Geri Dön

Konjenital Bilateral Vas Deferens Aplazi (CBAVD)'li hastalarda kistik fibröz (CF) genindeki nokta mutasyonlarının araştırılması: CBAVD, CF ilişkisi

Researching of the cystic fibrosis (CP) gene mutations in patients with Congenital Bilateral Absnece of the Vas Deferens: CF, CBAVD relationazi (CBAVD)

  1. Tez No: 91536
  2. Yazar: SEMİRE UZUN
  3. Danışmanlar: PROF. DR. SİNA GÖKÇE
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyofizik, Biophysics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2000
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: İstanbul Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyofizik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 206

Özet

6.ÖZET Sperm kanallarının doğuştan çift taraflı yokluğu ( Konjenital bilateral vas deferens aplazisi; Congenital Bilateral Absence of the Vas Deferens; CBAVD ), erkek infertilitesinin, azospermiye neden olan doğumsal çift yanlı vas deferens aplazisi ile karakterize olan bir şeklidir. Erkek infertilitesinin %2'sini ve tıkanmaya bağlı sperm yokluğu ( Obstruktif Azoospermie; OA )'ndan kaynaklanan kısırlık olgularının %6'sını oluşturur. CBAVD'nin kistik fibröz membran içi geçirgen düzenleyici ( Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator ; CFTR ) olarak adlandırılan klorid kanal proteinini kodlayan gen mutasyonlarından kaynaklandığı görülmekte ve kistik fibrözün hafif genital formu olarak bilinmektedir. Kistik fibrözlü erkek hastaların %97'sinde CBAVD'ye bağlı kısırlık bulunduğu ve CF klinik bulguları göstermeyen CBAVD hastalarının %70'inde en az bir CFTR gen mutasyonuna sahip olduğu gösterilmiştir. Bu tür hastalarda en sık rastlanan CF mutasyonu AF508 delesyon mutasyonu olup, R117H yanlış anlamlı mutasyonu ikinci derecede sık rastlanan mutasyon olarak görülmektedir. Kistik Fibröz ( CF ), her 2500 yenidoğandan birinde rastlanma olasılığı ve 1/25 taşıyıcı frekansı ile, beyaz ırk populasyonunda en sık rastlanan ölümcül, otozomal resessif geçişli, tek genli kalıtsal hastalıktır. Kistik fibröz özellikle Pseudomonas aeruginosa' nm neden olduğu ilerleyici, akciğer infeksiyonları ve nefes darlığı ile karakterizedir. Hastalığın klinik gidişini belirleyen en önemli kriter, Kronik Obstruktif Akciğer Hastalığı (KOAH)'nın ağırlığıdır. Kistik fibrözün diğer en önemli klinik bulguları; pankreas enzim yetersizliği (PI), terde artmış klor, sodyum ve potasyum iyon yoğunluğu, erkeklerde sperm kanallarının doğuştan çift taraflı yokluğundan kaynaklanan obstruktif azoospermiye bağlı kısırlık, mekonium ileus ve emilim bozukluğu gibi mide-barsak sistemi belirtileridir. Hastalıkta temel bozukluk, ekzokrin bezler ve salgı hücrelerinde, hücre membranmın apikal yüzeyinden klorid taşımmının bozuk oluşundan kaynaklanan, klor iyonlarının terle atılımının artmış oluşudur. Moleküler düzeydeki bu bozukluk, yoğun, tıkayıcı özellikte mukus üretimine ve 161akciğerlerde yoğun olarak mukus birikimine neden olur. Diğer ekzokrin salgıların iletimi aym nedenden dolayı bezlerin ve kanalların tıkanmasına yol açacak şekilde sınırlanmıştır. Kistik Fibröz (CF; CFTR) geninde mutasyonların varlığı, epitelyal klorid kanal proteini (CFTR)'nin bozuk olarak üretilmesine neden olur. CFTR klorid kanal proteini, 1989'da Rommens ve arkadaşları tarafından klonlanan ve tanımlanan CFTR geni tarafından kodlanır. Bu genin 250 kilobaz uzunluğunda olduğu ve 27 eksondan oluştuğu gösterilmiştir. cDNA sı 4440 baz çiftlik bir toplam kodlayan bölgeye sahiptir. CFTR geni evrim boyunca korunmuş diziler içermesine rağmen, 700'den fazla mutasyon ve kodlayan bölgede 68, kodlamayan bölgede 55 olmak üzere polimorfizmler saptanmıştır. Majör mutasyon AF 508 kistik fibröz mutasyonlarının % 70'ini oluşturan bir amino asit delesyonudur. Son yıllarda, CF üzerinde yapılan çalışmaların çoğu, CF-CBAVD ilişkisi ve CFTR gen mutasyonlarının