Gromacs tabanlı MD simülasyon hazırlığına yönelik arayüz geliştirilmesi
Development of interface for gromacs based MD simulation preparation
- Tez No: 936704
- Danışmanlar: DOÇ. DR. MUSTAFA KARHAN, PROF. DR. VOLKAN EYÜPOĞLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Elektrik ve Elektronik Mühendisliği, Computer Engineering and Computer Science and Control, Electrical and Electronics Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Çankırı Karatekin Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Elektrik ve Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 85
Özet
Moleküler dinamik (MD) simülasyon, biyolojik ve kimyasal süreçlerin atomik düzeyde anlaşılmasında kritik bir yöntemdir. Ancak bu simülasyon, özellikle GROMACS gibi yazılımlar kullanılarak yapıldığında hem yazılımsal bilgi ve beceri hem de yüksek hesaplama gücü içeren donanım gerektirir. Bu durum, birçok araştırmacı için erişim engeli oluşturmakta ve bilimsel süreçleri yavaşlatmaktadır. Bu çalışmada, GROMACS tabanlı simülasyon süreçlerini kullanıcı dostu bir web ve bulut tabanlı platform ile otomatize ederek, simülasyon erişimini kolaylaştırmayı ve kullanıcı dostu bir arayüzün üretilmesi sağlanmıştır. Sistem ile kullanıcıların protein ve ligand dosyalarını yükleyerek simülasyonu başlatmaları, sonuçları görselleştirmeleri ve elde edilen sonuçların paylaşımı mümkün kılınmıştır. Böylece hem yazılımsal uzmanlığı sınırlı kullanıcıların bu alana girmeleri teşvik edilmiş hem de deneyimli araştırmacıların verimliliği artırılmıştır. Proje, web arayüzü, lokal GROMACS sunucuları ve bulut tabanlı bir altyapıyı bir araya getiren bir yöntemle yürütülmüştür. Yazılım web arayüzüne yüklenen dosyalar, GROMACS sunucularına iletilerek internet üzerinden gerekli ek dosyaların indirilmesi ve standart GROMACS iş akışı yürütülmesi ile yürütülmüştür. Simülasyonun tamamlanmasının ardından, sistem otomatik olarak RMSD, enerji grafikleri ve atomik mesafe değişimleri gibi grafiksel çıktılar üretilmiştir. Bu çıktılar, bir bulut sunucusuna yüklenerek kullanıcıların sonuçlara kolayca erişimi hem web üzerinden hem de e posta yoluyla sağlanmıştır.
Özet (Çeviri)
Molecular dynamics (MD) simulation is a critical method for understanding biological and chemical processes at the atomic level. However, this simulation, especially when performed using software such as GROMACS, requires both software knowledge and skills and hardware with high computational power. This creates an access barrier for many researchers and slows down scientific processes. In this study, we automated GROMACS-based simulation processes with a user-friendly web and cloud-based platform to facilitate simulation access and to produce a user-friendly interface. The system enables users to start the simulation by uploading protein and ligand files, visualise the results and share the results obtained. Thus, both users with limited software expertise were encouraged to enter this field and the productivity of experienced researchers was increased. The project was carried out by combining a web interface, local GROMACS servers and a cloud-based infrastructure. The files uploaded to the software web interface were transmitted to the GROMACS servers and the necessary additional files were downloaded over the internet and the standard GROMACS workflow was executed. Upon completion of the simulation, the system automatically generated graphical outputs such as RMSD, energy plots and atomic distance changes. These outputs were uploaded to a cloud server so that users can easily access the results on the web.
Benzer Tezler
- Discovery of plant-based phenolic compounds for the treatment of psoriasis and atopic dermatitis
Sedef hastalığı ve atopik dermatit ile mücadele için bitki bazlı fenolik bileşiklerin keşfi
SİNEM NUR YAYLA
Yüksek Lisans
İngilizce
2025
BiyoteknolojiGebze Teknik ÜniversitesiDisiplinlerarası Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MEHMET ÖZBİL
- Developing CHARMM compatible force fields for novel drug
İlaç adayları için CHARMM uyumlu kuvvet alanı geliştirme
EMRE GÜRSOY
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
BiyofizikTOBB Ekonomi ve Teknoloji ÜniversitesiMikro ve Nanoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NURDAN DEMİRCİ SANKIR
PROF. DR. TURGUT BAŞTUĞ
- Bilgisayar tabanlı ilaç tasarımı yoluyla yaşam süreciyle ilişkili sirtuin proteinlerindeki doğal biyoaktif bileşiklerin potansiyelinin araştırılması
Exploring the potential of natural bioactive compounds in sirtuin proteins associated with the lifespan process through computer-based drug design
MAZHAR TUĞTEKİN KAYA
Doktora
Türkçe
2025
Tıbbi BiyolojiSağlık Bilimleri ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÜLKAN ÇELİK
DR. NAİL BEŞLİ
- Investigation on conformational changes of slow and fast forms of thrombin by molecular dynamics simulation
Trombinin yavaş ve hızlı formlarının konformasyon değişimlerinin moleküler dinamik simulasyonu ile incelenmesi
ÖZGE KÜL
- Moleküler dinamik yöntemlerle protein katlanması probleminin araştırılması
Investigation of protein folding problem using molecular dynamics methods
TUBA KILINÇ
Doktora
Türkçe
2013
BiyofizikAtatürk ÜniversitesiFizik Bölümü
PROF. DR. ABDULMECİT TURUT
YRD. DOÇ. DR. EMİNE DENİZ TEKİN