Etil 4 - metil - 6 - fenil - 2 - (2 - tiyofen - 2 - ilmetil) hidrazinil) pirimidin - 5 karboksilat molekülünün TD-DFT yöntemiyle teorik analizi ve moleküler docking çalışmaları
Ethyl 4 - methyl - 6 - phenyl - 2 -(2 - thiophen - 2 - ylmethylene hydrazinyl)pyrimidine - 5 - carboxylate compound with the TD-DFT method and doking studies of the structural and spectral properties
- Tez No: 931559
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ AHMET TURAN TEKEŞ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Kimya, Chemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Kafkas Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Fizikokimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Kimya Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 92
Özet
Schiff bazı bileşiklerinin son zamanlarda popüler olmasından ötürü bu bileşiklerin araştırılması gerektiği fikrine odaklanıldı. Bu bileşiklerden Etil 4-metil-6-fenil-2- (2-(tiyofen-2-ilmetilen)hidrazinil)pirimidin – 5 - carboksilat molekülü seçildi ve literatüre kazandırılmak üzere bu bileşik üzerinde moleküler modelleme çalışmaları gerçekleştirildi. İlk olarak, Gaussian 09 programında DFT ve TD-DFT hesaplamaları için her bir molekül ChemBioDraw'da çizildi ve Chem3D programı ile SYBL2 (mol2) yöntemi ile minimize edildi. Minimize edilmiş moleküller Gaussian 09 programına verilmiş ve her yapı için DFT hesaplamaları (Geometri optimizasyonu, HOMO-LUMO, dipol moment hesaplamaları, MEPS haritaları, mulliken atomik yükleri ve NBO analizi) yapıldı. Bu çalışmada, protein-ligand etkileşimlerini moleküler düzeyde anlamak ve ilaç tasarım süreçlerine katkıda bulunmak amacıyla, iki farklı enzimin (6O5R ve 7AIY) Ligand ETHC ile bağlanma mekanizmaları incelenmiştir. Schrödinger Maestro Moleküler Modelleme platformu ve Discovery Studio yazılımı kullanılarak yapılan simülasyonlarda, ligandın bağlanma bölgeleri, bağlanma enerjileri ve farklı bağlanma tipleri ayrıntılı olarak analiz edilmiştir.
Özet (Çeviri)
Since Schiff base compounds have become popular lately, the focus has been on the idea that these compounds should be investigated. Schiff base compound were selected and molecular modeling studies were carried out on these compounds to be brought to the literature. First, for the DFT and TD-DFT calculations in Gaussian 09 program, each molecule was drawn in ChemBioDraw and minimized with the SYBL2 (mol2) method with the Chem3D program. Minimized molecules were given to the Gaussian 09 program and DFT calculations (Geometry optimization, HOMO-LUMO, dipole moment calculations, MEPS maps, mulliken atomic charges and NBO analysis) were performed for each structure. In addition, in this section, ADME analysis was performed for two compounds belonging to the phthalonitrile group and the color regions were presented separately. Finally, molecular docking simulations evaluated the interactions of the ligand with the target proteins over parameters such as low binding energy, H-bonds, hydrophobic and van der Waals interactions.
Benzer Tezler
- Radikal süpürücü özellik taşıyan 1,2,4-triazol-3(5)-on bileşiklerinin sentezi ve karakterizasyonu
Synthesis and characterization of 1,2,4-triazol-3(5)-one compounds which contain radical scavenging property
SEVGİ MEYDANAL
- Farklı soğutma şekillerinin (hava ile soğutma ve sıvı azot ile soğutma) antakya kahvesinin uçucu ve aroma aktif bileşenleri üzerine etkisi
The effect of different cooling techniques (air cooling or liquid nitrogen cooling) on volatile and aroma active compounds of antakya coffee
ÇİSE EMİRLEROĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Gıda MühendisliğiHatay Mustafa Kemal ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. YAHYA KEMAL AVŞAR
- 3-asetil-5-benzoil-2-fenil-6-metil-4-(1H)-piron'un mono alkil aminlerle ekimolar reaksiyonları
The equimolar reactions of 3-acetyl-5-benzoyl-2-phenyl-6-methyl-4-(1H)-pyron with mono alkyl amines
MELTEM TAN
- Bazı yeni 4(1H)-pridinon türevlerinin sentezi ve karakterizasyonu
Synthesis and characterization of the some new 4(1H)-pyridinone derivatives
SIDDIK ESKİNOBA
- Olası antiviral etkili 4h-1,2,4-triazol-3-tiyoasetamit türevlerinin sentezi
Synthesis of 4h-1,2,4-triazole-3-thioacetamide derivatives with potential antiral activity
NECLA KULABAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2010
Eczacılık ve FarmakolojiMarmara ÜniversitesiFarmasötik Kimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İLKAY KÜÇÜKGÜZEL