Tigecycline resistance among Escherichia coli isolated from poultry and red meats
Kümes hayvanları ve kırmızı etlerden izole edilen Escherichia coli'lerde tigesiklin direnci
- Tez No: 919631
- Danışmanlar: PROF. DR. YEŞİM SOYER KÜÇÜKŞENEL, PROF. DR. CEMİL KÜREKCİ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Gıda Mühendisliği, Food Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 94
Özet
Antimikrobiyal direnç, küresel olarak endişe yaratan en önemli konulardan biridir ve halk sağlığı için büyük bir tehdit oluşturmaktadır. Direnç kazanımı zamanla genetik değişiklikler yoluyla doğal olarak gerçekleşse de antimikrobiyallerin klinik ortamlarda, çiftlik ve akuakültür ortamlarında yanlış kullanımı ve aşırı kullanımı, antimikrobiyal direnç kazanımını hızlandırır. Tigesiklin, tetrasiklin antibiyotiklerinin türevi olan, arttırılmış aktiviteye sahip olacak şekilde yapısı modifiye edilmiş ve çoklu ilaca dirençli Gram pozitif ve Gram negatif bakterilerin neden olduğu komplike enfeksiyonların tedavisinde kullanılan glisilsiklin sınıfı antimikrobiyal ajanların ilk onaylı üyesidir. Yeni plazmid kaynaklı tet(X) genleri, gıda güvenliği ve insan sağlığı için ciddi bir risk oluşturmaktadır. Bu çalışmada 14 Escherichia coli izolatında plazmid aracılı tigesiklin direnç geni tet(X4) tespit edildi. Bu izolatlardan 13'ü kanatlı etlerinden, 1'i ise kırmızı et örneklerinden toplandı. tet(X4) pozitif E. coli izolatları antimikrobiyal direnç (Minimum İnhibitör Konstantrasyon – MİK) testi, Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE) yöntemi kullanılarak karşılaştırıldı, Illumina HiSeq 2500 platformu ile tüm genom dizilimi kullanılarak kararterize edildi. %80 benzerlik marjına sahip PFGE alt tipleme yöntemi izolatları 4 farklı pulsotipe ayırdı. Benzer şekilde, tiplendirme sonrasında ST206 en yaygın olmak üzere (n=11), ST744(n=1), ST609(n=1) ve ST189(n=1) olarak 4 farklı MSLT tipi tanımlandı. E. coli 'nın benzer genotiple antimikrobiyal direnç profillerine sahip olduğu, birkaçının E. coli ST744, ST609 ve ST189 izolatlarıyla ortak olduğu bulundu. Tüm izolatlar fenotipik olarak benzer antimikrobiyal direnç profilleri gösterdi. Bu sonuçlar tüm genom dizileme verileriyle doğrulandı. Ek olarak, izolatların 12'sinde IncFIA, IncFIB, IncFIC(FII) ve IncX1 replikonları bulunan antimikrobiyal dirençli gen taşıyan plazmidler bulunurken, diğer iki izolatın IncFIA(HI1) ve IncFIB(K) içerdiği bulundu. Çalışmamız, Türkiye'de kümes hayvanları ve kırmızı ette bulunan tigesiklin dirençli bakterilerin dağılımı, çeşitliliği, direnç mekanizmaları ve epidemiyolojisi hakkında anlayışı genişleten içgörü bilgileri sağladı. Komensal bakterilerdeki artan tigesiklin direnci, patojenik bakterilere tigesiklin direnci bulaşma sıklığını da artırabilir. Bu nedenle, çiftlik düzeyinde önleme yöntemleri ve antimikrobiyal kullanım düzenlemeleri kesinlikle takip edilmeli ve gözetim sistemleri Tek Sağlık çatısı altında bakterilerdeki antimikrobiyal direnci taramalıdır.
