Crocus chrysanthus (Herb.) Herb. bitkisinin rizosfer mikrobiyotasının metagenomik olarak incelenmesi
Metagenomic investigation of rhizosphere microbiota of Crocus chrysanthus (Herb.) Herb.
- Tez No: 926187
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ IŞIL TULUM
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Botanik, Mikrobiyoloji, Biology, Botany, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Botanik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 53
Özet
Crocus chrysanthus Türkiye'de dağılım gösteren bir türdür. Bu tür içerisinde, Crocus cinsinin diğer üyelerinde olduğu gibi, genomik çeşitlilik ve coğrafi farklılıklar gibi faktörler ile doğrudan açıklanamayan bir morfolojik çeşitlilik söz konusudur. Bu morfolojik çeşitlilik sistematik çalışmalarını ve safran gibi önemli kimyasalların hammaddesi olan türleri içeren Crocus cinsinin potansiyelini ortaya çıkarmayı zorlaştırmaktadır. Bitkiler doğada mikrobiyota olarak adlandırılan birçok mikroorganizma ile birlikte bulunmaktadır. Rizosfer, bitki ile mikrobiyota ve toprağın birbirini etkileyerek şekillendirdiği bölgedir. Bu çalışmanın amacı C. chrysanthus türlerinin coğrafi farklılıklar karşısında korunan ve bölgeye özel kalan rizosfer mikrobiyotasını tespit etmektir. Bu kapsamda, Türkiye'nin çeşitli bölgelerinden toplanan bitki kök ve toprak örnekleri ile çalışılmıştır. Rizosfer mikrobiyotası epifitik, endofitik ve toprak kısımları olarak üç bölüme ayrılarak 186 örnekten DNA izolasyonu gerçekleştirilmiş ve 16S rRNA gen bölgesini hedefleyen prokaryot spesifik evrensel primerler ile PCR protokolü geliştirilmiştir. Seçilen 4 örnekten Illumina tüm genom shotgun sekanslama ile elde edilen veriler işlenerek taksonomik sınıflandırma görselleştirilmiştir. Bu analiz sonucunda Balıkesir, Karaman, Adana ve Kahramanmaraş'tan toplanan örneklere ait rizosfer mikrobiyotasının yaklaşık % 76'sını oluşturan ana şubelerin toprak ve rizosfer ortamında en çok rastlanan ve bitki gelişiminde etkileri bilinen Actinobacteria (%38), Proteobacteria (%28,5) ve Acidobacteria (%9,25) olduğu bulunmuştur. Adana örneğinin Verrucomicrobia şubesinin oranı (%6) ile diğer örneklerden (%3) ayrıştığı görülmüştür. En baskın ve ortak cinsler Bradyrhizobium ve Streptomyces olarak tespit edilmiştir. Ayrıca, bitki koruma ve biyoteknoloji uygulamaları için araştırılabilecek Rubrobacter tropicus (%0,2-0,5), Solirubrobacter soli (%0,2-0,5), Rubrobacter xylanophilus (%0,1-0,2), Thermoleophilum album (%0,1-0,2) ve Luteitalea pratensis (%0,1) türleri değişken oranlarda tespit edilmiştir. C. chrysanthus mikrobiyotası hakkında literatürde çalışma bulunmadığından bu çalışma öncü niteliği taşımaktadır.
Özet (Çeviri)
Crocus chrysanthus is a species distributed in Türkiye. Within this species, as in the other members of the Crocus genus, there is a morphological diversity that could not be directly explained by the parameters such as genomic diversity and geographical differences. This morphological differences make it hard to perform systematic studies and reveal the full potential of Crocus genus which includes species such as the main source of saffron and other important chemicals. Plants exist in nature together with many microorganisms called microbiota. Rhizosphere is the region where the plant, microbiota and soil influence and shape each other. The aim of this study is to detect the rhizosphere prokaryotic microbiota of C. chrysanthus, which may be either protected despite the geographical differences or stand site specific. In this purpose, plant root and soil samples collected from different regions in Türkiye were investigated. Rhizosphere microbiota was divided into three parts as epiphytic, endophytic and the soil part, and DNA isolation was performed from 186 samples and a PCR protocol was developed with universal primers specific to 16S rRNA gene region of prokaryotes. Then, 4 selected samples were sequenced with Illumina shotgun sequencing and the sequence data was processed to visualize the taxonomic classification. As the result of this analysis, the main phyla of the rhizosphere microbiota of samples collected from Balıkesir, Karaman, Adana and Kahramanmaraş were found to be Actinobacteria (%38), Proteobacteria (%28,5) and Acidobacteria (%9,25), which are known to be important for plant growth and common in rizosphere and soil ecosystem. It is found that Adana sample differs by its Verrucomicrobia phlum content (%6) from the rest (%3). The most abundant and common genera were Bradyrhizobium and Streptomyces. Also, species potential candidates for plant protection and biotechnology research such as Rubrobacter tropicus (%0,2-0,5), Solirubrobacter soli (%0,2-0,5), Rubrobacter xylanophilus (%0,1-0,2), Thermoleophilum album (%0,1-0,2) and Luteitalea pratensis (%0,1) were detected. Since threre is not any study in the literature about the microbiota of C. chrysanthus, this study was intended to be a pioneer in this matter.
Benzer Tezler
- Crocus chrysanthus Herb. tür kompleksi üzerinde sitogenetik bir çalışma
A cytogenetic study on the Crocus chrysanthus Herb. species complex
BİLGE SAADET KALELİ
- Crocus L. cinsinin Ancyrensis, Sieheanus, Chrysanthus ve Flavus tür ve alt türleri üzerinde morfolojik, anatomik, sitolojik ve palinolojik araştırmalar
Morphological, anatomical, cytological and palinological investigations on Ancyrensis, Sieheanus, Chrysanthus and Flavus species and subspecies of the genus Crocus L.
FEYZA CANDAN
Doktora
Türkçe
2007
BiyolojiCelal Bayar ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TEOMAN KESERCİOĞLU
- Batı Anadolu'da yayılış gösteren bazı Crocus L. taksonlarının çoğaltımı ve süs bitkisi olarak değerlendirilmesi üzerine araştırmalar
Researches on propagation methods and floricultural assesments of some Crocus L. species spreading at Western Anatolia
GÜLDEN HASPOLAT
- Balıkesir ilindeki Crocus sp. türlerinin taksonomisi, morfolojisi ve anotomisi
Taxanomy, morphology and anatomy Crocus sp. species grown in Balıkesir
SELAMİ SELVİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2005
BiyolojiBalıkesir ÜniversitesiOrtaöğretim Fen ve Matematik Alanları Eğitimi Ana Bilim Dalı
Y.DOÇ.DR. FATİH SATIL
- Murat dağında yayılış gösteren Amaryllidaceae ve Iridaceae familyalarına ait bazı geofitler üzerine morfolojik, anatomik ve ekolojik incelemeler
Anatomical, morphological and ecological characteristics of some geophtes belong to Ameryllidaceae and Iridaceae family at the mount Murat
NERGİZ ZİLCİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2007
BiyolojiDumlupınar ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. M. SABRİ ÖZYURT