regulaTER: An R library for analysis of transposable elements in accessible regions
regulaTER: Ulaşılabilir genomik bölgelerdeki transpozonların analizi için bir R paketi
- Tez No: 914963
- Danışmanlar: PROF. DR. GÖKHAN KARAKÜLAH, DOÇ. DR. HANİ ALOTAİBİ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Biyoistatistik, Genetik, Computer Engineering and Computer Science and Control, Biostatistics, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: İzmir Uluslararası Biyotıp ve Genom Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Transpozonlar genomda yeni kopyalar oluşturabilen tekrar dizilerdir, ve genetik çeşitlilik ve yeni genomik özelliklere yol açabilirler. Birçok transposon transkripsiyon faktör bağlanma bölgeleri gibi genomik motifler açısından zenginleşmiştir, ve bu şekilde gen düzenleyici ağ oluşumunda yer alırlar. Bununla beraber, düzenlenme dışı transpozisyon hücreye ve organizmaya zarar verebilir. Bu nedenle, transpozonların olası aktiviteleri heterokromatin bölgelerde tutularak ya da başka şekillerde susturularak engellenmektedir. Transpozonların gen düzenleyici katkılarının tam olarak anlaşılması için, transpozonların epigenomik durumunun multiomik veriler aracılığıyla lokus özgü bir şekilde tanımlanması gerekmektedir. Transpozonların tekrar diziler olmaları, aynı zamanda analizleri için özelleşmiş hesaplamalı yöntemler gerektirir. Bu tezde regulaTER adlı R kütüphanesi tanımlanmaktadır. regulaTER multiomik veriler kullanarak çeşitli transpozon analizlerini otomatize eder, ve gen ve genom düzenleyici işlevlerinin belirlenmesine yardımcı olur. regulaTER kapsamındaki dört fonksiyon, çeşitli genomik bağlamlarda ve gen düzenleyici bölgelerde zenginleşmiş transpozonların tanımlanmasını, ve bu düzenleyici işlevlere katkı sağlayan genomik motiflerin zenginleşmelerinin hesaplanmasını sağlar. Kütüphanenin kullanımının doğrulanması, epitelyal-mezenkimal ve mezenkimal-epitelyal hücre dönüşümü modelleri kullanılarak yapılmıştır. Bu süreçlerde B / Alu transpozonlarının olası katkıları belirlenmiş ve açıklanmıştır. Bu transpozonların üzerindeki Forkhead transkripsiyon fakötrü bağlanma bölgelerinin süreçlerin düzenlenmesine katkıları regulaTER paketinin yetenekleri gösterilmiştir.
Özet (Çeviri)
Transposable elements are repeat elements which can create copies of themselves in the genome, making them a prolific source of genetic variance and novel genomic features. Many transposable elements are enriched for genomic motifs, such as transcription factor binding sites, implicating them in the formation of gene regulatory networks. However, due to the deleterious effects of unregulated transposition, most are repressed, located in heterochromatin regions, and inhibited from such activity. To fully understand the impact of transposable elements on gene regulation, it is necessary to incorporate multiomics data to consider the epigenomic state of transposable elements in a locus-specific manner. As repeat sequences, transposable elements further require the use of specialized computational methods. Here, I introduce regulaTER, an R library which uses multiomics data to automate many transposable element centric analyses to uncover their roles in gene and genome regulation. regulaTER comprises four functions, and can take a wide range of genomic and transcriptomic data from different sources to identify transposable element enrichment in various genomic contexts. It can further identify their enrichment in potential gene regulatory regions, and find the genomic motifs enriched in transposable element sequences which might drive such regulation. I further validate its use with epithelial-mesenchymal and mesenchymal-epithelial transition models. Finally, I describe the potential impact of B elements / Alu elements on these processes, and their potential to contribute Forkhead transcription factor binding sites for their regulation, and highlighting the capabilities of regulaTER.
Benzer Tezler
- Ege bölgesi keçi liflerinin bazı önemli fiziksel, kimyasal özellikleri ve değerlendirme imkanları
Başlık çevirisi yok
NİLÜFER ERDEM
Doktora
Türkçe
1985
Tekstil ve Tekstil MühendisliğiEge ÜniversitesiTekstil Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜLSEREN YAZICIOĞLU
- Üzüm sularının pastörizasyonu ve kontsantresi sırasında hidroksimetilfurfural oluşumu üzerinde bir araştırma
Başlık çevirisi yok
ŞERİFE ŞAHİN
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
Gıda MühendisliğiEge ÜniversitesiTarım Ürünleri Teknolojisi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYDIN URAL
- Realization of transmitter and receiver clock generation units and channel switching unit in a modified analog radio relay
Değiştirilen bir analog radyodaki verici ve alıcı saat üretimi birimleri ve kanal anahtarlama biriminin gerçekleştirilmesi
AYHAN BÜYÜKSEMERCİ
Yüksek Lisans
İngilizce
1987
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiElektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MURAT AŞKAR
- New algorithms and techniques for microprocessor-controlled PWM induction drives
Başlık çevirisi yok
OSMAN KÜKRER
Doktora
İngilizce
1987
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiElektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. H. BÜLENT ERTAN