Odyssey: A tool for microrna-mRNA expression and interaction visualization
Odyssey: MikroRNA-gen ekspresyonu ve etkileşimlerinin görselleştirilmesi üzerine bir yazılım
- Tez No: 521624
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ AYBAR CAN ACAR, DOÇ. DR. ÖZLEN KONU KARAKAYALI
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoistatistik, Genetik, Tıbbi Biyoloji, Biostatistics, Genetics, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2018
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Enformatik Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Sağlık Bilişimi Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyoenformatik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 105
Özet
MikroRNA'lar kodlamayan RNA moleküllerinden olup şimdiye kadar çalışılmış bütün omurgasız hayvanlar dahil pek çok organizmada işlevsel roller alırlar. Farklı omurgasız türleri göz önüne alındığında, 200'e kadar farklı gen, mikroRNA kodlamasında görev alabilir. İlk olarak 20 yıl önceki keşiflerinden bu yana, hücre içerisindeki görevleri, hangi biyolojik yolaklarda regülatör olarak görevler aldıkları çok çeşitli araştırmalara konu olmuştur. Bu araştırmalar sonucunda, apoptoz, homeostaz, gelişimsel biyoloji, kanser olusumu ve virus enfeksiyonları sonucu aktive olan yolaklar dahil farklı birden çok önemli biyolojik mekanizmalarda etken rol aldıkları gözlemlenmiştir. MikroRNA'lar bu mekanizmalara genel olarak post-transkripsiyonel aşamada mesajcı RNA moleküllerine bağlanıp, bu moleküllerin stabilitesini bozarak yön verirler. Evrimsel süreçte incelendiklerinde, nükleotit dizilimlerinin korunmuş olduğu fark edilmiştir ve bu da hücre içerisindeki görevlerinin önemini vurgular niteliktedir. 'Odyssey' mikroRNA'ların bağlandıkları genlerle olan ilişkilerini etkileşimli ağlar yoluyla çizmek için R programlama dilinin Shiny paketi kullanılarak geliştirildi. Bu web uygulaması geliştirilirken, kullanıcıların kendi biyolojik ekspresyon datasını yükleyebilecekleri ve bu data üzerinden karşılaştırmalı ekspresyon analizi yapabilecekleri, ayrıca bu analiz sonucunda çıkan sonuçları etkileşimli ağ olarak çizebilecekleri kullanımı kolay bir arayüze sahip olmasına özen gösterildi. Ayrıca Odyssey'de bu ağları oluşturan mikroRNA veya genlerin ekspresyon analizi sonucunda çıkan değerler üzerinden filtrelenebilmesi için modüller eklendi. Web uygulamasının nihai amacı olarak kullanıcının analizini yaptığı data fenotipini açıklayıcı nitelikte güçlü bir öngörü aracı olarak kullanılabilmesi hedeflendi.
Özet (Çeviri)
MicroRNAs (miRNAs) are non-coding short RNA molecules that are found in all metazoa studied so far. When distinct metazoa genomes considered up to 200 genes encode for unique miRNAs that show variability between species. Regulatory functions of miRNAs have been studied for 20 years starting after their discovery. The research suggests that they are involved in a wide spectrum of biological activities including apoptosis, tumorigenesis, development, homeostasis and viral infections. miRNAs regulate these cellular processes at the posttranscriptional level by binding to the messenger RNAs (mRNAs), leading to an unstable derivative of the initial biological molecule. miRNA targets are under strict evolutionary pressure which further implicates the importance of underlying biological mechanisms. Although there are several Gene/mRNA-miRNA interaction visualization and analysis tools“Odyssey”was built for improved interactive visualization the interaction network of miRNAs with along with their target expressions for a user uploaded dataset. It is built using Shiny package of the R programming language leading to seamless online access and modularity. In the end, I aim to provide users a user-friendly web-application which consists of modules that allows: uploading of their own data; performing differential expression (DGEx) analysis; and visualization of the network of which“Odyssey”builds from either experimentally validated or predicted interactions for individual miRNAs queried by the user. Odyssey further enables the user to filter selected nodes of the networks using fold change cut-offs obtained in DGEx step or expand the network using Gene Ontology (GO) terms to act as a strong predictor of the phenotype of interest for the user-specified biological data. Furthermore, the application has been demonstrated using two different public miRNA-mRNA expression datasets.
Benzer Tezler
- Die Suche nach einer terminologischen Äquivalenz zum Begriff Der Metapher im Türkischen durch Vergleich von Rhetorik und belâgat
Metafor Kavramına Retorik- Belâgat Mukayesesi İçinde ve Belâgat Terminolojisinde Kavramsal Karşılık Arayışları
MEHMET AKİF DUMAN
Doktora
Almanca
2018
DilbilimJohannes Gutenberg-Universität MainzTürkoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HENDRİK BOESCHOTEN
- How cryptographic implementations affect mobile agent systems
Şifreleme gerçekleştirmelerinin gezgin aracı internet sistemlerini nasıl etkilediği
İSMAİL ULUKUŞ
Yüksek Lisans
İngilizce
2003
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolBoğaziçi ÜniversitesiSistem ve Kontrol Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EMİN ANARIM
- Türk sinemasında yol ve yolculuk temalı filmlerde anlatı kodlarının değişiminin değerlendirilmesi
The review of the transformation of the narrative codes in the road and journey themed movies in Turkish cinema
YUSUF AYAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Güzel SanatlarGaziantep ÜniversitesiSanat ve Tasarım Ana Sanat Dalı
DOÇ. DR. ÖZCAN DEMİR
- Teknoloji, beden ve mekan ilişkisi bağlamında 2001, a space Odssey
Context of relationship between tecnology, body and space 2001, a space Odssey
ÇAĞRI ÖZKAN ALSAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2005
MimarlıkEskişehir Osmangazi ÜniversitesiMimarlık Ana Bilim Dalı
DOÇ. SADUN ÖZEL