Özet (Çeviri)
Antimicrobial resistance is one of the major concerns globally and poses a great threat to public health. Although resistance gain occurs naturally through genetic changes over time, misuse and overuse of antimicrobials in clinical, livestock and aquaculture settings accelerate antimicrobial resistance gain (WHO, 2019). Tigecycline is the first approved glycylcycline class of antimicrobial agents which are derivatives of the tetracycline antibiotics, modified structurally to have enhanced activity and used as last resort antibiotic in the treatment of complicated infections caused by multidrug resistant Gram-positive and Gram-negative bacteria. Novel plasmid-borne tet(X) genes responsible for resistance to tigecycline, pose a serious risk to food safety and human health. In this study, the plasmid mediated tigecycline resistance gene tet(X4) was detected in 14 Escherichia coli isolates and identified. 13 of them were collected from poultry meat and 1 from red meat samples. The tet(X4) positive E. coli were characterized by using antimicrobial resistance test (MIC), Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE) method and whole genome sequencing with Illumina HiSeq 2500 platform. PFGE subtyping method with 80% similarity margin differentiated isolates into 4 different pulsotypes. Similarly, 4 different MSLT types were identified after typing, ST206 being the most prevalent one (n=11), ST744(n=1), ST609(n=1) and ST189(n=1). E. coli ST206 found to have similar genotypic antimicrobial resistance profiles, few being common with the E. coli ST744, ST609 and ST189 isolates. All of the isolates have shown similar antimicrobial resistance profiles phenotypically. These results were confirmed with whole genome sequencing data. In addition, 12 of the isolates harbored antimicrobial resistant gene carrying plasmids with IncFIA, IncFIB, IncFIC(FII) and IncX1 replicons and diversely other two isolates were found to harbor IncFIA(HI1) and IncFIB(K). Our study provided insight information that expands the understanding on distribution of tigecycline resistant bacteria, as well as on their diversity, resistance mechanisms and epidemiology, found on poultry and red meat in Türkiye. The increased tigecycline resistance in commensal bacteria may also increase the frequency of tigecycline resistance transmission to pathogenic bacteria. Therefore, the prevention methods and no antimicrobial usage regulations on the farm level should be strictly followed and the surveillance systems should screen antimicrobial resistance in bacteria under One Health umbrella.
Benzer Tezler
- İdrar örneklerinden izole edilen escherichia coli suşlarında p fimbria varlığı le gsbl oluşturma arasındaki ilişkinin araştırılması
Investigation of the relation between p fimbria existence and gsbl formation in e.coli strains isolated from urine samples
ÇETİN TURAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2011
Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıAdnan Menderes ÜniversitesiEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Bakteriyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. BÜLENT ERTUĞRUL
- Klinik örneklerden izole edilen GSBL üreten Escherichia coli izolatlarında yüksek riskli ST131 llonu, CTX-M-1 ve CTX-M-15genlerinin gerçek zamanlı PCR ile araştırılması
Investigation of high-risk ST131 clone, CTX-M-1 and CTX-M-15 genes in ESBL-producing Escherichia coli isolates from clinical samples by real time PCR
MURAT AVCI
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
BiyoteknolojiÇukurova ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ PINAR ETİZ
- Karbapenem dirençli enterobacteriaceae'nın etken olduğu kan dolaşımı enfeksiyonlarının risk faktörlerinin ve mortaliteye etkisinin irdelenmesi
Investigation of risk factors and mortality associated with bloodstream infections caused by carbapenem resistant enterobacteriaceae
DİLEK BULUT
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2017
Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıSağlık Bilimleri ÜniversitesiEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
UZMAN GÖNÜL ÇİÇEK ŞENTÜRK
- Düzce Üniversitesi Tıp Fakültesi hastanesi yoğun bakım ünitelerinde hastane enfeksiyon etkenleri ve antibiyotik duyarlılıkları
Hospital acquired pathogens and antibiotic susceptibility in Düzce University Medical school intensive care unit
ÖZLEM ÇETİNKAYA AYDIN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2015
Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıDüzce ÜniversitesiEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET FARUK GEYİK
- Yoğun bakım ünitesinde yatan hastalardagelişen antibiyotik dirençli enterobacteraleskan dolaşımı enfeksiyonları ve risk faktörleri
In patients hospitalized in the intensive care unitemerging antibiotic resistant enterobacteralesbloodstream infections and risk factors
FAHRİYE MELİS GÜRSOY
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiSağlık Bilimleri ÜniversitesiEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ESRAGÜL AKINCI