Regulation Mechanism of DNA Damage Repair by FOXO3a
FOXO3a tarafında DNA onarımını Düzenleme Mekanizması
- Tez No: 916689
- Danışmanlar: PROF. DR. LAE JAE YONG
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyokimya, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: DNA hasarı, Yaşlanma, Yaşlanma özellikleri, DNA damage, Aging, Aging properties
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Hallym Unıversıty
- Enstitü: Yurtdışı Enstitü
- Ana Bilim Dalı: Biyokimya ve Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyokimya Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
DNA onarım aktivitelerinin forkhead transkripsiyon faktörü olan FOXO3a'ya nasıl bağımlı olduğunu belirlemek amacıyla tet-on flag-h-FOXO3a indüklenebilir transgenik fare modeli kullanıldı. FOXO3a hedef genleri, bu tet-on flag-h-FOXO3a transgenik farelerinde, %1 sukroz içinde oral olarak verilen doksisiklin ile indüklendi. Daha sonra flag-h-FOXO3a, XRCC4, XPC, APE1 ve MSH2'nin mRNA ve protein seviyeleri, gerçek zamanlı qPCR ve western blot analizi ile değerlendirildi. Fare kuyruğundan hazırlanan nükleer ekstraktlarda in vitro NHEJ, NER, BER ve MMR aktiviteleri incelendi. Promoter aktivite analizi, FOXO3a bağlanma bölgesi ve luciferaz geni içeren insan XRCC4 promoter-pGL3 temel vektörü (pGL3-hXRCC4), insan XPC promoter-pGL3 temel vektörü (pGL3-hXPC), insan APE1 promoter-pGL3 temel vektörü (pGL3-hAPE1) ve insan MSH2 promoter-pGL3 temel vektörü (pGL3-hMSH2) kullanılarak gerçekleştirildi. Bu analiz için, transgenik farelerden elde edilen MEF (mouse embryonic fibroblast) hücreleri kullanıldı. ChIP (kromatin immünopresipitasyon) analizi, FOXO3a'nın transfekte edilmiş insan XRCC4, XPC, APE1 ve MSH2 promoterlerinin FOXO bağlanma bölgeleri ile etkileşimini göstermek için MEF hücrelerinde gerçekleştirildi. Doksisiklin dozuna bağlı olarak, beyinden, kalpten, timüsten, pankreastan, böbrekten, adrenal bezden, ince bağırsaktan, kalın bağırsaktan, çekumdan, kastan, mesaneden, ana arterden, kandan, akciğerden, diyaframdan, dalaktan, karaciğerden ve yumurtalıktan elde edilen dokularda flag-h-FOXO3a protein seviyelerinin arttığı gözlendi. Bu sonuçlar, tet-on h-FOXO3a transgenik farelerinden elde edilen dokularda flag-h-FOXO3a protein seviyelerinin FOXO3a'ya bağımlı olarak düzenlendiğini göstermektedir. Ayrıca, ışınlanmış MEF hücrelerinde ve farelerden elde edilen kuyruk uçlarında, flag-h-FOXO3a, XRCC4, XPC, APE1 ve MSH2 protein seviyelerinin doksisikline bağlı olarak arttığı belirlendi. Genel olarak, elde edilen sonuçlar, XRCC4, XPC, MSH2 ve APE1'in FOXO3a'nın transkripsiyonel hedef genleri olduğunu ve FOXO3a tarafından XRCC4, XPC ve APE1'in transkripsiyonel aktivasyonu yoluyla NHEJ, NER, MMR ve BER aktivitelerinin arttığını göstermektedir
Özet (Çeviri)
In order to establish how DNA repair activities are dependent on FOXO3a, a forkhead transcription factor, a tet-on flag-h-FOXO3a inducible transgenic mouse was used. FOXO3a target genes were then induced in these tet-on flag-h-FOXO3a transgenic mice by oral administration of doxycycline in 1% sucrose. The mRNA and protein levels of flag-h-FOXO3a, XRCC4, XPC, APE1, MSH2 were then analyzed by real time qPCR and western blot analysis. In vitro NHEJ, NER, BER, and MMR activities in nuclear extracts prepared from mouse tail. The promoter assay was performed on using a reporter construct human XRCC4 promoter-pGL3 basic vector (pGL3-hXRCC4), human XPC promoter-pGL3 basic vector (pGL3-hXPC), human APE1 promoter-pGL3 basic vector(pGL3-hAPE1), and human MSH2 promoter-pGL3 basic vector (pGL3-hMSH2) carrying FOXO3a promoter and luciferase gene used by MEF (mouse embryonic fibroblast) cells were obtained from embryos of the transgenic mice. ChIP (chromatin immunoprecipitation) assay was performed on MEFs to show that interaction of FOXO3a to FOXO consensus sites of transfected human XRCC4, XPC, APE1 and MSH2 promoters. The protein levels of flag-h-FOXO3a increased in a doxycycline-dose-dependent manner in tissue prepared from brain, heart, thymus, pancreas, kidney, adrenal gland, small intestine, large intestine, cecum, muscle, urinary bladder, common artery, blood, lung, diaphragm, spleen, liver, and ovary. The results shows that the protein levels of flag-h-FOXO3a was regulated FOXO3a-dependently in tissue obtained from tet-on h-FOXO3a transgenic mice. The protein levels of flag-h-FOXO3a, XRCC4, XPC, APE1, MSH2 were increased in doxycycline dependent manner in irradiated MEF cells and tail tips obtained from mice. Overall, the results indicate that XRCC4, XPC, MSH2 and APE1 are transcriptional target genes of FOXO3a and NHEJ, NER, MMR, and BER activities are increased via transcriptional activation of XRCC4, XPC and APE1 by FOXO3a.
Benzer Tezler
- Genome-wide UV-induced DNA Damage and Nucleotide Excision Repair in the context of R-loops
UV ışınları tarafından oluşturulan DNA hasarı ve bu hasarın nükleotid eksizyon mekanizması ile tamirinin R-loop'lar üzerinde incelenmesi
SEZGİ KAYA
Doktora
İngilizce
2023
Sabancı ÜniversitesiMoleküler Biyoloji, Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Yükleniyor...
- Exploring the mechanisms of chromatin mobility in response to DNA damage
DNA hasarına bağlı olarak meydana gelen kromatin hareketlilik mekanizmalarının araştırılması
NúRİA ALEGRET BADIA
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Ege ÜniversitesiTohumluk Bilimi ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
Yükleniyor...
- Gene targeting studies of the malaria parasite dna photolyase gene using CRISPR-Cas9 genome editing technology
CRISPR-Cas9 genom düzenleme teknolojisi kullanılarak malarya paraziti dna fotoliyaz geni için gen hedefleme çalışmaları
İLKNUR YILMAZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
Bezm-İ Alem Vakıf ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
Yükleniyor...
- Flavoenzimlerdeki flavin oksidasyonu mekanizmasının hesapsal modellenmesi
Computational modelling of the flavin oxidation mechanism in flavoenzymes
İLKE DEMİR
- Akut ve subakut dönem travmatik beyin hasarı sonrası pde1b'in etkilediği protein profilinin proteomik açıdan incelenmesi
Proteomic investigation of protein profile affected by pde1b after acute and subacute traumatic brain injury
HAYRİYE ECEM YELKENCİ