CBAVD oluşumundaki etkisi üzerinde yoğunlaşmıştır. Araştırma sonuçları, CFTR gen mutasyonları ve CBAVD arasında güçlü bir ilişki olduğunu göstermektedir. CFTR gen mutasyonlarının, CBAVD oluşumunda etkili olduğu ancak CBAVD oluşturmak için tek başına yeterli olmadığı önerilmiştir. CFTR gen mutasyonlarının etkisi eksik baskın olabilir ve CBAVD oluşumunda etkili birtakım etyolojik faktörlerin olması olasıdır. Bu çalışmada, klinik açıdan CBAVD tanısı kesin olarak konulmuş olan 22 bireye ait 44 kromozom üzerinde CFTR geninin tüm kodlayan bölgeleri ve ekson-intron bağlantı bölgeleri mutasyonların varlığını saptamak için incelendi. Hastalara ait genomik DNA, venöz kan örneklerinden fenol ekstraksiyon yöntemi ile elde edildi. Öncelikle tüm DNA örnekleri CFTR geni lO.eksonunda bulunan majör mutasyon AF508 varlığını araştırmak üzere, heterodupleks analizleri ile tarandı. İkinci aşamada, her DNA örneği non-AF508 mutasyonların ve diğer dizi değişikliklerinin saptanması için 27 ekson ve ilişkili ekson-intron bağlantıları ve aynı zamanda CFTR geni 5 'kodlamayan bölgesi Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR)'unda intron içinden başlayan oligonükleotid öncüller kullanılarak, nokta 162mutasyonlarının saptanmasında oldukça etkin yöntemler olan PCR-DGGE (Denatürleyici Gradyan Gel Elektro forezi) ile tarandı. PCR parçacıklarının DGGE jeli üzerindeki rezolusyonunu artırmak amacıyla, kullanılan oligonükleotid öncüllerden biri GC-kenetli olanlardan seçildi. Son aşamada, DGGE 'de normallere kıyasla farklı band profili gösteren her örnek, farklılık gösterdiği ekson veya eksonlardaki dizi değişiklerinin saptanması için, floresan boya işaretli öncül kullanılarak yapılan asimetrik PCR işleminden sonra, DNA dizi analizine tabi tutuldu. DNA dizi analizi işlemi MWG-Biotech firmasından temin edilen, etkin ve pratik sistem olan, LI-COR 4000 otomatik DNA dizileyicisi ile gerçekleştirildi. Literatür bilgisiyle uyumlu olarak, CBAVD hastalarında, incelenen 44 kromozomun 14'ünde en az bir CFTR gen mutasyonuna rastlandı. Bu 14 CF kromozomunda en sık rastlanan mutasyon 6/14 oranı ile AF508 majör mutasyonu ve ikinci mutasyon 4/14 oranı ile Rl 17H olarak bulundu. 22 CBAVD hastasından hiç biri AF508 mutasyonunu homozigot formda taşımazken, 6'sı sözkonusu mutasyonu heterozigot genotipte taşımakta idi. Bu hastalardan biri, AF508/R117H, biri AF508/M952I mutasyonlan açısından bileşik heterozigot, diğerleri sadece AF508 delesyon mutasyonu heterozigotu idi. İkinci yaygın mutasyon R117H, 22 hastanm 3 'üne ait 4 kromozomda saptandı. Bunlardan biri R117H/R117H homozigot, biri R117H/621+1 G->T biri de yukarıda belirtildiği gibi Rl 17H/AF508 mutasyonlan açısından bileşik heterozigot olarak bulundu. G542X anlamsız mutasyonu bir hastada heterozigot ve D1152H yanlış anlamlı mutasyonu diğer bir hastada heterozigot olarak bulundu. Böylece 22 CBAVD hastasmdan 10'u ve dolayısıyla 44 kromozomun 14'ü CFTR gen mutasyonunu taşımakta idi. Hastalardan biri hafif etkili alel R117H açısmdan homozigot, 3'ü bileşik heterozigot ve 6'sının diğer mutasyonlar açısından heterozigot olduğu saptandı. Bu hastaların genotipleri R117H/R117H, R117H/621+1G->T, JF508/R\17H, JF508/M9521, ( AFS08I- ) 4 hastada, G542X/--- ve D1152H/- olarak bulundu. Bu çalışmada incelenen CBAVD hastalarına ait kromozomlardan %31.8'inin en az bir ve %9'unun en az iki CFTR gen mutasyonu taşıdığı 163gösterildi. Bu sonuçların daha önce yapılmış çalışmalarla uyumlu olduğu görüldü. CBAVD hastalarının %100'ünün birden fazla dizi değişikliğine sahip olduğu saptandı. Bunlardan sadece %31.8'i hastalığa neden olan mutasyonlar, diğerlerinin ise hastalık oluşturmayan nötr mutasyonlar olan polimorfizmler olduğu görüldü. CF mutasyonu taşıyan kromozomlar (CF kromozomları) arasında, bulunan AFS08 mutasyonu sıklığı yaklaşık % 43 olarak hesaplandı. 164

