Pediyatrik başlangıçlı inflamatuar bağırsak hastalığı olgularında mikrodizin ve tüm ekzom dizileme analiz verilerinin değerlendirilmesi
Evaluation of microarray and whole exome sequencing analysis data in pediatric-onset inflammatory bowel disease cases
- Tez No: 923551
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ SİNEM KOCAGİL
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Eskişehir Osmangazi Üniversitesi
- Enstitü: Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 145
Özet
İnflamatuar bağırsak hastalığı (İBH), gastrointestinal sistemin ataklar ile seyreden kronik inflamasyonu ile karakterize multifaktöriyel bir hastalıktır. İBH patogenezinde rol oynayan genetik faktörler çoğunlukla poligenik kalıtılmakla birlikte, özellikle çok erken başlangıçlı (0-6 yaş) veya atipik/agresif klinik bulgulara sahip İBH hastalarında monogenik hastalıklar tanımlanmıştır. Çalışmamızın amacı, pediyatrik başlangıçlı İBH patogenezinde rol alan monogenik nedenleri araştırmaktır. Çalışmaya, 2016-2023 yılları arasında Eskişehir Osmangazi Üniversitesi Çocuk Gastroenteroloji ve Hepatoloji Bölümü'nde İBH tanısı ile takip edilen 130 hastadan, erken başlangıçlı (0-10 yaş) İBH tanılı 16 ve atipik klinik bulguları, tedavi direnci veya ailede İBH öyküsü bulunan >10 yaş başlangıçlı İBH tanılı 6 hasta olmak üzere, toplam 22 hasta [13 kadın (%59,1), 9 erkek (%40,9)] dahil edildi. İBH başlangıç yaşı ortancası 7,5 yıldı (IQR 5-11,5). Olguların %45,5'inde (10/22) ülseratif kolit, %31,8'inde (7/22) sınıflandırılamayan İBH, %22,7'sinde (5/22) Crohn hastalığı vardı. Çalışmaya dahil edilen olguların tüm ekzom dizileme (TED) ve mikrodizin verileri analiz edildi. Çalışmamızdaki olguların %27,3'ünde (6/22) TED analizi ile İBH ilişkili monogenik hastalık saptandı. Üç olgu ailesel akdeniz ateşi, bir olgu CARMIL2 eksikliği, bir olgu XIAP eksikliği, bir olgu prolidaz eksikliği ve TACI eksikliği tanısı aldı. Sekiz olguda (%36,4) İBH ilişkili/aday genlerde İBH patogenezine katkı sağlamış olabileceği düşünülen klinik önemi belirsiz varyantlar saptandı. Mikrodizin analizi ile klinik ile ilişkili olabilecek anlamlı kopya sayısı değişimi saptanmadı. Erken genetik tanı, prognoz hakkında değerli bilgiler ve kişiselleştirilmiş tedavi stratejilerinin geliştirilmesini sağlayarak pediatrik İBH hastalarının yönetimini iyileştirebilir. Çalışmamız, özellikle çok erken başlangıçlı veya agresif seyirli İBH hastalarında monogenik etiyolojiyi tanımlamada TED analizinin önemini göstermiştir.
Özet (Çeviri)
Inflammatory bowel disease (IBD) is a multifactorial disease characterized by chronic, relapsing inflammation of the gastrointestinal tract. While genetic factors in IBD pathogenesis are mostly polygenic, monogenic diseases have been identified, particularly in patients with very early-onset IBD (0–6 years) or atypical/aggressive clinical presentations. This study aimed to investigate monogenic causes underlying pediatric-onset IBD. A total of 22 patients [13 female (59.1%) and 9 male (40.9%)] were included in the study among 130 IBD patients followed up in Eskişehir Osmangazi University Pediatric Gastroenterology and Hepatology Department between 2016-2023. Of these patients, 16 had early-onset IBD (0–10 years), and 6 had later (>10 years) onset with atypical clinical features, refractory disease or a family history of IBD. The median age of IBD onset was 7.5 years (IQR 5-11.5). Among the cases, 45,5% (10/22) were diagnosed with ulcerative colitis, 31,8% (7/22) with unclassified IBD, and 22,7% (5/22) with Crohn's disease. Whole exome sequencing (WES) and microarray data of all cases were analyzed. IBD related monogenic diseases were identified in 27,3% (6/22) of cases through WES analysis. Three cases were diagnosed with familial Mediterranean fever, one with CARMIL2 deficiency, one with XIAP deficiency, and one with prolidase deficiency and TACI deficiency. Variants of uncertain clinical significance in IBD-related or candidate genes, potentially contributing to IBD pathogenesis, were identified in eight cases (36,4%). No clinically relevant copy number variations were detected through microarray analysis. Early genetic diagnosis provides valuable prognostic insights and facilitates personalized therapeutic strategies, potentially improving the management of pediatric IBD patients. This study underscores the importance of WES analysis in identifying monogenic etiologies, particularly in patients with very early-onset or aggressive forms of IBD.
Benzer Tezler
- İnflamatuar bağırsak hastalığı tanısı 2 yaş altında ve 2 yaş üstünde konulan hasta gruplarının karşılaştırılması
Comparison of patients with inflammatory bowel disease being diagnosed before 2 and after 2 years of age
ALFİYA SUFİEVA
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2015
Çocuk Sağlığı ve Hastalıklarıİstanbul ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖZLEM DURMAZ
- İnflamatuvar bağırsak hastalarının viral aşılanma durumlarının değerlendirilmesi
Evaluation of viral vaccination status of patients with inflammatory bowel disease
NECMİ CAN YÜKSEL
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2021
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıSağlık Bilimleri ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MAŞALLAH BARAN
DR. BETÜL AKSOY
- The role of oxidative stress factors in the pathophysiology of Ocular Rosacea, analysis of tears and other materials
Oküler Rosacea patofizyolojisinde oksidatif stres faktörlerinin rolü, gözyaşı ve diğer materyallerin analizi
NİLÜFER YEŞİLIRMAK
Doktora
İngilizce
2023
BiyokimyaGazi ÜniversitesiTıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NESLİHAN BUKAN
PROF. DR. JEAN-LOUIS BOURGES
- Erken başlangıçlı bağırsak hastalıklarında protein kaybettirici enteropati ve inflamatuar bağırsak hastalıklarının ayırt edici ve ortak özellikleri
Distinctive and common features of protein-losing enteropathy and inflammatory bowel diseases in early-onset intestinal disorders
SELMAN BİRKAN ÖZER
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
Allerji ve İmmünolojiMarmara ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. DENİZ ERTEM ŞAHİNOĞLU
- Çocukluk çağı bağırsak enfeksiyonlarında fekal kalprotektin ve fekal laktoferrinin yeri
Evaluation of fecal calprotectin and fecal lactoferrin in childhood bowel infections
MELEK ÖZDENER
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2012
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıUludağ ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TANJU BAŞARIR ÖZKAN