetikKırşehir Ahi Evran ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SEVİNÇ AKÇAY
- Renal hücreli karsinomda tümör nekroz faktör ilişkili apoptoz uyarıcı ligand (TRAIL) ve reseptörlerinin ekspresyonu
Expression of tumor necrosis factor related apoptosis inducing ligand (TRAIL) and trail receptors in renal cell carcinoma
MEHMET KISAARSLAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2014
ÜrolojiAkdeniz ÜniversitesiÜroloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İSMAİL TÜRKER KÖKSAL