Özet (Çeviri)

7.İNGİLİZCE ÖZET (SUMMARY) Congenital Bilateral Absence of the Vas Deferens (CBAVD) is a form of male infertility, characterized by bilateral congenital absence of the vas deferens, leading to azoospermia. It is account of 2% of male infertility and 6% of infertility cases caused from obstructive azoospermia. CBAVD is appeared to be a consequence of Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator (CFTR) Gene mutations and it is known to be a mild genital form of Cystic Fibrosis (CF). 97% of CF male patients show infertility depended on CBAVD and 70% of CBAVD patients without clinical symptoms of CF are suggested to have at least one CFTR gene mutation. While AF508 deletion mutation is the most common CF mutation in such patients, R117H missence mutation appears to be the second common mutation. Cystic Fibrosis (CF) is the most common, severe, otosomal recessive inherited, monogenic disease, with 1/2500 occurence risk and 1/25 carrier frequency in white population. Cystic Fibrosis is characterized by progressive sinopulmonary airflow limitation and lung infections especially caused by Pseudomonas aeruginosa. The prognosis of the disease is determined by severity of chronic obstructive pulmonary disease (COPD). Other most important clinical features of the disease are pancreatic exocrine insufficiency (PI), elevated concentrations of chlor, sodium and potassium iyons in the sweat, male infertility due to obstructive azoospermia dependent on congenital bilateral absence of the vas deferens and gastrointestinal manifestations such as meconium ileus and malabsorbtion. The basic defect of the disease is based on increased loss of CI" via sweat, due to defective chloride transport across apical surface of cell membrane in the exocrine glands and secretory cells. This molecular defect leads to dehydrated and plugging mucus production and excessive mucus accumulation in the lungs. The flow and transmission of other exocrine secretions is limited by the same reason, leading to obstruction and pluggig of ducts and glands. The presence of mutations in the Cystic Fibrosis (CF; CFTR) gene leads to defective production of epithelial chloride channel protein (CFTR). 165The Cl~ channel protein, CFTR is encoded by CFTR Gene, identified and cloned in 1989 by Rommens and coworkers. This gene is suggested that it is 250 kb long and composed of 27 exons. It's cDNA contains an 4440 bp open reading frame. Altough CFTR gene has sequences conserved during evalution more than 700 mutations were found and 55 polymorphisms in noncoding and 68 in coding region. The major mutation AF508, is an amino acid deletion that account of %70 of CF mutations. Recently, most of the studies on CF are focused on the CF-CBAVD relation, and the influence of CFTR gene mutations on the occurence of CBAVD. Research results are suggesting that it is a strong relation between CFTR Gene mutations and CBAVD. It is speculated that, CFTR gene mutations are involved in occurence but not sufficient to produce CBAVD. The effect CFTR gene mutations may be partially penetrated and it must be some aetiological factors which influence the pathogenesis of CBAVD. In this study, the entire coding regions and exon-intron boundaries of CFTR gene of 44 chromosomes belonging to 22 patients clinically diagnosed as having CBAVD were analysed to identify the presence of mutations in their CFTR gene. Genomic DNA of the patients were obtainad from venous blood samples, according to phenol extraction method. All DNA samples were first screened for the major mutation AF508, which is located in exon 1 0 of CFTR gene, using heteroduplex analysis. In the second step, every DNA sample was screened with Polimerase Chain Reaction-Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (PCR-DGGE ) which are highly efficient methods in detecting point mutations, using internal oligonucleotide primers for PCR to detect non-AF508 mutations and other sequence variations in 27 exons and related exon-intron boundaries, morever the distal part of 5 'untranslated region of CFTR gene. One of oligonucleotide primers used for PCR amplification of exons was chosed as GC-clamp to increase the resolution of PCR fragments on the DGGE gel. 166In the last step, each sample that displayed different band pattern on the DGGE gel was analysed in the exon or exons which showed difference, by direct DNA sequencing, after asymetric PCR amplification using flourescent dye labelled primers, to identify the DNA sequence variation. Direct DNA sequencing was performed using an efficient and practical, automated DNA sequencing system LI-COR 4000, provided by MWG-Biotech. It is found in concordance with published data that, 14 of 44 chromosomes of CBAVD patients have had at least one CFTR gene mutation. The most common mutation among these 14 CF chromosomes was AF508 with 6/14 frequency and the second common mutation was Rl 17H with 4/14 frequency. While, none of 22 CBAVD patients was homozygote for AF508, 6 of 22 CBAVD patients were carrying this mutation in heterozygote genotype. One of these patients was compound heterozygote for AF508/R117H, and one AF508/ M952I and the others were heterozygote only for AF508 deletion mutation. Second common mutation R117H was found in 4 chromosoms belonging to 3 of 22 patients one of them was R117H /R117H homozygote, one was compound heterozygote for AF508 / Rl 17H mutations as indicated above and one was R117H /621+1 G->T compound heterozygote. G542X nonsense mutation was found in one patient as heterozygote, and D 1 1 52H missense mutation was found in other patient in heterozygote form. Thus, 10 of 22 CBAVD patients, and 14 of their 44 chromosome was found having CFTR gene mutations. One of patients was homozygote for mild allele R117H, 3 were compound heterozygote and 6 were heterozygote for other disease producing mutations. The genotype of these patients are R117H/R117H, Rl 17H/621+1G->T, AF508/R117H, AF508/M952I, 4 patients with AF508/- and one patient with G542X/- as with Dİ 152H/-. In the present study it is suggested that, 31.8% of 44 chromosomes of CBAVD patients are diagnosed here, are carrying at least one and 9 % at least two CFTR gene mutations. These results seen in concordance to the reports were published before. It is suggested that, 100% of CBAVD patients are having more than one sequence variation. Only 31.8 % of these variations were disease producing 167mutations and the others were polymorphisms that known to be no disease producing mutations. The incidence of AF508 mutation, that found among chromosoms carrying CF mutation (CF chromosoms) was calculated about 43%. 168

