Renal iskemi reperfüzyon modelinde mirna profillenmesi
Mirna profiling in renal ischemia reperfusion model
- Tez No: 903308
- Danışmanlar: PROF. DR. MUSTAFA SOYÖZ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Tıbbi Biyoloji, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: İskemi-Reperfüzyon Hasarı, miRNA Profilleme, Biyoinformatik Analizler Bu tez çalışması, ischemia-reperfusion injury, miRNA profiling
- Yıl: 2024
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İzmir Katip Çelebi Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 199
Özet
Amaç: Renal iskemi-reperfüzyon (İR) hasarı sonrasında mikroRNA (miRNA) profillerindeki değişiklikleri belirleyip bu değişikliklerin gen ifadesi profilinde meydana getirebileceği etkilerle hasarın şiddeti veya iyileşme sürecindeki potansiyel rolünü araştırmak amaçlanmıştır. Yöntem: Renal İR modeli için 6 haftalık Wistar Albino Ratlar (WAR) kullanıldı. Böbreklere 45 dakikalık bilateral iskemi uygulandı ve 24 saatlik reperfüzyon sonrası böbrek dokuları toplandı. Nükleik asit izolasyonu gerçekleştirildikten sonra yeni nesil sekanslama yöntemi (NGS) ile miRNA ifade profili belirlendi. Daha sonra, miRNA'ların mesajcı RNA (mRNA) ifadelerindeki değişikliklere etkilerini belirlemek için aynı örneklerin NGS yöntemi ile mRNA profilleri belirlendi. Sonuçlar biyoinformatik yazılımlarla analiz edildi. Bulgular: İR sürecinde böbrek dokusunda belirgin miRNA ifade değişiklikleri gözlendi. Özellikle rno-miR-542-3p.2, rno-miR-26a-5p, rno-miR-151-5p, rno-miR-21-3p.2, rno-miR-21-5p.2 gibi miRNA'ların ifadelerindeki değişim saptandı. Ayrıca bu profilde rat modelinde yeni miRNA'lar ve miRNA varyantları (izomiR'ler) tespit edildi. Bu miRNA'ların potansiyel hedefleri olabilecek Timd4, Spata21, Fcna, Cd209b, Cpa1, Ccl7, Havcr1, Cdkn3 gibi genlerin ifadelerinde değişimler tespit edildi. Bu miRNA ve genler immün yanıt, oksidatif stres, DNA onarım mekanizması, hücre ölümü, hücre sinyalizasyonu ile ilişkili birçok süreçte rol oynamaktadır. Ayrıca, NGS için hazırlanan kütüphanelerde nükleik asit izolasyon kitlerinin farklı olmasının farklı profiller elde edilmesine neden olduğu saptandı. Sonuç: Sonuç olarak bu tez çalışmasında, renal İR sürecinde miRNA profillerinin dinamik değişiklikleri ortaya konuldu. Bu bulgular, miRNA'ların renal İR hasarının sonrasında potansiyel rolünü vurgulayarak gelecekteki terapötik hedeflerin ve tanısal işaretçilerin geliştirilmesine yol açabilir.
Özet (Çeviri)
Aim: It was aimed to determine the changes in microRNA (miRNA) profiles after renal ischemia-reperfusion (IR) injury and to investigate the effects of these changes on the gene expression profile and their potential role in the severity of injury or the healing process. Methods: 6-week-old Wistar Albino Rats (WAR) were used for the renal IR model. 45-minute bilateral ischemia was applied to the kidneys and kidney tissues were collected after 24-hour reperfusion. After nucleic acid isolation, miRNA expression profile was determined by next-generation sequencing (NGS). Then, messenger RNA (mRNA) profiles of the same samples were determined by NGS method to determine the effects of miRNAs on changes in mRNA expressions. The results were analyzed with bioinformatics software. Results: Significant miRNA expression changes were observed in the kidney tissue during the ischemia and reperfusion process. Especially changes in the expressions of miRNAs such as rno-miR-542-3p.2, rno-miR-26a-5p, rno-miR-151-5p, rno-miR-21-3p.2, rno-miR-21-5p.2 were detected. In addition, new miRNAs and miRNA variants (isomiRs) were detected in this profile in the rat model. Changes were detected in the expressions of genes such as Timd4, Spata21, Fcna, Cd209b, Cpa1, Ccl7, Havcr1, Cdkn3, which may be potential targets of these miRNAs. These miRNAs and genes play a role in many processes related to immune response, oxidative stress, DNA repair mechanism, cell death, and cell signaling. In addition, it was determined that different nucleic acid isolation kits in libraries prepared for NGS caused different profiles to be obtained. Conclusion: As a result, in this thesis study, dynamic changes in miRNA profiles during renal IR process were revealed. These findings emphasize the potential role of miRNAs after renal IR injury and may lead to the development of future therapeutic targets and diagnostic markers.
Benzer Tezler
- Renal iskemi-reperfüzyon modelinde taurinin ekstrasellüler matriks bütünlüğü üzerine olası koruyucu etkisinin ve ilişkili sinyal yolaklarının tanımlanması
The investigation of possible protective effect of taurine on extracellular matrix and related signaling pathway in renal ischemia/reperfusion model
CEMRE URAL
Yüksek Lisans
Türkçe
2014
BiyokimyaDokuz Eylül ÜniversitesiMoleküler Tıp Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ZAHİDE ÇAVDAR
- Renal iskemi reperfüzyon hasarında eritropoietinin koruyucu etkisine k-atp kanallarının katılımı
Involvement of ATP Dependent K Channels To Protective Role Of Eritropoietin During Renal Ischemia Reperfusion Injury
NURAY YAZIHAN
Doktora
Türkçe
2007
FizyopatolojiAnkara Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜZİN ÖZELÇİ KAVAS
- Renal iskemi reperfüzyon modelinde Tadalafil'in apaf-1, eNOS, iNOS ve lipid peroxidasyon ürünleri üzerine olan etkileri
The effects of tadalafil on apaf-1, eNOS, iNOS and lipid peroxidation products in model of renal ıschemia reperfusion
TUĞRUL TÜRKER
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2011
ÜrolojiZonguldak Karaelmas ÜniversitesiÜroloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BÜLENT EROL
- Sıçan renal iskemi reperfüzyon modelinde humaninin etkisi
The effect of humanin on rat renal ischemia reperfusion model
LEYLA ABUEİD
- Renal iskemi reperfüzyon hasarı (İRH) modelinde sulfosalazinin renal ve uzak organ hasarı üzerine etkileri
The effects of sulphasalazine on renal and end organ damage in the renal ischemia-reperfusion injury (RIR) model
SEMİH GÜL
Tıpta Yan Dal Uzmanlık
Türkçe
2009
NefrolojiKaradeniz Teknik Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞÜKRÜ ULUSOY