Kolibasillozisli broylerlerden aşılama öncesi ve sonrasında elde edilen kanatlı patojenik Escherichia coli izolatlarının filogenetik karakterizasyonunun incelenmesi
Investigation of phylogenetic characterization of poultry pathogeneic Eschericia coli isolates obtained from colibacillosis broiler before and after vaccination
- Tez No: 929558
- Danışmanlar: PROF. DR. SÜHEYLA TÜRKYILMAZ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Veteriner Hekimliği, Veterinary Medicine
- Anahtar Kelimeler: İlaç Direnci, Kanatlı Hayvan, Aşı, Escherichia coli, Filogeni, Drug resistance, Poultry, Vaccines, Escherichia coli, Phylogeny
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Aydın Adnan Menderes Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Veteriner Mikrobiyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 75
Özet
Amaç: Ticari zayıflatılmış canlı Escherichia coli aşısı ile aşılanan broiler sürülerinden elde edilen kanatlı patojenik E. coli (APEC) izolatlarının filogenetik gruplarındaki değişiklikleri, aşının filogenetik çeşitlilik üzerindeki etkilerini ve broylerlerin yaşamlarının erken ve geç dönemlerinde elde edilen APEC izolatlarının antibiyotik direnç profillerini karşılaştırmaktır. Gereç ve Yöntem: Çalışmanın materyalini, 2022 yılı boyunca 15 çiftlikten, aşılama öncesinde 180 ve aşılama sonrasında 180 olmak üzere, toplam 360 E. coli izolatı oluşturdu. Bakteriyel identifikasyon ve antibiyotik duyarlılık testleri otomatize mikrobiyoloji sisteminde (BD Phoenix 100™) ve Gram-negatif identifikasyon kartı (NMIC/ID-433) kullanılarak yapıldı. İzolatların filogenetik gruplandırması chuA, yjaA, TspE4.C2 ve arpA genlerini hedef alan Clermont multipleks polimeraz zincir reaksiyonu yöntemine göre yapıldı. Filogenetik grupların aşılama öncesi ve sonrası dağılımı Ki-kare (χ2) testi ile istatistiksel olarak karşılaştırıldı. Bulgular: Aşılama öncesinde, izolatlar sırasıyla B1 (%22,8), F (%21,7), E (%21,1), C (%12,2) ve D (%8,9) gruplarında yoğunlaşmıştır. Aşılama sonrasında ise grup A (%56,7) ve B1 (%27,2) grupları baskın hale gelirken; C, D ve B2 gruplarının tamamen kaybolduğu gözlemlenmiştir. Broylerlerin yaşamlarının erken döneminde, tetrasiklin ve penisilin grubu antibiyotiklere karşı yüksek direnç oranları tespit edilirken, geç dönemlerinde tetrasiklin, penisilin, kinolon ve folat grubu antibiyotiklere karşı direnç oranlarında belirgin bir artış gözlemlenmiştir. Sonuç: Broylerlere uygulanan ticari canlı zayıflatılmış E. coli aşının filogenetik grupların dağılımında dikkate değer değişikliklere neden olduğu, özellikle filogrup B1 hariç tüm filogruplarda önemli etkiye sahip olduğu belirlendi. İzolatların yaygın kullanılan antibiyotiklere karşı yüksek direnç oranlarına sahip olduğunu, ancak klinik açıdan kritik öneme sahip kolistin gibi antibiyotiklere karşı düşük direnç seviyeleri saptandı.
Özet (Çeviri)
Objective: To compare the changes in phylogenetic groups of avian pathogenic Escherichia coli (APEC) isolates obtained from broiler flocks vaccinated with commercial attenuated live E. coli vaccine, the effects of the vaccine on phylogenetic diversity, and the antibiotic resistance profiles of APEC isolates obtained at early and late stages of broiler life. Materials and Methods: The study material consisted of a total of 360 E. coli isolates, 180 before vaccination and 180 after vaccination, from 15 farms throughout 2022. Bacterial identification and antibiotic susceptibility tests were performed using the Gram-negative identification card (NMIC/ID-433) in the automated microbiology system (BD Phoenix 100™). Phylogenetic grouping of the isolates was performed using the Clermont multiplex PCR method targeting the chuA, yjaA, TspE4.C2 and arpA genes. The distribution of phylogenetic groups before and after vaccination was compared statistically using the chi-square (χ2) test. Results: Before vaccination, isolates were concentrated in groups B1 (22.8%), F (21.7%), E (21.1%), C (12.2%) and D (8.9%), respectively. After vaccination, groups A (56.7%) and B1 (27.2%) became dominant, while groups C, D and B2 were completely lost. While high resistance rates were detected against tetracycline and penicillin group antibiotics in the early stages of broiler life, a significant increase in resistance rates against tetracycline, penicillin, quinolone and folate group antibiotics was observed in the late stages. Conclusion: It was determined that commercial live attenuated E. coli vaccine applied to broilers caused remarkable changes in the distribution of phylogenetic groups, and had a significant effect especially on all phylogroups except phylogroup B1. This study showed that the isolates had high resistance rates to commonly used antibiotics, but low resistance levels were observed to clinically critical antibiotics such as colistin.
Benzer Tezler
- Kanatlı orijinli escherichia coli suşlarının virülens özelliklerinin fenotipik ve moleküler metotlarla belirlenmesi
Detection of virulence properties escherichia coli orginated from poultry by phenotipic and molecular methods
ZAFER CANTEKİN
- Antibiyotiğe dirençli escherichia coli suşlarına spesifik litik bakteriyofaj izolasyonu ve litik spektrumlarının belirlenmesi
Isolation of lytic bacteriophages against antibiotic-resistant escherichia coli and determination of the lytic spectrums
BAHAR GÜNGÖR
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiOndokuz Mayıs ÜniversitesiMikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
PROF. DR. OKTAY GENÇ
- Kanatlı patojenik Escherichia coli'lerde mobilize kolistin direnç geni-1'in araştırılması
Investigation of the mobile colistin resistance gene-1 in avian pathogenic Escherichia coli
ECENUR YILMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
MikrobiyolojiAydın Adnan Menderes ÜniversitesiMikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SÜHEYLA TÜRKYILMAZ
- Kanatlı patojenik escherichia coli'lerin antimikrobiyal direnç ve integron profillerinin araştırılması
Investigation of antimicrobial resistance and integron profiles of poultry pathogenic escherichia coli
TAYLAN EĞİLMEZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
MikrobiyolojiAydın Adnan Menderes ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SÜHEYLA TÜRKYILMAZ