regulaTER: an R package for analysis of transposable elements in accessible regions
regulaTER: ulaşılabilir genomik bölgelerdeki transpozonların analizi için bir R paketi
- Tez No: 914963
- Danışmanlar: PROF. DR. GÖKHAN KARAKÜLAH, DOÇ. DR. HANİ ALOTAİBİ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Biyoistatistik, Genetik, Computer Engineering and Computer Science and Control, Biostatistics, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: İzmir Uluslararası Biyotıp ve Genom Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 110
Özet
Transpozonlar genomda yeni kopyalar oluşturabilen tekrar dizilerdir, ve genetik çeşitlilik ve yeni genomik özelliklere yol açabilirler. Birçok transposon transkripsiyon faktör bağlanma bölgeleri gibi genomik motifler açısından zenginleşmiştir, ve bu şekilde gen düzenleyici ağ oluşumunda yer alırlar. Bununla beraber, düzenlenme dışı transpozisyon hücreye ve organizmaya zarar verebilir. Bu nedenle, transpozonların olası aktiviteleri heterokromatin bölgelerde tutularak ya da başka şekillerde susturularak engellenmektedir. Transpozonların gen düzenleyici katkılarının tam olarak anlaşılması için, transpozonların epigenomik durumunun multiomik veriler aracılığıyla lokus özgü bir şekilde tanımlanması gerekmektedir. Transpozonların tekrar diziler olmaları, aynı zamanda analizleri için özelleşmiş hesaplamalı yöntemler gerektirir. Bu tezde regulaTER adlı R kütüphanesi tanımlanmaktadır. regulaTER multiomik veriler kullanarak çeşitli transpozon analizlerini otomatize eder, ve gen ve genom düzenleyici işlevlerinin belirlenmesine yardımcı olur. regulaTER kapsamındaki dört fonksiyon, çeşitli genomik bağlamlarda ve gen düzenleyici bölgelerde zenginleşmiş transpozonların tanımlanmasını, ve bu düzenleyici işlevlere katkı sağlayan genomik motiflerin zenginleşmelerinin hesaplanmasını sağlar. Kütüphanenin kullanımının doğrulanması, epitelyal-mezenkimal ve mezenkimal-epitelyal hücre dönüşümü modelleri kullanılarak yapılmıştır. Bu süreçlerde B / Alu transpozonlarının olası katkıları belirlenmiş ve açıklanmıştır. Bu transpozonların üzerindeki Forkhead transkripsiyon fakötrü bağlanma bölgelerinin süreçlerin düzenlenmesine katkıları regulaTER paketinin yetenekleri gösterilmiştir.
Özet (Çeviri)
Transposable elements are repeat elements which can create copies of themselves in the genome, making them a prolific source of genetic variance and novel genomic features. Many transposable elements are enriched for genomic motifs, such as transcription factor binding sites, implicating them in the formation of gene regulatory networks. However, due to the deleterious effects of unregulated transposition, most are repressed, located in heterochromatin regions, and inhibited from such activity. To fully understand the impact of transposable elements on gene regulation, it is necessary to incorporate multiomics data to consider the epigenomic state of transposable elements in a locus-specific manner. As repeat sequences, transposable elements further require the use of specialized computational methods. Here, I introduce regulaTER, an R library which uses multiomics data to automate many transposable element centric analyses to uncover their roles in gene and genome regulation. regulaTER comprises four functions, and can take a wide range of genomic and transcriptomic data from different sources to identify transposable element enrichment in various genomic contexts. It can further identify their enrichment in potential gene regulatory regions, and find the genomic motifs enriched in transposable element sequences which might drive such regulation. I further validate its use with epithelial-mesenchymal and mesenchymal-epithelial transition models. Finally, I describe the potential impact of B elements / Alu elements on these processes, and their potential to contribute Forkhead transcription factor binding sites for their regulation, and highlighting the capabilities of regulaTER.
Benzer Tezler
- Akciğer kanserinde omik veri tabanlı analizler ve biyobelirteçlerin araştırılması
Omics data-based analysis and investigation of biomarkers in lung cancer
AYŞE CANER
Doktora
Türkçe
2024
Moleküler TıpEge ÜniversitesiSağlık Biyoinformatiği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BURAK ORDİN
- Odyssey: A tool for microrna-mRNA expression and interaction visualization
Odyssey: MikroRNA-gen ekspresyonu ve etkileşimlerinin görselleştirilmesi üzerine bir yazılım
ALPEREN TACİROĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
BiyoistatistikOrta Doğu Teknik ÜniversitesiSağlık Bilişimi Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ AYBAR CAN ACAR
DOÇ. DR. ÖZLEN KONU KARAKAYALI
- Gelişmekte olan ülkelerde teknoloji politikalarının belirlenmesi ve Türkiye'deki durum
Technology policies in developing countries and the situatiın in Turkey
MEHPARE BARIŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
1997
Endüstri ve Endüstri Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiMühendislik Yönetimi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TUFAN V. KOÇ
- Blokzincir uygulamalarında başarısızlık nedenlerinin bibliyometrik analiz ile incelenmesi
Investigation of the rreasons for failure in blockchain applications with bibliometric analysis
MUZAFFER ŞENLİK
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Yönetim Bilişim SistemleriBursa Uludağ ÜniversitesiYönetim Bilişim Sistemleri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MELİH ENGİN