Benzer Tezler

  1. Tez No

    617442

    İnfertilite tanısı alan erkek hastalarda cftr geni sekans varyantlarının frekansı ve genotip – fenotip korelasyonunun araştırılması

    Investigation of cftr gene sequence variants frequency and genotype – phenotype correlation in male patients with infertility

    MEHMET ERCAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    GenetikErciyes Üniversitesi

    Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ÇETİN SAATÇİ

  2. Tez No

    422899

    İşitme engelli olgularda moleküler etiyolojik sebeplerin araştırılması

    Investigation of molecular etiologies in hearing impaired patients

    DUYGU KANKAYA

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    GenetikÇanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi

    Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FATMA SILAN

  3. Tez No

    709184

    Konjenital maksiller lateral diş eksikliğinde minivida destekli 2 farklı total mesializasyon protokolünün sonlu elemanlar analizi ile incelenmesi

    Evaluation of two different total mesialization protocols with miniscrews support in agenesis congenital maxillary lateral by finite element analysis

    GÜLCAN ÇETİN TAŞKIRAN

    Diş Hekimliği Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    Diş HekimliğiAdıyaman Üniversitesi

    Ortodonti Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NİHAL HAMAMCI

    DR. ÖĞR. ÜYESİ MEHMET ALİ YAVAN

  4. Tez No

    862598

    Konjenital maksiller lateral kesici diş eksikliği olan hastalarda ortodontik tedavi öncesi ve sonrası iskeletsel, dişsel ve yumuşak doku profil değişikliklerinin karşılaştırılması

    Comparison of skeletal, dental and soft tissue profile changes before and after orthodontic treatment in patients with congenitally missing maxillary lateral incisors

    TUĞBA ŞENEL

    Diş Hekimliği Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Diş HekimliğiZonguldak Bülent Ecevit Üniversitesi

    Ortodonti Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ ORHAN ÇİÇEK

  5. Tez No

    545885

    Posterior üretral valvli hastaların klinik değerlendirilmesi

    Başlık çevirisi yok

    İBRAHİM HALİL TANGÜNER

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıErciyes Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MUAMMER HAKAN POYRAZOĞLU

Geri Dön