Differential identification of genes related to implantation process via use of CRISPR/Cas9
İmplantasyon süreciyle ilgili genlerin CRISPR/Cas9 kullanımıyla diferansiyel tanımlaması
- Tez No: 927108
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ SERÇİN KARAHÜSEYİNOĞLU
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Histoloji ve Embriyoloji, Moleküler Tıp, Histology and Embryology, Molecular Medicine
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Üreme Biyolojisi Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Üreme Tıbbı Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 150
Özet
İmplantasyon başarısızlığı, embriyonun endometriyuma invazyonu sırasında trofoektoderm hücreleri tarafından salgılanan koryonik gonadotropinin üretilmemesi veya üretildiği takdirde gebelik kesesini oluşturamaması durumunda ortaya çıkar. Yardımcı üreme teknikleri uygulanmayan spontan gebeliklerde bile ilk denemede implantasyonun başarısızlıkla sonuçlanma olasılığı % 25-40 arasında değişmektedir. Bu proje, etkili CRISPR/Cas9 genom düzenleme yöntemini kullanarak implantasyonu etkileyen genlerin aktivitesini, etkileşimlerini, zamansal ve hücre tipine bağlı değişkenliğini, in vitro koşullardaki değişiklikleri ve bunların implantasyon üzerindeki etkilerini açıklamayı amaçlamaktadır. Bu amaca ulaşmak için farklı deney gruplarında in vitro üç boyutlu kültür ortamında inkübe edilen blastokistlerden 24. ve 72. saatlerde örnekler toplandı. Bu numuneler üzerinde RNA dizi analizi yapıldı ve aktif genler ortaya çıkarıldı. Tanımlanan her aktif gen için, CRISPR/Cas9 yöntemi kullanılarak endometriyum epitel hücreleri ve endometriyum stroma hücreleri üzerinde ayrı ayrı susturma gerçekleştirildi. Her grup için in vitro implantasyon parametreleri incelendi. Araştırmada endometriyum epitel hücrelerinde Hmga2'ye, stroma hücrelerde Uxs1 genlerine ve hem epitel hem de stroma hücreleinrde Gm15452 genlerine (bir psödogen) odaklanıldı. Bu genler için genomun CRISPR/Cas9 yöntemi kullanılarak düzenlenmesi, adezyon, invazyon ve gelişimsel ve fonksiyonel olmak üzere implantasyon parametreleri olarak tanımlanan ilgili genlerde önemli değişikliklere neden oldu. Epitel hücrelerinde Hmga2 nakavtının, farklı zaman gruplarında e-kaderin, fibronektin, LIF, Mmp9 ve Wnt4 genlerinin farklı zaman gruplarında anlamlı olarak değiştiği; epitel hücrelerinde Gm15452 nakavtının, e-kaderin ve LIF ifadelerinde önemli değişikliklere yol açtığı; stroma hücrelerinde Uxs1 nakavtının, e-kaderin, LIF ve Mmp9 ekspresyonlarını etkilerken, stroma hücrelerinde Gm15452 nakavtının, e-kaderin, LIF ve Mmp9 ekspresyonlarını önemli ölçüde etkilediği belirlenmiştir.
Özet (Çeviri)
Implantation failure occurs when chorionic gonadotropin secreted by trophoectoderm cells is not produced during the invasion of the embryo into the endometrium, or if it is produced, it cannot form the gestational sac. Even in spontaneous pregnancies where assisted reproductive techniques are not applied, the probability of implantation failure on the first attempt varies between 25-40%. This project aims to elucidate the activity, interactions, temporal and cell type-dependent variability of genes affecting implantation, changes in in vitro conditions, and their effects on implantation using the efficient CRISPR/Cas9 genome editing method. To achieve this goal, samples were collected at 24 and 72 hours from blastocysts incubated in in vitro three-dimensional culture environment in different experimental groups. RNA sequence analysis was performed on these samples and active genes were revealed. For each identified active gene, silencing was performed separately on endometrial epithelial cells and endometrial stroma cells using the CRISPR/Cas9 method. In vitro implantation parameters were examined for each group. The study focused on Hmga2 in endometrial epithelial cells, Uxs1 genes in stromal cells, and Gm15452 genes (a pseudogene) in both epithelial and stromal cells. Knockout of these genes using the CRISPR/Cas9 method caused significant changes in the relevant genes identified as adhesion, invasion, and developmental and functional implantation parameters. Knockout of Hmga2 in epithelial cells revealed significant changes in E-Cadherin, Fibronectin, LIF, Mmp9, and Wnt4 genes at different time groups. Knocking out of Gm15452 in epithelial cells led to significant changes in E-Cadherin and LIF expressions. Uxs1 knockout in stroma cells affected the expressions of E-Cadherin, LIF, and Mmp9, while Gm15452 knockout in stroma cells significantly affected the expressions of E-Cadherin, LIF, and Mmp9.
Benzer Tezler
- Düşük vakalarında plasenta ve anne serumunda mikroRNA profilin karşılaştırılması
Comparison of placental and maternal serum microRNA profile in miscarriage
MOHAMMADKAZEM HOSSEINI
Doktora
Türkçe
2016
Genetikİstanbul ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TUBA GÜNEL
- Multiomics approaches to overcome drug resistance in cancer
Kanserde ilaç direncinin üstesinden gelmek için multi-omik yaklaşımlar
BARIŞ KÜÇÜKKARADUMAN
Doktora
İngilizce
2021
Genetikİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ALİ OSMAY GÜRE
- Identification of genes induced by BRCA1 in breast cancer cells
Meme kanseri hücrelerinde BRCA1 tarafından indüklenen genlerin tanımlanması
ARZU ATALAY
Doktora
İngilizce
2002
Tıbbi Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. IŞIK YULUĞ
- Abiyotik stresle ilişkili genlerin mRNA farklılık gösterim tekniği kullanılarak belirlenmesi ve karakterize edilmesi
Identification and characterization of abiotic stress-related genes by using mRNA differential display technique
DİĞDEM AKTOPRAKLIGİL
- Identification of a novel experimental model to reveal mechanisms leading to epigenetic changes and subsequent activation of cancer testis genes in cancer
Kanserde epigenetik değişimlere ve sonrasında kanser testis genlerinin aktivasyonuna sebep olan mekanizmaların ortaya çıkarılması için yeni deneysel modellerin tanımlanması
BARIŞ KÜÇÜKKARADUMAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2016
Genetikİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ALİ OSMAY GÜRE